Հատուկ լոկուսի ուժեղացված ֆրագմենտի հաջորդականացում (SLAF-Seq)
Աշխատանքային հոսք
Ծառայությունն ունի որոշակի նախնական նախագծում in silico՝ գրադարանի պատրաստման ժամանակ ֆերմենտների օպտիմալ ընտրությունը երաշխավորելու համար։
Տեխնիկական սխեմա
Ծառայության առանձնահատկությունները
● Հաջորդականացում NovaSeq-ի վրա PE150-ով։
● Գրադարանի պատրաստում կրկնակի շտրիխ կոդավորմամբ, որը հնարավորություն է տալիս միավորել ավելի քան 1000 նմուշ։
● Անկախ հղման գենոմից՝
Հղումային գենոմով. SNP և InDel հայտնաբերում
Առանց հղման գենոմի. նմուշների կլաստերացում և SNP հայտնաբերում
● Մեջin-silicoՆախնական նախագծման փուլում ստուգվում են բազմաթիվ սահմանափակող ֆերմենտների համակցություններ՝ գտնելու համար այն ֆերմենտները, որոնք ապահովում են SLAF պիտակների միատարր բաշխում գենոմի երկայնքով։
● Նախնական փորձի ընթացքում 3 նմուշներում փորձարկվում են երեք ֆերմենտային համակցություններ՝ 9 SLAF գրադարաններ ստեղծելու համար, և այս տեղեկատվությունն օգտագործվում է նախագծի համար օպտիմալ սահմանափակող ֆերմենտային համակցություն ընտրելու համար։
Ծառայության առավելությունները
●Բարձր գենետիկական մարկերների հայտնաբերումՄենք ինտեգրում ենք բարձր թողունակությամբ կրկնակի շտրիխ կոդերի համակարգ, որը թույլ է տալիս միաժամանակ հաջորդականացնել մեծ պոպուլյացիաները և բարձրացնել լոկուսի սպեցիֆիկ ուժեղացումը՝ ապահովելով, որ պիտակների համարները բավարարեն տարբեր հետազոտական հարցերի բազմազան պահանջները։
● Գենոմից ցածր կախվածությունԱյն կարող է կիրառվել հղման գենոմ ունեցող կամ չունեցող տեսակների վրա։
●ճկուն սխեմայի նախագծումՄիաֆերմենտային, կրկնակի ֆերմենտային, բազմաֆերմենտային մարսողությունը և տարբեր տեսակի ֆերմենտներ կարող են ընտրվել՝ տարբեր հետազոտական նպատակներին կամ տեսակներին համապատասխանելու համար։
● Բարձր արդյունավետություն ֆերմենտային մարսողության մեջ: Անցկացումըin-silicoՆախնական նախագծումը և նախնական փորձը ապահովում են օպտիմալ նախագծում՝ SLAF պիտակների հավասարաչափ բաշխմամբ քրոմոսոմի վրա (1 SLAF պիտակ/4 Կբ) և կրկնվող հաջորդականության նվազեցմամբ (<5%)։
●Լայնածավալ փորձագիտությունՄենք հարուստ փորձ ենք ներդնում յուրաքանչյուր նախագծում՝ իրականացնելով ավելի քան 5000 SLAF-Seq նախագծեր հարյուրավոր տեսակների, այդ թվում՝ բույսերի, կաթնասունների, թռչունների, միջատների և ջրային օրգանիզմների վերաբերյալ։
● Ինքնուրույն մշակված կենսաինֆորմատիկ աշխատանքային հոսքՄենք մշակեցինք SLAF-Seq-ի համար ինտեգրված կենսաինֆորմատիկական աշխատանքային հոսք՝ վերջնական արդյունքի հուսալիությունն ու ճշգրտությունն ապահովելու համար։
