Masuk ke BMKCloud

Produk

Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS - PacBio

Gen 16S dan 18S rRNA, bersama dengan daerah Internal Transcribed Spacer (ITS), berfungsi sebagai penanda sidik jari molekuler yang sangat penting karena kombinasi daerah yang sangat lestari dan sangat bervariasi, menjadikannya alat yang sangat berharga untuk mengkarakterisasi organisme prokariotik dan eukariotik. Amplifikasi dan pengurutan daerah-daerah ini menawarkan pendekatan bebas isolasi untuk menyelidiki komposisi dan keanekaragaman mikroba di berbagai ekosistem. Meskipun pengurutan Illumina biasanya menargetkan daerah hipervariabel pendek seperti V3-V4 dari 16S dan ITS1, telah ditunjukkan bahwa anotasi taksonomi yang lebih unggul dapat dicapai dengan mengurutkan seluruh panjang 16S, 18S, dan ITS. Pendekatan komprehensif ini menghasilkan persentase urutan yang diklasifikasikan secara akurat lebih tinggi, mencapai tingkat resolusi yang meluas hingga identifikasi spesies. Platform sekuensing Single-Molecule Real-Time (SMRT) PacBio menonjol karena menyediakan pembacaan panjang yang sangat akurat (HiFi) yang mencakup amplikon lengkap, menyaingi presisi sekuensing Illumina. Kemampuan ini memungkinkan para peneliti untuk memperoleh keunggulan yang tak tertandingi — pandangan menyeluruh tentang lanskap genetik. Cakupan yang diperluas secara signifikan meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies, khususnya dalam komunitas bakteri atau jamur, memungkinkan pemahaman yang lebih dalam tentang seluk-beluk populasi mikroba.

Hubungi kami

Rincian Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Publikasi Unggulan

Fitur Layanan

● Platform pengurutan: PacBio Revio

● Mode pengurutan: CCS (Pembacaan HiFi)

● Amplifikasi wilayah target diikuti dengan penggabungan tandem amplikon sebelum persiapan pustaka HiFi SMRT bell

Keunggulan Layanan

●Resolusi taksonomi yang lebih tinggi: Tpengurutan amplikon pendek han,memungkinkan tingkat klasifikasi OTU yang lebih tinggi pada tingkat spesies.

●Pemanggilan basis yang sangat akurat: Pengurutan mode PacBio CCS (pembacaan HiFi).

●Bebas isolasiIdentifikasi cepat komposisi mikroba dalam sampel lingkungan.

●Dapat diterapkan secara luas: Studi komunitas mikroba yang beragam.

●Analisis bioinformatika komprehensif: Paket QIIME2 terbaru (wawasan kuantitatif tentang ekologi mikroba) dengan beragam analisis dalam hal basis data, anotasi, OTU/ASV.

●Keahlian yang LuasDengan ribuan proyek pengurutan amplikon yang dilakukan setiap tahun, BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten yang komprehensif, dan dukungan purna jual yang sangat baik.

Spesifikasi Layanan

Perpustakaan	Strategi Pengurutan	Data yang direkomendasikan
Amplikon	PacBio Revio	Tag 10/30/50 K (CCS)

Contoh Persyaratan

Konsentrasi (ng/µL)	Jumlah total (µg)	Volume (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau suhu -80 derajat untuk penyimpanan jangka panjang. Pengiriman sampel dengan es kering diperlukan.

Alur Kerja Layanan

Pengiriman sampel

Konstruksi perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS

Berikutnya: Pengujian Kromatin yang Dapat Diakses Transposase dengan Sekuensing Berkecepatan Tinggi (ATAC-seq)

Termasuk analisis berikut:

●Kontrol kualitas data mentah

●Pengelompokan OTU/Penghilangan noise (ASV)

●Anotasi OTU

●Analisis keragaman alfa: beberapa indeks, termasuk Shannon, Simpson, dan ACE.

●Analisis keragaman beta

●Analisis antar kelompok

●Analisis korelasi: antara faktor lingkungan dan komposisi serta keanekaragaman OUT

● Prediksi gen fungsional 16S

Histogram distribusi taksonomi

Pohon filogenetik distribusi komunitas

Analisis keanekaragaman alfa: ACE

indeks

Analisis keanekaragaman beta: PCoA

Analisis antar kelompok: ANOVA

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan amplikon BMKGene dengan PacBio melalui koleksi publikasi pilihan.

Gao, X. dan Wang, H. (2023) 'Analisis Komparatif Profil dan Fungsi Bakteri Rumen selama Adaptasi terhadap Fenologi yang Berbeda (Hijau Kembali vs. Berumput) pada Domba Merino Alpine dengan Dua Tahap Pertumbuhan di Padang Rumput Alpine', Fermentasi, 9(1), hal. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. dkk. (2023) 'Menangkap materi gelap mikroba di tanah gurun menggunakan metagenomik berbasis kulturomik dan analisis resolusi tinggi', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), hlm. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. dkk. (2022) 'Pengaruh garam asam lemak terhadap karakteristik fermentasi, keanekaragaman bakteri dan stabilitas aerobik silase campuran yang dibuat dengan alfalfa, jerami padi dan dedak gandum', Jurnal Ilmu Pangan dan Pertanian, 102(4), hlm. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Interaksi antara Biomarker Stres Oksidatif dan Mikrobiota Usus dalam Efek Antioksidan Ekstrak dari Sonchus brachyotus DC. pada Stres Oksidatif Usus yang Diinduksi Oksazolon pada Ikan Zebra Dewasa', Antioksidan 2023, Vol. 12, Halaman 192, 12(1), hal. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.