Genetika Evolusioner

Genetika evolusioner adalah layanan pengurutan yang dirancang untuk memberikan interpretasi komprehensif tentang informasi evolusi dari materi tertentu berdasarkan variasi genetik, termasuk SNP, InDels, SV, dan CNV.Ini memberikan semua analisis mendasar yang diperlukan untuk menggambarkan perubahan evolusioner dan fitur genetik populasi, seperti struktur populasi, keragaman genetik, hubungan filogeni, dll. Ini juga berisi studi tentang aliran gen, yang memberdayakan estimasi ukuran populasi efektif, waktu divergensi.

Hubungi kami

Detail Layanan

Hasil Demo

Studi kasus

Keunggulan Layanan

Takagi dkk.,Jurnal tumbuhan, 2013

● Memperkirakan waktu dan kecepatan divergensi spesies berdasarkan variasi tingkat nukleotida dan asam amino
● Mengungkap hubungan filogenetik yang lebih dapat diandalkan antar spesies dengan meminimalkan pengaruh evolusi konvergen dan evolusi paralel
● Membangun hubungan antara perubahan genetik dan fenotipe untuk mengungkap gen yang berkaitan dengan sifat
● Memperkirakan keanekaragaman genetik, yang mencerminkan potensi evolusi suatu spesies
● Waktu penyelesaian lebih cepat
● Pengalaman yang luas: BMK telah mengumpulkan banyak pengalaman dalam proyek-proyek terkait populasi dan evolusi selama lebih dari 12 tahun, mencakup ratusan spesies, dll. dan berkontribusi dalam lebih dari 80 proyek tingkat tinggi yang diterbitkan dalam Komunikasi Alam, Tanaman Molekuler, Jurnal Bioteknologi Tanaman, dll.

Spesifikasi Layanan

Bahan:

Biasanya, setidaknya tiga sub-populasi (misalnya subspesies atau strain) direkomendasikan.Setiap sub-populasi harus terdiri dari tidak kurang dari 10 individu (Tanaman ＞15, dapat dikurangi untuk spesies langka).

Strategi pengurutan:

* WGS dapat digunakan untuk spesies dengan genom referensi berkualitas tinggi, sedangkan SLAF-Seq dapat diterapkan pada spesies dengan atau tanpa genom referensi, atau genom referensi berkualitas buruk.

Berlaku untuk ukuran genom	WGS	SLAF-Tag (×10.000)
≤ 500 Mb	10×/individu	WGS lebih direkomendasikan
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Analisis bioinformatika

● Analisis evolusi

● Sapuan selektif

● Aliran gen

● Sejarah demografi

● Waktu divergensi

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

Jenis	Jaringan	WGS-NGS	SLAF
Satwa	Jaringan visceral	0,5~1 gram	0,5 gram
	Jaringan otot
	Darah mamalia	1,5mL	1,5mL
	Darah unggas/Ikan
Tanaman	Daun Segar	1~2g	0,5~1 gram
	Kelopak/Batang
	Akar/Benih
Sel	Sel yang dikultur

gDNA

Konsentrasi
(ng/ul)

Jumlah

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Alur Kerja Layanan

Desain percobaan

Pengiriman sampel

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Analisis data

Layanan purna jual

Sebelumnya: Analisis Segregant Massal

Berikutnya: Metabolomik

*Hasil demo yang ditampilkan di sini semuanya berasal dari genom yang diterbitkan bersama BMKGENE

1.Analisis evolusi berisi konstruksi pohon filogenetik, struktur populasi dan PCA berdasarkan variasi genetik.

Pohon filogenetik mewakili hubungan taksonomi dan evolusi antar spesies dengan nenek moyang yang sama.
PCA bertujuan untuk memvisualisasikan kedekatan antar sub-populasi.
Struktur populasi menunjukkan adanya sub-populasi yang berbeda secara genetik dalam hal frekuensi alel.

3-1Pohon filogenetik 3-2PCA 3-3Struktur populasi

Chen, dkk.Al.,PNAS, 2020

2. Sapuan selektif

Sapuan selektif mengacu pada proses dimana situs yang menguntungkan dipilih dan frekuensi situs netral yang terhubung ditingkatkan dan situs yang tidak terhubung dikurangi, sehingga menghasilkan pengurangan regional.

Deteksi luas genom pada wilayah sapuan selektif diproses dengan menghitung indeks genetik populasi（π,Fst, Tajima's D) dari semua SNP dalam jendela geser (100 Kb) pada langkah tertentu (10 Kb).

Keanekaragaman nukleotida (π）
4Keanekaragaman nukleotida(π）

D Tajima
5Tajima-D

Indeks fiksasi (Fst)

6Indeks fiksasi (Fst)

Wu, dkk.Al.,Tumbuhan Molekuler, 2018

3. Aliran Gen

7Aliran gen

Wu, dkk.Al.,Tumbuhan Molekuler, 2018

4. Sejarah demografi

8Sejarah-demografis

Zhang, dkk.Al.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021

5. Waktu divergensi

9Waktu divergensi

Zhang, dkk.Al.,Ekologi & Evolusi Alam, 2021

Kasus BMK

Peta variasi genom memberikan wawasan tentang dasar genetik seleksi Kubis Cina Musim Semi (Brassica rapa ssp. Pekinensis)

Diterbitkan: Tumbuhan Molekuler, 2018

Strategi pengurutan:

Pengurutan ulang: kedalaman pengurutan: 10×

Hasil utama

Dalam penelitian ini, 194 kubis Cina diolah untuk disekuensing ulang dengan kedalaman rata-rata 10×, menghasilkan 1.208.499 SNP dan 416.070 InDels.Analisis filogenetik terhadap 194 galur tersebut menunjukkan bahwa galur-galur tersebut dapat dibagi menjadi tiga ekotipe, yaitu musim semi, musim panas, dan musim gugur.Selain itu, struktur populasi dan analisis PCA menunjukkan bahwa kubis musim semi berasal dari kubis musim gugur di Shandong, Tiongkok.Ini kemudian diperkenalkan ke Korea dan Jepang, disilangkan dengan galur lokal dan beberapa varietas yang terlambat diperkenalkan kembali ke Tiongkok dan akhirnya menjadi kubis Cina Musim Semi.

Pemindaian seluruh genom pada kubis Cina musim semi dan kubis musim gugur yang diseleksi mengungkapkan 23 lokus genom yang telah melalui seleksi ketat, dua di antaranya tumpang tindih dengan wilayah pengontrol waktu perbautan berdasarkan pemetaan QTL.Kedua wilayah ini ditemukan mengandung gen kunci yang mengatur pembungaan, BrVIN3.1 dan BrFLC1.Kedua gen ini selanjutnya dipastikan terlibat dalam perputaran waktu melalui studi transkriptome dan eksperimen transgenik.

Analisis struktur populasi kubis Cina

Penyambungan alternatif-RNA-panjang-penuh-PB

Informasi genetik pada pemilihan kubis Cina

Referensi

Tongbing, dkk.“Peta Variasi Genomik Memberikan Wawasan tentang Dasar Genetik Seleksi Kubis Cina (Brassica rapa ssp.pekinensis) Musim Semi.”Tumbuhan Molekuler,11(2018):1360-1376.