Analisis Asosiasi Seluruh Genom
Alur kerja
Keunggulan Layanan
●Keahlian yang luas dan catatan publikasi:dengan pengalaman yang terakumulasi dalam GWAS, BMKGene telah menyelesaikan ratusan proyek spesies dalam penelitian GWAS populasi, membantu peneliti menerbitkan lebih dari 100 artikel, dan faktor dampak kumulatif mencapai 500.
● Analisis bioinformatika yang komprehensif:Alur kerja meliputi analisis asosiasi SNP-sifat, yang memberikan serangkaian gen kandidat dan anotasi fungsional terkait.
●Tim bioinformatika yang sangat terampil dan siklus analisis yang singkat: dengan pengalaman hebat dalam analisis genomik tingkat lanjut, tim BMKGene memberikan analisis komprehensif dengan waktu penyelesaian yang cepat.
●Dukungan Purnajual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan purnajual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil.
Spesifikasi dan persyaratan layanan
| Jenis pengurutan | Skala populasi yang direkomendasikan | Strategi pengurutan | Persyaratan nukleotida |
| Pengurutan Genom Utuh | 200 sampel | 10x | Konsentrasi: ≥ 1 ng/ µL Jumlah total ≥ 30ng Degradasi atau kontaminasi terbatas atau tidak ada |
| Fragmen Amplifikasi Lokus Spesifik (SLAF) | Kedalaman tag: 10x Jumlah tag: < 400 Mb: WGS direkomendasikan < 1Gb: 100K tag 1 Gb > 2Gb: 300K tag Maksimal 500k tag | Konsentrasi ≥ 5 ng/µL Jumlah total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Gel agarosa: tidak ada atau terbatasnya degradasi atau kontaminasi
|
Pemilihan Material
Berbagai varietas, subspesies, ras lokal/bank gen/famili campuran/sumber daya liar
Berbagai varietas, subspesies, dan ras lokal
Keluarga tiri/keluarga kandung/sumber daya alam liar
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Ekstraksi RNA
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk analisis berikut:
- Analisis asosiasi genom secara luas: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Anotasi fungsional gen kandidat
Analisis asosiasi SNP-sifat – plot Manhattan
Analisis asosiasi SNP-sifat – plot QQ
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan de GWAS BMKGene melalui koleksi publikasi yang dikurasi:
Lv, L. et al. (2023) 'Wawasan tentang dasar genetik toleransi amonia pada kerang pisau cukur Sinonovacula constricta melalui studi asosiasi genom secara luas',Akuakultur, 569, hal. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Analisis multi-omik dari 398 aksesi millet ekor rubah mengungkapkan wilayah genom yang terkait dengan domestikasi, sifat metabolit, dan efek anti-inflamasi',Pabrik Molekuler, 15(8), hlm.1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. dkk. (2022) 'Pemetaan Asosiasi Seluruh Genom Fenotipe Barely Tanpa Kulit di Lingkungan Kekeringan',Batas-batas dalam Ilmu Tanaman, 13, hal. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, yang mengkode sulfotransferase, memberikan resistensi terhadap strain virus mosaik kedelai G2 dan G3',Tumbuhan, Sel & Lingkungan, 44(8), hlm.2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
