-
Քրոմատինի իմունային նստվածքների հաջորդականություն (ChIP-seq)
ChIP-Seq-ն ապահովում է ԴՆԹ-ի թիրախների գենոմի ողջ պրոֆիլավորումը հիստոնների ձևափոխման, տրանսկրիպցիոն գործոնների և ԴՆԹ-ի հետ կապված այլ սպիտակուցների համար:Այն համատեղում է քրոմատինի իմունային տեղումների (ChIP) ընտրողականությունը՝ սպիտակուց-ԴՆԹ-ի հատուկ բարդույթները վերականգնելու համար, հաջորդ սերնդի հաջորդականության (NGS) հզորությամբ՝ վերականգնված ԴՆԹ-ի բարձր թողունակությամբ հաջորդականացման համար:Բացի այդ, քանի որ սպիտակուց-ԴՆԹ կոմպլեքսները վերականգնվում են կենդանի բջիջներից, կապող վայրերը կարող են համեմատվել տարբեր տեսակի բջիջներում և հյուսվածքներում կամ տարբեր պայմաններում:Դիմումները տատանվում են տրանսկրիպցիոն կարգավորումից մինչև հիվանդության մեխանիզմների զարգացման ուղիները և դրանից դուրս:
Պլատֆորմ՝ Illumina NovaSeq հարթակ
-
Metagenomic Sequencing -NGS
Մետագենոմը վերաբերում է օրգանիզմների խառը համայնքի ընդհանուր գենետիկական նյութի հավաքածուին, ինչպիսիք են շրջակա միջավայրի մետագենոմը, մարդու մետագենոմը և այլն: Այն պարունակում է ինչպես մշակվող, այնպես էլ անմշակ միկրոօրգանիզմների գենոմներ:Մետագենոմիկ հաջորդականությունը մոլեկուլային գործիք է, որն օգտագործվում է շրջակա միջավայրի նմուշներից արդյունահանված խառը գենոմային նյութերի վերլուծության համար, որը մանրամասն տեղեկատվություն է տրամադրում տեսակների բազմազանության և առատության, պոպուլյացիայի կառուցվածքի, ֆիլոգենետիկ հարաբերությունների, ֆունկցիոնալ գեների և շրջակա միջավայրի գործոնների հետ փոխկապակցված ցանցի վերաբերյալ:
Հարթակ:Illumina NovaSeq հարթակ
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Մետագենոմիկան մոլեկուլային գործիք է, որն օգտագործվում է շրջակա միջավայրի նմուշներից արդյունահանված խառը գենոմային նյութերը վերլուծելու համար, որը մանրամասն տեղեկատվություն է տրամադրում տեսակների բազմազանության և առատության, պոպուլյացիայի կառուցվածքի, ֆիլոգենետիկ հարաբերությունների, ֆունկցիոնալ գեների և շրջակա միջավայրի գործոնների հետ հարաբերակցության ցանցի և այլնի վերաբերյալ: դեպի մետագենոմիական հետազոտություններ։Ընթերցման երկարության մեջ նրա հիանալի կատարողականությունը մեծապես բարելավեց հոսքի մետագենոմիկ վերլուծությունը, հատկապես մետագենոմի հավաքումը:Օգտվելով կարդալու երկարության առավելություններից՝ Nanopore-ի վրա հիմնված մետագենոմիական ուսումնասիրությունը կարող է հասնել ավելի շարունակական հավաքման՝ համեմատած հրացանի մետագենոմիկայի հետ:Հրապարակվել է, որ Nanopore-ի վրա հիմնված մետագենոմիկան հաջողությամբ ստեղծել է ամբողջական և փակ բակտերիալ գենոմներ միկրոբիոմներից (Moss, EL, et. al.,Nature Biotech, 2020)
Հարթակ:Nanopore PromethION P48
-
Ամբողջ գենոմի բիսուլֆիտի հաջորդականությունը
Ցիտոզինում (5-mC) հինգերորդ դիրքում ԴՆԹ-ի մեթիլացումը հիմնարար ազդեցություն ունի գեների արտահայտման և բջջային ակտիվության վրա:Մեթիլացման աննորմալ ձևերը կապված են մի շարք պայմանների և հիվանդությունների հետ, ինչպիսիք են քաղցկեղը:WGBS-ը դարձել է ոսկե ստանդարտ՝ գենոմի լայնածավալ մեթիլացման ուսումնասիրության համար մեկ բազային լուծաչափով:
