Genetika Evolusioner
Keunggulan Layanan
Takagi dkk.,Jurnal tumbuhan, tahun 2013
●Analisis bioinformatika komprehensif:memungkinkan estimasi keanekaragaman genetik, yang mencerminkan potensi evolusi spesies, dan mengungkapkan hubungan filogenetik yang dapat diandalkan antar spesies dengan pengaruh evolusi konvergen dan evolusi paralel yang diminimalkan.
●Analisis khusus opsionalseperti estimasi waktu dan kecepatan divergensi berdasarkan variasi pada tingkat nukleotida dan asam amino.
●Keahlian yang luas dan rekam jejak publikasiBMKGene telah mengumpulkan pengalaman yang sangat luas dalam proyek-proyek genetika populasi dan evolusi selama lebih dari 15 tahun, mencakup ribuan spesies, dan telah berkontribusi pada lebih dari 1000 proyek tingkat tinggi yang diterbitkan di Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, dan lain-lain.
● Tim bioinformatika yang sangat terampil dan siklus analisis yang singkatDengan pengalaman luas dalam analisis genomik tingkat lanjut, tim BMKGene memberikan analisis komprehensif dengan waktu penyelesaian yang cepat.
● Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.
Spesifikasi dan persyaratan layanan
| Jenis pengurutan | Skala populasi yang direkomendasikan | Strategi pengurutan | Kebutuhan nukleotida |
| Pengurutan Seluruh Genom | ≥ 30 individu, dengan ≥ 10 individu dari setiap subkelompok
| 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah total ≥ 30ng Degradasi atau kontaminasi terbatas atau tidak ada sama sekali. |
| Fragmen Amplifikasi Lokus Spesifik (SLAF) | Kedalaman tag: 10x Jumlah tag: <400 Mb: WGS direkomendasikan <1Gb: 100.000 tag 1 GB >2Gb: 300 ribu tag Maksimal 500 ribu tag | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarosa: tidak ada atau hanya sedikit degradasi atau kontaminasi.
|
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Layanan ini mencakup analisis struktur populasi (pohon filogenetik, PCA, bagan stratifikasi populasi), keanekaragaman populasi, dan seleksi populasi (ketidakseimbangan tautan gen, seleksi sapuan selektif - seleksi situs yang menguntungkan). Layanan ini juga dapat mencakup analisis khusus (misalnya waktu divergensi, aliran gen).
*Hasil demo yang ditampilkan di sini semuanya berasal dari genom yang dipublikasikan di BMKGENE.
1. Analisis evolusi mencakup penyusunan pohon filogenetik, struktur populasi, dan PCA berdasarkan variasi genetik.
Pohon filogenetik merepresentasikan hubungan taksonomi dan evolusi antar spesies yang memiliki nenek moyang yang sama.
PCA bertujuan untuk memvisualisasikan kedekatan antar sub-populasi.
Struktur populasi menunjukkan adanya sub-populasi yang berbeda secara genetik berdasarkan frekuensi alel.
Chen, dkk.,PNAS, 2020
2. Penyapuan selektif
Seleksi selektif mengacu pada proses di mana situs yang menguntungkan dipilih dan frekuensi situs netral yang terkait ditingkatkan dan frekuensi situs yang tidak terkait diturunkan, sehingga mengakibatkan pengurangan regional.
Deteksi genomik pada wilayah seleksi alam diproses dengan menghitung indeks genetik populasi (π, Fst, Tajima's D) dari semua SNP dalam jendela geser (100 Kb) pada langkah tertentu (10 Kb).
Keragaman nukleotida (π)
Tajima's D
Indeks fiksasi (Fst)
Wu, dkk.,Tumbuhan Molekuler, 2018
3. Aliran Gen
Wu, dkk.,Tumbuhan Molekuler, 2018
4. Sejarah demografis
Zhang, dkk.,Alam, Ekologi & Evolusi, 2021
5. Waktu divergensi
Zhang, dkk.,Alam, Ekologi & Evolusi, 2021
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan genetika evolusioner BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan:
Hassanyar, AK dkk. (2023) 'Penemuan Penanda Molekuler SNP dan Gen Kandidat yang Berasosiasi dengan Resistensi Virus Sacbrood pada Larva Apis cerana cerana melalui Resequencing Seluruh Genom',Jurnal internasional ilmu molekuler, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. dkk. (2022) 'Penemuan salamander raksasa Cina liar yang murni secara genetik menciptakan peluang konservasi baru',Penelitian Zoologi, 2022, Vol. 43, Edisi 3, Halaman: 469-480, 43(3), hlm. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. dkk. (2022) 'Pola Filogeografis dan Sejarah Evolusi Populasi Elymus sibiricus L. Asli di Dataran Tinggi Qinghai-Tibet',Batasan dalam Ilmu Tanaman, 13, hlm. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. dkk. (2022) 'Wawasan genomik tentang evolusi longan dari susunan genom tingkat kromosom dan genomika populasi aksesi longan',Penelitian Hortikultura9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
