Pengujian Kromatin yang Dapat Diakses Transposase dengan Sekuensing Berkecepatan Tinggi (ATAC-seq)
Fitur Layanan
● Layanan ini memerlukan sampel jaringan, bukan asam nukleat yang diekstrak, untuk menjaga interaksi DNA-protein.
● Metode ATAC meliputi disosiasi jaringan, diikuti dengan isolasi inti sel, perlakuan dan pemurnian Tn5, amplifikasi PCR, seleksi ukuran, dan pengurutan.
● Pengurutan DNA di Illumina NovaSeq
Keunggulan Layanan
●Sensitivitas Tinggi:Jumlah sel awal yang rendah sudah cukup untuk persiapan pustaka dan pengurutan.
●Teknik yang Sangat Informatif: secara bersamaan mengungkapkan lokasi genomik kromatin terbuka dan elemen pengatur aktif seperti situs pengikatan faktor transkripsi.
●Reproduksibilitas Eksperimental yang Baik: replikasi teknis menunjukkan pengulangan yang sangat baik.
●Keahlian yang LuasDengan ratusan proyek pengurutan ATAC yang berhasil diselesaikan, BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten yang komprehensif, dan dukungan purna jual yang sangat baik.
●Kemungkinan untuk Bergabung dengan Analisis Transkriptomik: memungkinkan analisis terintegrasi dari ATAC seq dengan data omics lainnya seperti RNA-seq.
● Analisis Bioinformatika Komprehensif: memungkinkan tidak hanya identifikasi wilayah kromatin yang terbuka dan fungsinya masing-masing (promotor, UT, ekson, intron) tetapi juga analisis perbedaan antara wilayah kromatin terbuka di antara sampel.
Spesifikasi Layanan
| Perpustakaan | Strategi Pengurutan | Output data yang direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20 juta pembaca Tergantung pada ukuran genom (Manusia: 50 juta pembacaan) | Q30≥85% |
Contoh Persyaratan
Jenis sampel: Jaringan, sel hidup atau beku, darah
● Nomor sel: ≥ 106sel
● Berat jaringan: ≥ 200 mg jaringan segar
● Darah: ≥ 4 mL
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk Analisis Berikut:
● Kontrol kualitas data mentah;
● Penentuan puncak berdasarkan pemetaan ke genom referensi;
● Anotasi gen pada lokasi puncak;
● Analisis Motif: identifikasi situs pengikatan faktor transkripsi (TFBS);
● Analisis dan anotasi puncak diferensial.
1. Heatmap distribusi pembacaan ATAC di TSS dan wilayah sekitarnya (±3 kb)
2. Distribusi wilayah kromatin terbuka pada berbagai komponen genom
3. Perbedaan penentuan puncak antar kelompok
Jelajahi kemajuan penelitian yang difasilitasi oleh layanan pengurutan ATAC BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Fu, A.dkk.(2023) 'Perakitan genom telomer ke telomer pada pare (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) mengungkapkan karakteristik genetik perkembangan, komposisi, dan pematangan buah',Penelitian Hortikultura, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.dkk.(2023) 'Aktivasi epigenetik dan transkripsional kinase sekretori FAM20C sebagai onkogen pada glioma',Jurnal Genetika dan Genomik, 50(6), hlm.422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hai.dkk.(2023) 'Butirat membalikkan resistensi ferroptosis pada kanker kolorektal dengan menginduksi penekanan xCT yang bergantung pada c-Fos',Biologi Redoks, 65, hlm. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