Պլատֆորմ՝ Illumina NovaSeq հարթակ
-
Տրանսպոզազային հասանելի քրոմատինի վերլուծություն՝ բարձր թողունակության հաջորդականությամբ (ATAC-seq)
ATAC-seq-ը գենոմի լայնածավալ քրոմատինի հասանելիության վերլուծության բարձր թողունակության հաջորդականության մեթոդ է, որը կարևոր է գեների արտահայտման գլոբալ էպիգենետիկ վերահսկման համար:Հերթականացման ադապտերները տեղադրվում են բաց քրոմատինային շրջաններում հիպերակտիվ Tn5 տրանսպոզազայի միջոցով:PCR ուժեղացումից հետո կառուցվում է հաջորդականության գրադարան:Բոլոր բաց քրոմատինային շրջանները կարելի է ձեռք բերել որոշակի տարածա-ժամանակային պայմանով, որը չի սահմանափակվում միայն տրանսկրիպցիոն գործոնի կապակցման վայրերով կամ որոշակի հիստոնային փոփոխված շրջանով:
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S և 18S rRNA-ի ենթամիավորը, որը պարունակում է և՛ խիստ պահպանված, և՛ հիպերփոփոխական շրջաններ, կատարյալ մոլեկուլային մատնահետք է պրոկարիոտ և էուկարիոտ օրգանիզմների նույնականացման համար:Օգտվելով հաջորդականությունից՝ այս ամպլիկոնները կարող են թիրախավորվել՝ հիմնվելով պահպանված մասերի վրա, և հիպերփոփոխական շրջանները կարող են լիովին բնութագրվել մանրէների նույնականացման համար՝ նպաստելով մանրէների բազմազանության վերլուծությանը, տաքսոնոմիան, ֆիլոգենիան և այլն: Մեկ մոլեկուլ իրական ժամանակում (SMRT): ) PacBio պլատֆորմի հաջորդականությունը թույլ է տալիս ստանալ բարձր ճշգրիտ երկար ընթերցումներ, որոնք կարող են ծածկել ամբողջ երկարությամբ ամպլիկոնները (մոտ 1,5 Կբ):Գենետիկական դաշտի ընդլայնված տեսակետը մեծապես մեծացրել է բակտերիաների կամ սնկերի համայնքում տեսակների անոտացիայի լուծումը:
Հարթակ:PacBio-ի շարունակություն II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS ամպլիկոնների հաջորդականությունը նպատակ ունի բացահայտելու ֆիլոգենիան, տաքսոնոմիան և տեսակների առատությունը մանրէաբանական համայնքում՝ ուսումնասիրելով տնային տնտեսության գենետիկական մարկերների PCR արտադրանքները, որոնք պարունակում են ինչպես խիստ խոսակցական, այնպես էլ հիպերփոփոխական մասեր:Այս կատարյալ մոլեկուլային մատնահետքերի ներդրումը Woeses et al, (1977) կողմից ուժեղացնում է մեկուսացումից ազատ միկրոբիոմի պրոֆիլավորումը:16S (բակտերիաներ), 18S (սնկեր) և ներքին տրանսկրիպացված spacer (ITS, սնկեր) հաջորդականությունը թույլ է տալիս նույնականացնել ինչպես առատ տեսակները, այնպես էլ հազվագյուտ և չբացահայտված տեսակները:Այս տեխնոլոգիան դարձել է լայնորեն կիրառվող և հիմնական գործիք տարբեր միջավայրերում, ինչպիսիք են մարդու բերանը, աղիքները, կղանքը և այլն, դիֆերենցիալ մանրէաբանական կազմը հայտնաբերելու համար:
Հարթակ:Illumina NovaSeq հարթակ
-
Բակտերիալ և սնկային ամբողջ գենոմի վերահերթականացում
Բակտերիաների և սնկային ամբողջ գենոմի վերահաջորդականությունը կարևոր գործիք է հայտնի բակտերիաների և սնկերի գենոմները լրացնելու, ինչպես նաև բազմաթիվ գենոմները համեմատելու կամ նոր օրգանիզմների գենոմները քարտեզագրելու համար:Մեծ նշանակություն ունի մանրէների և սնկերի ամբողջական գենոմների հաջորդականությունը՝ ճշգրիտ հղումային գենոմներ ստեղծելու, մանրէների նույնականացման և գենոմի այլ համեմատական ուսումնասիրություններ կատարելու համար:
