Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Ծառայության մանրամասները
Տեխնիկական սխեման
Աշխատանքային հոսք
Ծառայության առավելությունները
Մարկերների հայտնաբերման բարձր արդյունավետություն- Բարձր թողունակության հաջորդականության տեխնոլոգիան օգնում է SLAF-Seq-ին հայտնաբերելու հարյուր հազարավոր պիտակներ ամբողջ գենոմում:
Ցածր կախվածություն գենոմից- Այն կարող է կիրառվել տեսակների վրա՝ կա՛մ հղումային գենոմով, կա՛մ առանց դրա:
Ճկուն սխեմայի ձևավորում- Մեկ ֆերմենտային, երկֆերմենտային, բազմաֆերմենտային մարսողություն և տարբեր տեսակի ֆերմենտներ, բոլորը կարող են ընտրվել տարբեր հետազոտական նպատակների կամ տեսակների համար:Սիլիկոյում նախնական գնահատումն օգտագործվում է ֆերմենտի օպտիմալ ձևավորումն ապահովելու համար:
Արդյունավետ ֆերմենտային մարսողություն- Նախափորձն իրականացվել է պայմանների օպտիմալացման համար, ինչը պաշտոնական փորձը դարձնում է կայուն և հուսալի։Կտորների հավաքման արդյունավետությունը կարող է հասնել ավելի քան 95%:
Հավասարաչափ բաշխված SLAF պիտակներ- SLAF պիտակները հավասարաչափ բաշխված են բոլոր քրոմոսոմներում առավելագույն չափով՝ հասնելով միջինը 1 SLAF 4 կբ-ի համար:
Կրկնություններից արդյունավետ խուսափում- SLAF-Seq-ի տվյալների կրկնվող հաջորդականությունը կրճատվել է մինչև 5%-ից ցածր, հատկապես կրկնվողների բարձր մակարդակ ունեցող տեսակների դեպքում, ինչպիսիք են ցորենը, եգիպտացորենը և այլն:
Մեծ փորձ- Ավելի քան 2000 փակ SLAF-Seq նախագծեր հարյուրավոր տեսակների վրա, որոնք ներառում են բույսեր, կաթնասուններ, թռչուններ, միջատներ, ջրային օրգանիզմներ և այլն:
Ինքնուրույն մշակված բիոինֆորմատիկական աշխատանքային հոսք- SLAF-Seq-ի համար ինտեգրված բիոինֆորմատիկ աշխատանքային հոսքը մշակվել է BMKGENE-ի կողմից՝ վերջնական արդյունքի հուսալիությունն ու ճշգրտությունն ապահովելու համար:
Ծառայության բնութագրերը
| Հարթակ | խտ. (նգ/գլ) | Ընդամենը (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(հատոր>15μl) | 1.6-2.5 |
Առաջարկվող հաջորդականության ռազմավարություն
Հերթականության խորությունը՝ 10X/Tag
| Գենոմի չափը | Առաջարկվող SLAF պիտակներ |
| < 500 Մբ | 100K կամ WGS |
| 500 Մբ-1 Գբ | 100 Կ |
| 1 Գբ -2 Գբ | 200 Կ |
| Հսկա կամ բարդ գենոմներ | 300 - 400 հազար |
| Դիմումներ
| Խորհուրդ է տրվում Բնակչության սանդղակ
| Հերթականության ռազմավարություն և խորություն
| |
| Խորություն
| Պիտակի համարը
| ||
| GWAS
| Նմուշի համարը ≥ 200
| 10X
|
Համաձայն գենոմի չափը
|
| Գենետիկական էվոլյուցիա
| Յուրաքանչյուրից անհատներ ենթախումբ ≥ 10; ընդհանուր նմուշներ ≥ 30
| 10X
| |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Տարա՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ
Նմուշների մեծ մասի համար խորհուրդ ենք տալիս չպահել էթանոլի մեջ:
Նմուշի պիտակավորում. Նմուշները պետք է լինեն հստակ պիտակավորված և նույնական լինեն ներկայացված նմուշի տեղեկատվության ձևին:
Առաքում. չոր սառույց. նմուշները նախ պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշ QC
Փորձնական փորձ
SLAF-փորձ
Գրադարանի պատրաստում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Հետ վաճառքի ծառայություններ
1. Քարտեզի արդյունքի վիճակագրություն
2. SLAF մարկերի մշակում
3. Վարիացիոն անոտացիա
| Տարի | Ամսագիր | IF | Կոչում | Դիմումներ |
| 2022 թ | Բնության հաղորդակցություններ | 17.694 | Ծառի քաջվարդի գիգա-քրոմոսոմների և գիգա-գենոմի գենոմային հիմքը Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015թ | Նոր բուսաբան | 7.433 | Կենցաղային ոտնահետքերը խարսխում են ագրոնոմիական նշանակություն ունեցող գենոմային շրջանները սոյայի հատիկներ | SLAF-GWAS |
| 2022 թ | Ընդլայնված հետազոտությունների ամսագիր | 12.822 | Gossypium barbadense-ի գենոմային արհեստական ներխուժումները G. hirsutum բացահայտում է բամբակի մանրաթելի որակի և բերքատվության միաժամանակյա բարելավման համար բարձրագույն տեղամասեր հատկանիշները | SLAF-Էվոլյուցիոն գենետիկա |
| 2019թ | Մոլեկուլային գործարան | 10.81 | Բնակչության գենոմային վերլուծությունը և De Novo ժողովը բացահայտում են Weedy-ի ծագումը Ռայսը որպես էվոլյուցիոն խաղ | SLAF-Էվոլյուցիոն գենետիկա |
| 2019թ | Բնության գենետիկա | 31.616 | Սովորական կարպի գենոմի հաջորդականությունը և գենետիկական բազմազանությունը՝ Cyprinus carpio | SLAF-Linkage քարտեզ |
| 2014 թ | Բնության գենետիկա | 25.455 | Աճեցված գետնանուշի գենոմը պատկերացում է տալիս հատիկաընդեղենի կարիոտիպերի՝ պոլիպլոիդների մասին էվոլյուցիան և բերքի ընտելացումը: | SLAF-Linkage քարտեզ |
| 2022 թ | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | ST1-ի նույնականացումը բացահայտում է սերմերի մորֆոլոգիայի ավտոստոպով ընտրություն և յուղի պարունակությունը սոյայի ընտելացման ժամանակ | SLAF-Marker մշակում |
| 2022 թ | Մոլեկուլային գիտությունների միջազգային հանդես | 6.208 | Նույնականացում և ԴՆԹ Մարկերի մշակում ցորենի-Leymus mollis 2Ns-ի համար (2D) Դիզոմիկ քրոմոսոմի փոխարինում | SLAF-Marker մշակում |
