Genomik Komparatif

Genomik komparatif secara harfiah berarti membandingkan urutan genom lengkap dan struktur spesies berbeda.Disiplin ini bertujuan untuk mengungkap evolusi spesies, fungsi gen, mekanisme pengaturan gen pada tingkat genom dengan mengidentifikasi struktur urutan dan elemen yang melestarikan atau membedakan spesies yang berbeda.Studi genomik komparatif yang umum mencakup analisis dalam keluarga gen, perkembangan evolusi, duplikasi seluruh genom, tekanan selektif, dll.

Hubungi kami

Detail Layanan

Hasil Demo

Studi kasus

Keunggulan Layanan

● Paket analisis komprehensif, berisi delapan analisis yang paling umum diperlukan

● Keandalan yang tinggi dalam analisis dengan interpretasi hasil yang terperinci dan mudah dipahami

● Gambar siap dipublikasikan yang dirancang dengan baik

● Tim bioinformatika yang sangat terampil memenuhi beragam tuntutan analisis yang dipersonalisasi

● Waktu penyelesaian yang lebih singkat dengan akurasi analisis yang lebih tinggi

● Pengalaman berlimpah dengan lebih dari 90 kasus yang berhasil dengan faktor dampak akumulatif yang dipublikasikan lebih dari 900

Spesifikasi Layanan

Perkiraan waktu penyelesaian

Jumlah spesies

Analisis

30 hari kerja

6 - 12

Pengelompokan keluarga gen

Ekspansi dan kontraksi keluarga gen

Konstruksi pohon filogenetik

Estimasi waktu divergensi (Diperlukan kalibrasi fosil)

Waktu penyisipan LTR (Untuk tanaman)

Duplikasi seluruh genom (Untuk tanaman)

Tekanan selektif

Analisis sintaksis

Analisis bioinformatika

● Keluarga gen

● Filogenetik

● Waktu divergensi

● Tekanan selektif

● Analisis sintaksis

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

Jaringan atau DNA untuk pengurutan dan perakitan genom

Untuk Tisu

Jenis	Jaringan	Survei	PacBio CCS
Satwa	Jaringan visceral	0,5 ~ 1 gram	≥ 3,5 gram
	Jaringan otot		≥ 3,5 gram
			≥ 5.0g
			≥ 5,0mL
	Darah mamalia		≥ 5,0mL
	Darah mamalia		≥ 0,5mL
	Darah unggas/Ikan		≥ 0,5mL
Tanaman	Daun Segar	1 ~ 2 gram	≥ 5.0g
	Kelopak/Batang	1 ~ 2 gram	≥ 10.0g
	Akar/Benih	1 ~ 2 gram	≥ 20.0g
Sel	Sel yang dikultur	-	≥ 1x10⁸

Data

File urutan genom (.fasta) dan file anotasi (.gff3) dari spesies yang berkerabat dekat

Alur Kerja Layanan

Desain percobaan

Pengiriman sampel

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Genetika Evolusioner

Berikutnya: Analisis Segregant Massal

*Hasil demo yang ditampilkan di sini semuanya berasal dari genom yang diterbitkan oleh Biomarker Technologies

1. Estimasi waktu penyisipan LTR: Gambar tersebut menunjukkan distribusi bimodal unik dalam waktu penyisipan LTR-RTs dalam genom Weining rye, dibandingkan dengan spesies lain.Puncak terbaru muncul sekitar 0,5 juta tahun lalu.

Estimasi-waktu-penyisipan-3LTR-di-Weining-rye

Li Guang dkk.,Genetika Alam, 2021

2. Analisis filogeni dan famili gen pada labu siam (Sechium edule): Dengan menganalisis labu siam dan 13 spesies terkait lainnya dalam famili gen, labu siam ditemukan berkekerabatan paling dekat dengan labu siam (Trichosanthes anguina).Labu siam yang berasal dari labu ular sekitar 27-45 jtl dan duplikasi seluruh genom (WGD) diamati pada labu siam pada 25±4 jtl, yang merupakan kejadian WGD ketiga pada cucuibitaceae.

4Pohon filogenetik labu siam

Fu A dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021

3. Analisis sintesis: Beberapa gen yang berhubungan dengan fitohormon dalam perkembangan buah ditemukan pada labu siam, labu ular dan labu siam.Korelasi antara labu siam dan labu siam sedikit lebih tinggi dibandingkan antara labu siam dan labu ular.

4Pohon filogenetik labu siam

Fu A dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021

4. Analisis keluarga gen: Pengayaan KEGG pada ekspansi dan kontraksi keluarga gen pada genom G.thurberi dan G.davidsonii menunjukkan bahwa gen terkait biosintesis steroid dan biosintesis brassinosteroid diperluas.

4Pohon filogenetik labu siam

Yang Z dkk.,Biologi BMC, 2021

5. Analisis duplikasi seluruh genom: Analisis distribusi 4DTV dan Ks menunjukkan peristiwa duplikasi seluruh genom.Puncak intraspesies menunjukkan peristiwa duplikasi.Puncak antarspesies menunjukkan peristiwa spesiasi.Analisis menunjukkan bahwa dibandingkan dengan tiga spesies lain yang berkerabat dekat, O. europaea mengalami duplikasi gen skala besar baru-baru ini.

4Pohon filogenetik labu siam

Rao G dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021

Kasus BMK

Mawar tanpa duri: wawasan genom terkait dengan adaptasi kelembapan

Diterbitkan: Tinjauan Sains Nasional, 2021

Strategi pengurutan:

'Basye'sTidak berduri' (R.Wichurainan) genom:
Kira-kira.93 X PacBio + kira-kira.90 X Nanopori + 267 X Iluminasi

Hasil utama

1. Genom R.wichuraiana berkualitas tinggi dibuat menggunakan teknik pengurutan yang sudah lama dibaca, yang menghasilkan kumpulan 530,07 Mb (Perkiraan ukuran genom sekitar 525,9 Mb berdasarkan flow cytometry dan 525,5 berdasarkan survei genom； Heterozigositas sekitar 1,03%).Skor perkiraan BUSCO adalah 93,9%.Dibandingkan dengan “Old blush” (haploOB), kualitas dan kelengkapan genom ini dikonfirmasi oleh akurasi basis tunggal dan indeks perakitan LTR (LAI=20,03).Genom R.wichuraiana mengandung 32.674 gen pengkode protein.

2. Analisis gabungan multi-omics, yang terdiri dari genomik komparatif, transkriptomik, analisis QTL populasi genetik, mengungkapkan spesiasi penting antara R. wichuraiana dan Rosa chinensis.Selain itu, variasi ekspresi gen terkait di QTL kemungkinan besar terkait dengan pola duri batang.

7KEGG-pengayaan-pada-keluarga-gen-ekspansi-dan-kontraksi

Analisis genomik komparatif antara Thornless Basye dan Rosa chinensis termasuk analisis sintesa, cluster keluarga gen, analisis ekspansi dan kontraksi, mengungkapkan sejumlah besar variasi, yang terkait dengan sifat-sifat penting dalam mawar.Ekspansi unik pada keluarga gen NAC dan FAR1/FRS kemungkinan besar dikaitkan dengan resistensi terhadap bintik hitam.

81Analisis-genomik-komparatif-antara-BT-dan-OB 82Analisis-genomik-komparatif-antara-BT-dan-OB 83Analisis-genomik-komparatif-antara-BT-dan-OB