Պլատֆորմ՝ Illumina NovaSeq հարթակ
-
PacBio- Ամբողջական 16S/18S/ITS ամպլիկոնի հաջորդականություն
Amplicon (16S/18S/ITS) հարթակը մշակված է մանրէների բազմազանության նախագծի վերլուծության տարիների փորձով, որը պարունակում է ստանդարտացված հիմնական վերլուծություն և անհատականացված վերլուծություն. և վերլուծության արդյունքները ներկայացվում են ծրագրի հաշվետվությունների տեսքով.Անհատականացված վերլուծության բովանդակությունը բազմազան է:Նմուշները կարող են ընտրվել, և պարամետրերը կարող են ճկուն սահմանվել՝ համաձայն հիմնական վերլուծության զեկույցի և հետազոտության նպատակի՝ անհատականացված պահանջներն իրականացնելու համար:Windows օպերացիոն համակարգ՝ պարզ և արագ:
-
PacBio- Ամբողջական տրանսկրիպտոմ (ոչ հղում)
Որպես մուտքագրում ընդունելով Pacific Biosciences (PacBio) իզոֆորմային հաջորդականության տվյալները՝ այս հավելվածը կարող է նույնականացնել ամբողջական տառադարձության հաջորդականությունները (առանց հավաքման):Հղման գենոմի հետ ամբողջ երկարությամբ հաջորդականությունները քարտեզագրելով՝ տառադարձումները կարող են օպտիմիզացվել հայտնի գեների, տառադարձումների, կոդավորման շրջանների և այլնի միջոցով:NGS տրանսկրիպտոմի հաջորդականության տվյալների հետ համատեղ վերլուծությունը հնարավորություն է տալիս ավելի համապարփակ անոտացիա և ավելի ճշգրիտ քանակականացում արտագրման մակարդակում, ինչը մեծապես օգուտ է տալիս ներքևի դիֆերենցիալ արտահայտմանը և ֆունկցիոնալ վերլուծությանը:
-
Կրճատված ներկայացուցչական բիսուլֆիտի հաջորդականություն (RRBS)
ԴՆԹ մեթիլացման հետազոտությունը միշտ եղել է հիվանդության հետազոտության թեժ թեմա և սերտորեն կապված է գեների արտահայտման և ֆենոտիպային գծերի հետ:RRBS-ը ճշգրիտ, արդյունավետ և խնայող մեթոդ է ԴՆԹ-ի մեթիլացման հետազոտության համար:Պրոմոտորի և CpG կղզու շրջանների հարստացումը ֆերմենտային կտրվածքով (Msp I), զուգորդված բիսուլֆիտի հաջորդականությամբ, ապահովում է բարձր լուծաչափով ԴՆԹ մեթիլացման հայտնաբերում:
Պլատֆորմ՝ Illumina NovaSeq հարթակ
-
Պրոկարիոտիկ mRNA հաջորդականություն
mRNA հաջորդականությունը թույլ է տալիս բջիջների ներսում բոլոր mRNA տառադարձումների համապարփակ պրոֆիլավորումը հատուկ պայմաններում:Այս գերժամանակակից տեխնոլոգիան ծառայում է որպես հզոր գործիք՝ բացահայտելով գեների արտահայտման բարդ պրոֆիլներ, գենային կառուցվածքներ և մոլեկուլային մեխանիզմներ՝ կապված տարբեր կենսաբանական գործընթացների հետ:Լայնորեն ընդունված հիմնարար հետազոտությունների, կլինիկական ախտորոշման և դեղերի մշակման մեջ՝ mRNA հաջորդականությունը տալիս է պատկերացումներ բջջային դինամիկայի և գենետիկական կարգավորման բարդությունների վերաբերյալ:Մեր պրոկարիոտային mRNA նմուշի մշակումը հարմարեցված է պրոկարիոտային տրանսկրիպտոմների համար՝ ներառելով rRNA-ի սպառումը և ուղղորդված գրադարանի պատրաստումը:
Հարթակ՝ Illumina NovaSeq X