Ծառայության տեխնիկական բնութագրերը
| Վերլուծության տեսակը | Առաջարկվող բնակչության մասշտաբը | Հաջորդականության ռազմավարություն | |
| Պիտակների հաջորդականության խորությունը | Պիտակի համարը | ||
| Գենետիկական քարտեզներ | 2 ծնող և 150-ից ավելի սերունդ | Ծնողներ՝ 20x WGS Ծննդաբերություն՝ 10 անգամ | Գենոմի չափը՝ <400 ՄԲ: WGS-ը խորհուրդ է տրվում <1 ԳԲ: 100 հազար պիտակ 1-2 Գբ:: 200 հազար պիտակ >2 Գբ: 300 հազար պիտակ Առավելագույնը 500 հազար պիտակ |
| Գենոմի լայնամասշտաբ ասոցիացիայի ուսումնասիրություններ (GWAS) | ≥200 նմուշ | 10x | |
| Գենետիկական էվոլյուցիա | ≥30 նմուշ, յուրաքանչյուր ենթախմբից >10 նմուշով | 10x | |
Ծառայության պահանջները
Կոնցենտրացիան ≥ 5 նգ/մկլ
Ընդհանուր քանակը ≥ 80 նգ
Նանո կաթիլ OD260/280=1.6-2.5
Ագարոզային գել. քայքայում կամ աղտոտում չկա կամ սահմանափակ է
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Տարա՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ
(Նմուշների մեծ մասի համար խորհուրդ ենք տալիս չպահպանել էթանոլի մեջ):
Նմուշի պիտակավորում. Նմուշները պետք է հստակ պիտակավորված լինեն և նույնական լինեն ներկայացված նմուշի տեղեկատվության ձևաթղթին։
Առաքում. Չոր սառույց. նմուշները նախ պետք է փաթեթավորվեն պարկերի մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ։
Ծառայության աշխատանքային հոսք
Նմուշի որակի ստուգում
Փորձնական փորձ
SLAF-փորձ
Գրադարանի նախապատրաստում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Հետվաճառքային ծառայություններ
Մեր կենսաինֆորմատիկական վերլուծությունը ներառում է.
Տվյալների որակի ստուգում և տվյալների կտրում՝ ազոտով հարուստ ընթերցումները, ադապտերի ընթերցումները կամ ցածր որակի ընթերցումները հեռացնելու համար։
Մաքուր ընթերցումների երկրորդ որակի վերահսկողություն՝ բազաների բաշխումը, հաջորդականության որակը և տվյալների գնահատումը ստուգելու, ինչպես նաև մարսողության արդյունավետությունը և ստացված ներդիրները ստուգելու համար։
Երբ կարդացված տվյալները ստուգվեն, կան երկու տարբերակ՝
- Հղումային գենոմի քարտեզագրում
- Առանց հղման գենոմի՝ կլաստերացում
Դրանից հետո SLAF թեգերի վերլուծությունն օգտագործվում է որոշ տարբերակների կանչեր կատարելու համար՝ մարկերների հայտնաբերմանը օգնելու համար՝ SNP, InDel, SNV, CV կանչ և անոտացիա։
SLAF պիտակների բաշխումը քրոմոսոմների վրա՝
SNP-ների բաշխումը քրոմոսոմների վրա.
