Perakitan Genom Bakteri De novo
Kami menyediakan layanan perakitan genom bakteri lengkap, dengan jaminan 0 celah. Hal ini dimungkinkan dengan mengintegrasikan teknologi pengurutan bacaan panjang, seperti Nanopore dan PacBio untuk perakitan dan pengurutan bacaan pendek dengan Illumina untuk validasi perakitan dan koreksi kesalahan bacaan ONT. Layanan kami menyediakan alur kerja bioinformatika lengkap mulai dari perakitan, anotasi fungsional, dan analisis bioinformatika tingkat lanjut, yang memenuhi tujuan penelitian tertentu. Layanan ini memungkinkan pengembangan genom referensi yang tepat untuk berbagai studi genetik dan genomik. Selain itu, layanan ini menjadi dasar untuk aplikasi seperti optimasi strain, rekayasa genetika, dan pengembangan teknologi mikroba, memastikan data genomik yang andal dan bebas celah yang sangat penting untuk memajukan wawasan ilmiah dan inovasi bioteknologi.
Fitur Layanan
● Dengan dua pilihan yang dapat dipilih tergantung pada tingkat kelengkapan genom yang diinginkan.
● Opsi Draf Genom: Sekuensing bacaan pendek dengan Illumina NovaSeq PE150.
● Genom lengkap tanpa celah.
● Sekuensing bacaan panjang pada Nanopore PromethION 48 atau PacBio Revio untuk perakitan genom.
● Sekuensing bacaan pendek pada Illumina NovaSeq untuk validasi genom dan koreksi kesalahan (Nanopore) atau untuk menghasilkan draf genom.
Keunggulan Layanan
●Genom Tanpa Celah TerjaminHal ini disebabkan oleh integrasi pengurutan Illumina dengan pengurutan bacaan panjang (Nanopore atau PacBio).
●Alur Kerja Bioinformatika Lengkap:Ini mencakup perakitan genom dan prediksi berbagai elemen genom, anotasi gen fungsional, dan visualisasi genom seperti plot Circos.
●Keahlian yang LuasDengan lebih dari 20.000 genom mikroba yang telah dirakit, BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten yang komprehensif, dan dukungan purna jual yang sangat baik.
●Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.
●Tersedia Berbagai Strategi Pengurutan:Untuk berbagai tujuan penelitian dan persyaratan kelengkapan genom.
Spesifikasi Layanan
| Melayani | Strategi Pengurutan |
| Draf Genom | Illumina PE150 100x |
| Genom Celah 0 | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opsional) |
Contoh Persyaratan:
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopori | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakteri: ≥3,5x1010 sel
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk Analisis Berikut:
● Kontrol Kualitas Data Pengurutan
● Perakitan Genom
● Analisis Komponen Genom: Prediksi CDS dan berbagai elemen genomik
● Anotasi fungsional dengan berbagai basis data umum (GO, KEGG, dll.) dan basis data tingkat lanjut (CARD, CAZy, dll.)
● Visualisasi Genom
Kami menyediakan genom dalam format fasta yang mudah diakses dan file anotasi genom (gff).
Anotasi gen – GO
Anotasi gen – Karbohidrat CAZY
Visualisasi genom – plot Circos
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan perakitan genom bakteri BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Dai, W. dkk. (2023) 'Penemuan Bacteroides uniformis F18-22 sebagai Bakteri Probiotik Baru dan Aman untuk Pengobatan Kolitis Ulseratif dari Usus Besar Manusia yang Sehat',Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 24(19), hlm. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. dkk. (2021) 'Isolat Proteus mirabilis resistan multidrug yang membawa blaOXA-1 dan blaNDM-1 dari satwa liar di Tiongkok: meningkatkan risiko kesehatan masyarakat',Zoologi Integratif, 16(6), hlm.798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT dkk. (2017) 'Urutan genom lengkap endofit Bacillus flexus KLBMP 4941 mengungkapkan mekanisme peningkatan pertumbuhan tanaman dan dasar genetik untuk toleransi garam',Jurnal Bioteknologi, 260, hlm.38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. dkk. (2021) 'Plasmid Resistensi Multireplikon Klebsiella Memediasi Penyebaran Luas Gen Antimikroba',Batasan dalam Mikrobiologi, 12, hal. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
