Genomik Komparatif
Keunggulan Layanan
●Keahlian yang luas dan rekam jejak publikasiDengan akumulasi tersebut, BMKGene telah menyelesaikan lebih dari 90 proyek genomik komparatif, dengan faktor dampak kumulatif mencapai 900.
●Analisis bioinformatika komprehensifPaket analisis ini berisi delapan analisis yang paling umum dibutuhkan, menyediakan gambar yang dirancang dengan baik dan siap dipublikasikan, serta memungkinkan interpretasi hasil yang mudah.
●Tim bioinformatika yang sangat terampil dan siklus analisis yang singkat.Dengan pengalaman luas dalam analisis genomik komparatif, tim BMKGene memenuhi beragam kebutuhan analisis personalisasi dalam waktu singkat.
●Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.
Spesifikasi Layanan
| Perkiraan waktu penyelesaian | Jumlah spesies | Analisis |
| 30 hari kerja | 6 - 12 | Pengelompokan keluarga gen Ekspansi dan kontraksi famili gen Konstruksi pohon filogenetik Estimasi waktu divergensi (Kalibrasi fosil diperlukan) Waktu penyisipan LTR (Untuk tanaman) Penggandaan seluruh genom (Untuk tanaman) Tekanan selektif Analisis sinteni |
Analisis bioinformatika
● Keluarga gen
● Filogenetika
● Waktu divergensi
● Tekanan selektif
● Analisis sinteni
Persyaratan dan Pengiriman Sampel
Contoh Persyaratan:
Jaringan atau DNA untuk pengurutan dan perakitan genom
Untuk Jaringan
| Jenis | Jaringan | Survei | PacBio CCS |
| Hewan | Jaringan visceral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Jaringan otot | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Darah mamalia | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Darah unggas/ikan | |||
| Tanaman | Daun Segar | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Kelopak/Batang | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Akar/Biji | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Sel | Sel yang dikultur | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Berkas urutan genom (.fasta) dan berkas anotasi (.gff3) dari spesies yang berkerabat dekat
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
*Hasil demo yang ditampilkan di sini semuanya berasal dari genom yang dipublikasikan oleh Biomarker Technologies.
1. Estimasi waktu penyisipan LTR: Gambar tersebut menunjukkan distribusi bimodal yang unik pada waktu penyisipan LTR-RT dalam genom gandum Weining, dibandingkan dengan spesies lain. Puncak terbaru muncul sekitar 0,5 juta tahun yang lalu.
Li Guang dkk.,Genetika Alam, 2021
2. Analisis filogeni dan famili gen pada chayote (Sechium edule): Dengan menganalisis chayote dan 13 spesies terkait lainnya dalam famili gen, Chayote ditemukan memiliki hubungan paling dekat dengan labu ular (Trichosanthes anguina). Chayote berasal dari labu ular sekitar 27-45 juta tahun yang lalu dan duplikasi seluruh genom (WGD) diamati pada chayote pada 25±4 juta tahun yang lalu, yang merupakan peristiwa WGD ketiga dalam famili Cucuibitaceae.
Fu A dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021
3. Analisis sinteni: Beberapa gen yang terkait dengan fitohormon dalam perkembangan buah ditemukan pada chayote, labu ular, dan labu kuning. Korelasi antara chayote dan labu kuning sedikit lebih tinggi daripada korelasi antara chayote dan labu ular.
Fu A dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021
4. Analisis famili gen: Pengayaan KEGG pada ekspansi dan kontraksi famili gen dalam genom G.thurberi dan G.davidsonii menunjukkan bahwa gen yang terkait dengan biosintesis steroid dan biosintesis brassinosteroid mengalami ekspansi.
Yang Z dkk.,BMC Biologi, 2021
5. Analisis duplikasi seluruh genom: Analisis distribusi 4DTV dan Ks menunjukkan peristiwa duplikasi seluruh genom. Puncak intraspesies menunjukkan peristiwa duplikasi. Puncak interspesies menunjukkan peristiwa spesiasi. Analisis tersebut menunjukkan bahwa dibandingkan dengan tiga spesies terkait erat lainnya, O. europaea mengalami duplikasi gen skala besar lebih baru-baru ini.
Rao G dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021
Kasus BMK
Mawar tanpa duri: wawasan genomik terkait adaptasi terhadap kelembapan.
Diterbitkan: Jurnal Sains Nasional, 2021
Strategi pengurutan:
'Basye'sTanpa duri' (R.Orang Wichurain) genom:
Kira-kira 93 X PacBio + kira-kira 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Hasil utama
1. Genom R.wichuraiana berkualitas tinggi dibangun menggunakan teknik pengurutan bacaan panjang, yang menghasilkan rakitan sebesar 530,07 Mb (Ukuran genom yang diperkirakan sekitar 525,9 Mb dengan sitometri aliran dan 525,5 Mb dengan survei genom; Heterozigositas sekitar 1,03%). Skor estimasi BUSCO adalah 93,9%. Dibandingkan dengan "Old blush" (haploOB), kualitas dan kelengkapan genom ini dikonfirmasi oleh akurasi basa tunggal dan indeks rakitan LTR (LAI=20,03). Genom R.wichuraiana mengandung 32.674 gen pengkode protein.
2. Analisis gabungan multi-omik, yang terdiri dari genomik komparatif, transkriptomik, dan analisis QTL dari populasi genetik, mengungkapkan spesiasi penting antara R. wichuraiana dan Rosa chinensis. Selain itu, variasi ekspresi gen terkait dalam QTL kemungkinan terkait dengan pola duri batang.
Analisis genomik komparatif antara Basye's Thornless dan Rosa chinensis, termasuk analisis sinteni, klaster famili gen, analisis ekspansi dan kontraksi, mengungkapkan sejumlah besar variasi yang terkait dengan sifat-sifat penting pada mawar. Ekspansi unik pada famili gen NAC dan FAR1/FRS sangat mungkin terkait dengan ketahanan terhadap penyakit bercak hitam.
Analisis genomik komparatif antara genom BT dan haploOB.
Zhong, M. , dkk. “Mawar tanpa duri: wawasan genomik terkait adaptasi terhadap kelembaban”Jurnal Sains Nasional, 2021;, nwab092.
