Analisis Asosiasi Seluruh Genom
Alur kerja
Keunggulan Layanan
●Keahlian yang luas dan rekam jejak publikasiDengan pengalaman yang terakumulasi dalam GWAS, BMKGene telah menyelesaikan ratusan proyek spesies dalam penelitian GWAS populasi, membantu para peneliti untuk menerbitkan lebih dari 100 artikel, dan faktor dampak kumulatif mencapai 500.
● Analisis bioinformatika komprehensifAlur kerja mencakup analisis asosiasi SNP-sifat, menghasilkan serangkaian gen kandidat dan anotasi fungsional yang sesuai.
●Tim bioinformatika yang sangat terampil dan siklus analisis yang singkat.Dengan pengalaman luas dalam analisis genomik tingkat lanjut, tim BMKGene memberikan analisis komprehensif dengan waktu penyelesaian yang cepat.
●Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.
Spesifikasi dan persyaratan layanan
| Jenis pengurutan | Skala populasi yang direkomendasikan | Strategi pengurutan | Kebutuhan nukleotida |
| Pengurutan Seluruh Genom | 200 sampel | 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/µL Jumlah total ≥ 30ng Degradasi atau kontaminasi terbatas atau tidak ada sama sekali. |
| Fragmen yang Diperkuat Lokus Spesifik (SLAF) | Kedalaman tag: 10x Jumlah tag: < 400 Mb: WGS direkomendasikan < 1Gb: 100.000 tag 1 GB > 2Gb: 300 ribu tag Maksimal 500 ribu tag | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarosa: tidak ada atau hanya sedikit degradasi atau kontaminasi.
|
Pemilihan Material
Berbagai varietas, subspesies, varietas lokal/bank gen/keluarga campuran/sumber daya liar
Berbagai varietas, subspesies, dan varietas lokal.
Keluarga saudara tiri/keluarga saudara kandung/sumber daya alam liar
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk analisis berikut:
- Analisis asosiasi genom luas: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotasi fungsional gen kandidat
Analisis asosiasi SNP-sifat – Plot Manhattan
Analisis asosiasi SNP-sifat – plot QQ
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan de GWAS BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan:
Lv, L. et al. (2023) 'Wawasan tentang dasar genetik toleransi amonia pada kerang Sinonovacula constricta melalui studi asosiasi genom luas',Akuakultur, 569, hlm. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. dkk. (2022) 'Analisis multi-omik dari 398 aksesi millet ekor rubah mengungkapkan wilayah genom yang terkait dengan domestikasi, sifat metabolit, dan efek anti-inflamasi',Tumbuhan Molekuler, 15(8), hlm.1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. dkk. (2022) 'Pemetaan Asosiasi Seluruh Genom Fenotipe Barley Tanpa Kulit pada Lingkungan Kekeringan',Batasan dalam Ilmu Tanaman, 13, hlm. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. dkk. (2021) 'GmST1, yang mengkodekan sulfotransferase, memberikan resistensi terhadap strain virus mosaik kedelai G2 dan G3',Tumbuhan, Sel & Lingkungan, 44(8), hlm.2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