SNP ծանոթագրություն
Ջիանգ Ս, Լի Ս, Լուո Ջ, Վան Շ և Շի Ս (2023) QTL քարտեզագրում և շաքարի պարունակության տրանսկրիպտոմային վերլուծություն պտղի հասունացման ընթացքում։Պիրուս պիրիֆոլիա.Առջևի մաս։ Բույսերի գիտություն։14:1137104. doi՝ 10.3389/fpls.2023.1137104
Լի, Ջ., Չժան, Յ., Մա, Ռ., Հուանգ, Վ., Հոու, Ջ., Ֆանգ, Ս., և Սան, Լ. (2022): st1-ի նույնականացումը բացահայտում է սոյայի ընտելացման ընթացքում սերմերի ձևաբանության և յուղի պարունակության ավտոստոպով ընտրություն:Բույսերի կենսատեխնոլոգիայի հանդես, 20(6), 1110-1121։ https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.և այլքՍովորական կարպի գենոմի հաջորդականությունը և գենետիկական բազմազանությունը,Կիպրինուս կարպիո.Նատ Գենետ 46, 1212–1219 (2014)։ https://doi.org/10.1038/ng.3098
Չժուան, Վ., Չեն, Հ., Յանգ, Մ.և այլքՄշակված գետնանուշի գենոմը հնարավորություն է տալիս պատկերացում կազմել լոբազգիների կարիոտիպերի, պոլիպլոիդ էվոլյուցիայի և մշակաբույսերի ընտելացման մասին։Նատ Գենետ 51, 865–876 (2019)։ https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Տարի | Օրագիր | IF | Վերնագիր | Դիմումներ |
| 2022 | Բնության հետ հաղորդակցություն | 17.694 | Ծառային քաջվարդի գիգաքրոմոսոմների և գիգագենոմի գենոմային հիմքը Պեոնիա օստիի | SLAF-GWAS |
| 2015թ. | Նոր ֆիտոլոգ | 7.433 | Ընտելացման հետքերը խարիսխ են գյուտարարական կարևորության գենոմային շրջաններում սոյա | SLAF-GWAS |
| 2022 | Առաջադեմ հետազոտությունների հանդես | 12.822 | Gossypium barbadense-ի գենոմային արհեստական ինտրոգրեսիաները G. hirsutum-ի մեջ։ բացահայտել բամբակի մանրաթելերի որակի և բերքատվության միաժամանակյա բարելավման համար գերազանց տեղանքներ հատկանիշներ | SLAF-Էվոլյուցիոն գենետիկա |
| 2019թ. | Մոլեկուլային գործարան | 10.81 | Պոպուլյացիայի գենոմային վերլուծությունը և De Novo ասամբլեան բացահայտում են Weedy-ի ծագումը Բրինձը որպես էվոլյուցիոն խաղ | SLAF-Էվոլյուցիոն գենետիկա |
| 2019թ. | Բնության գենետիկա | 31.616 | Սովորական կարպի (Cyprinus carpio) գենոմի հաջորդականությունը և գենետիկական բազմազանությունը | SLAF-կապի քարտեզ |
| 2014թ. | Բնության գենետիկա | 25.455 | Մշակված գետնանուշի գենոմը հնարավորություն է տալիս պատկերացում կազմել լոբազգիների կարիոտիպերի, պոլիպլոիդի մասին։ էվոլյուցիան և մշակաբույսերի ընտելացումը։ | SLAF-կապի քարտեզ |
| 2022 | Բույսերի կենսատեխնոլոգիայի հանդես | 9.803 | ST1-ի նույնականացումը բացահայտում է սերմերի ձևաբանության փոփոխական ընտրություն։ և յուղի պարունակությունը սոյայի ընտելացման ընթացքում | SLAF-Մարկերի մշակում |
| 2022 | Մոլեկուլային գիտությունների միջազգային հանդես | 6.208 | Ցորենի-Leymus mollis 2Ns (2D) նույնականացում և ԴՆԹ մարկերների մշակում Դիսոմիկ քրոմոսոմի փոխարինում | SLAF-Մարկերի մշակում |
| Տարի | Օրագիր | IF | Վերնագիր | Դիմումներ |
| 2023թ. | Բույսերի գիտության սահմանները | 6.735 | Pyrus pyrifolia-ի պտղի հասունացման ընթացքում շաքարի պարունակության QTL քարտեզագրում և տրանսկրիպտոմային վերլուծություն | Գենետիկական քարտեզ |
| 2022 | Բույսերի կենսատեխնոլոգիայի հանդես | 8.154 | ST1-ի նույնականացումը բացահայտում է սոյայի ընտելացման ընթացքում սերմերի ձևաբանության և յուղի պարունակության ավտոստոպով ընտրություն։
| Շոտլանդիայի ազգային կուսակցությունը կոչ է անում |
| 2022 | Բույսերի գիտության սահմանները | 6.623 | Չորային միջավայրում կեղևազուրկ հազիվ ֆենոտիպերի գենոմային ասոցիատիվ քարտեզագրում։
| GWAS |
