BMKCloud Log in
条形spanduk-03

Produk

Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-PacBio

Subunit pada rRNA 16S dan 18S yang mengandung daerah yang sangat terkonservasi dan hiper-variabel merupakan sidik jari molekuler yang sempurna untuk identifikasi organisme prokariotik dan eukariotik.Memanfaatkan pengurutan, amplikon ini dapat ditargetkan berdasarkan bagian yang dilestarikan dan wilayah hiper-variabel dapat sepenuhnya dikarakterisasi untuk identifikasi mikroba yang berkontribusi pada penelitian yang mencakup analisis keanekaragaman mikroba, taksonomi, filogeni, dll. Waktu nyata molekul tunggal (SMRT ) pengurutan platform PacBio memungkinkan perolehan pembacaan panjang yang sangat akurat, yang dapat mencakup amplikon panjang penuh (sekitar 1,5 Kb).Pandangan yang lebih luas tentang bidang genetika sangat meningkatkan resolusi anotasi spesies dalam komunitas bakteri atau jamur.

Platform:Sekuel PacBio II


Detail Layanan

Hasil Demo

Studi kasus

Keunggulan Layanan

1

● Pembacaan panjang mengungkapkan urutan 16S/18S/ITS secara penuh

● Panggilan dasar yang sangat akurat dengan pengurutan mode PacBio CCS

● Resolusi tingkat spesies dalam anotasi OTU/ASV

● Alur analisis QIIME2 terbaru dengan beragam analisis dalam hal database, anotasi, OTU/ASV.

● Berlaku untuk studi komunitas mikroba yang beragam

● BMK memiliki pengalaman luas dengan lebih dari 100.000 sampel/tahun, meliputi tanah, air, gas, lumpur, feses, usus, kulit, kaldu fermentasi, serangga, tumbuhan, dll.

● BMKCloud memfasilitasi interpretasi data yang berisi 45 alat analisis yang dipersonalisasi

Spesifikasi Layanan

PengurutanPlatform

Perpustakaan

Data yang direkomendasikan

Waktu penyelesaian

Sekuel PacBio II

SMRT-bel

Tag 5K/10K/20K

44 hari kerja

Analisis bioinformatika

● Kontrol kualitas data mentah

● Pengelompokan OTU/Penghilangan Kebisingan (ASV)

● Anotasi OTU

● Keanekaragaman alfa

● Keanekaragaman beta

● Analisis antar kelompok

● Analisis asosiasi terhadap faktor eksperimen

● Prediksi gen fungsi

16 detikPacbio

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

UntukEkstrak DNA:

Jenis Sampel

Jumlah

Konsentrasi

Kemurnian

Ekstrak DNA

> 1 mikrogram

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Untuk sampel lingkungan:

Jenis sampel

Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan

Tanah

Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Bahan yang tersisa yang layu perlu dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP atau cyrotube steril untuk reservasi.

Kotoran

Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi.

Isi usus

Sampel perlu diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang dikumpulkan dengan PBS;Sentrifugasi PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP.

Lumpur

Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan kumpulkan sampel lumpur dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi

badan air

Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air keran, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 μm untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril.

Kulit

Kikis permukaan kulit dengan hati-hati menggunakan kapas steril atau pisau bedah dan masukkan ke dalam tabung steril.

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Diperlukan pengiriman sampel dengan es kering.

Alur Kerja Layanan

pengiriman sampel

Pengiriman sampel

Persiapan Perpustakaan

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Pengurutan

Analisis data

Analisis data

Layanan purna jual

Layanan purna jual


  • Sebelumnya:
  • Berikutnya:

  • 1.Tingkat anotasi pembuatan profil komunitas mikroba berbasis V3+V4(Illumina) vs. pembuatan profil berbasis durasi penuh (PacBio).
    (Data dari 30 proyek yang dipilih secara acak diterapkan untuk statistik)

    3

    2. Tingkat anotasi pengurutan amplikon panjang penuh pada tingkat spesies dalam jenis sampel yang berbeda

    4

    3. Distribusi spesies

    5
    4.Pohon filogenetik

    6

    Kasus BMK

    Paparan arsenik menginduksi kerusakan penghalang usus dan akibatnya aktivasi poros usus-hati yang menyebabkan peradangan dan piroptosis hati pada bebek

    Diterbitkan:Ilmu Lingkungan Total,2021

    Strategi pengurutan:

    Sampel: Kontrol vs kelompok yang terpapar ATO 8 mg/kg
    Hasil data pengurutan: total 102.583 rangkaian CCS mentah
    Pengendalian: 54.518 ± 747 CCS efektif
    Terkena ATO : 45.050 ± 1675 CCS efektif

    Hasil utama

    Keanekaragaman alfa:Paparan ATO secara signifikan mengubah kekayaan dan keanekaragaman mikroba usus pada bebek.

    Analisis metastasis:
    Pada tingkat filum: 2 filum bakteri hanya terdeteksi pada kelompok kontrol
    Pada tingkat genus: ditemukan 6 genera yang berbeda nyata dalam kelimpahan relatifnya
    Pada tingkat spesies: total 36 spesies teridentifikasi, dengan 6 di antaranya berbeda nyata dalam kelimpahan relatifnya

    Referensi

    Thingholm, LB, dkk.“Orang yang mengalami obesitas dengan dan tanpa Diabetes Tipe 2 Menunjukkan Kapasitas dan Komposisi Fungsi dan Komposisi Mikroba Usus yang Berbeda.”Host Sel & Mikroba26.2(2019).

    mendapatkan penawaran

    Tulis pesan Anda di sini dan kirimkan kepada kami

    Kirim pesan Anda kepada kami: