Majelis Genom Jamur De novo
BMKGENE menawarkan solusi serbaguna untuk genom jamur, yang memenuhi beragam kebutuhan penelitian dan kelengkapan genom yang diinginkan. Pemanfaatan sekuensing Illumina short-read saja memungkinkan pembuatan draf genom. Sekuensing short-read dan long-read menggunakan Nanopore atau Pacbio digabungkan untuk menghasilkan genom jamur yang lebih halus dengan kontig yang lebih panjang. Selain itu, pengintegrasian sekuensing Hi-C semakin meningkatkan kemampuan, memungkinkan pencapaian genom lengkap tingkat kromosom.
Fitur Layanan
Dengan tiga opsi yang dapat dipilih tergantung pada tingkat kelengkapan genom yang diinginkan:
● Opsi Draf Genom: Sekuensing bacaan pendek dengan Illumina NovaSeq PE150.
● Opsi Genom Halus Jamur:
Survei Genom: Illumina NovaSeq PE150.
Perakitan Genom: PacBio Revio (pembacaan HiFi) atau Nanopore PromethION 48.
● Genom Jamur Tingkat Kromosom:
Survei Genom: Illumina NovaSeq PE150.
Perakitan Genom: PacBio Revio (pembacaan HiFi) atau Nanopore PromethION 48.
Penambatan kontig dengan perakitan Hi-C.
Keunggulan Layanan
●Tersedia Berbagai Strategi Pengurutan: Untuk berbagai tujuan penelitian dan persyaratan kelengkapan genom
●Alur Kerja Bioinformatika Lengkap:Ini mencakup perakitan genom dan prediksi berbagai elemen genom, anotasi gen fungsional, dan penambatan kontig.
●Keahlian yang LuasDengan lebih dari 12.000 genom mikroba yang telah dirakit, kami menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten yang komprehensif, dan dukungan purna jual yang sangat baik.
●Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.
Spesifikasi Layanan
| Melayani | Strategi Pengurutan | Kontrol Kualitas |
| Draf Genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genom Halus | Survei genom: Illumina PE150 50 x Perakitan: PacBio HiFi 30x atau Nanopore 100x | kontig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) kontig N50 ≥2Mb (ONT Uniseluler) contig N50 ≥500kb (Lainnya) |
| Genom tingkat kromosom | Survei genom: Illumina PE150 50 x Perakitan: PacBio HiFi 30x atau Nanopore 100x Perakitan Hi-C 100x | Rasio penambatan kontig >90%
|
Persyaratan Layanan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanopori | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Jamur Uniseluler: ≥3,5x1010 sel
Jamur Makro: ≥10 g
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk Analisis Berikut:
Survei Genom:
- Kontrol kualitas data pengurutan
- Estimasi genom: ukuran, heterozigositas, elemen berulang
Perakitan Genom Halus:
- Kontrol Kualitas Data Pengurutan
- De novoPerakitan
- Analisis Komponen Genom: Prediksi CDS dan berbagai elemen genomik
- Anotasi fungsional dengan berbagai basis data umum (GO, KEGG, dll.) dan basis data tingkat lanjut (CARD, VFDB, dll.)
Perakitan Hi-C:
- Penilaian Perpustakaan Hi-C.
- Pengikatan kontig, pengelompokan, pengurutan, dan orientasi
- Evaluasi Perakitan HI-C: Berdasarkan genom referensi dan peta panas
Survei genom: distribusi k-mer
Perakitan genom: anotasi homolog gen (basis data NR)
Perakitan genom: anotasi gen fungsional (GO)
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan perakitan genom jamur BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Hao, J. dkk. (2023) 'Profil omik terintegrasi dari jamur obat Inonotus obliquus dalam kondisi terendam',BMC Genomics, 24(1), hlm. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. dkk. (2023) 'Pengurutan genom mengungkapkan evolusi dan mekanisme patogenik patogen bercak mata tajam gandum Rhizoctonia cerealis',Jurnal Tanaman, 11(2), hlm.405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. dkk. (2023) 'Sumber Daya Genom untuk Empat Spesies Clarireedia Penyebab Penyakit Dollar Spot pada Berbagai Jenis Rumput',Penyakit Tanaman, 107(3), hlm. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS dkk. (2023) 'Bukti Genetik dan Molekuler Sistem Perkawinan Tetrapolar pada Jamur Edible Grifola frondosa',Jurnal Jamur, 9(10), hal. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
