Masuk ke BMKCloud

Produk

Interaksi Kromatin berbasis Hi-C

Hi-C adalah metode yang dirancang untuk menangkap konfigurasi genom dengan menggabungkan penelusuran interaksi berbasis kedekatan dan pengurutan berkecepatan tinggi. Metode ini didasarkan pada pengikatan silang kromatin dengan formaldehida, diikuti oleh pencernaan dan ligasi ulang sedemikian rupa sehingga hanya fragmen yang terikat secara kovalen yang akan membentuk produk ligasi. Dengan mengurutkan produk ligasi ini, dimungkinkan untuk mempelajari organisasi 3D genom. Hi-C memungkinkan untuk mempelajari distribusi bagian genom yang dikemas ringan (kompartemen A, eukromatin) dan lebih mungkin aktif secara transkripsional, dan wilayah yang dikemas lebih rapat (kompartemen B, heterokromatin). Hi-C juga dapat digunakan untuk menentukan Domain Terkait Topologi (TAD), wilayah genom yang memiliki struktur terlipat dan kemungkinan memiliki pola ekspresi yang serupa, dan untuk mengidentifikasi loop kromatin, wilayah DNA yang diikat bersama oleh protein dan yang sering diperkaya dengan elemen pengatur. Layanan sekuensing Hi-C BMKGene memberdayakan para peneliti untuk menjelajahi dimensi spasial genomik, membuka jalan baru untuk memahami regulasi genom dan implikasinya terhadap kesehatan dan penyakit.

Hubungi kami

Rincian Layanan

Bioinformatika

Hasil demo

Publikasi Unggulan

Fitur Layanan

● Pengurutan DNA pada Illumina NovaSeq dengan PE150.

● Layanan ini memerlukan sampel jaringan, bukan asam nukleat yang diekstrak, untuk dihubungkan silang dengan formaldehida dan melestarikan interaksi DNA-protein.

● Eksperimen Hi-C melibatkan restriksi dan perbaikan ujung-ujung lengket dengan biotin, diikuti dengan sirkularisasi ujung-ujung tumpul yang dihasilkan sambil mempertahankan interaksi. DNA kemudian ditarik ke bawah dengan manik-manik streptavidin dan dimurnikan untuk persiapan pustaka selanjutnya.

Keunggulan Layanan

●Desain Enzim Restriksi Optimal: untuk memastikan efisiensi Hi-C yang tinggi pada spesies yang berbeda dengan hingga 93% pasangan interaksi yang valid.

●Keahlian Luas dan Rekam Jejak Publikasi:BMKGene memiliki pengalaman luas dengan >2000 proyek pengurutan Hi-C dari 800 spesies berbeda dan berbagai paten. Lebih dari 100 kasus yang dipublikasikan dengan faktor dampak kumulatif lebih dari 900.

●Tim Bioinformatika yang Sangat Terampil:dengan paten internal dan hak cipta perangkat lunak untuk eksperimen Hi-C dan analisis data serta perangkat lunak visualisasi data yang dikembangkan sendiri.

●Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.

●Anotasi KomprehensifKami menggunakan berbagai basis data untuk memberi anotasi fungsional pada gen dengan variasi yang teridentifikasi dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, sehingga memberikan wawasan pada berbagai proyek penelitian.

Spesifikasi Layanan

Perpustakaan

Strategi Pengurutan

Output data yang direkomendasikan

Resolusi Sinyal Hi-C

Pustaka Hi-C

Illumina PE150

Lingkaran kromatin: 150x

TAD: 50x

Lingkaran Kromatin: 10Kb

TAD: 40Kb

Persyaratan Layanan

Jenis sampel	Jumlah yang dibutuhkan
Jaringan hewan	≥2g
Darah Utuh	≥2 mL
Jamur	≥1g
Jaringan muda tumbuhan	1g/aliquot, disarankan 2-4 aliquot.
Sel yang Dikultur	≥1x10⁷

Sebelumnya: Kit DNA Tanaman Magnetik Cerdas TGuide

Berikutnya: Perpustakaan siap pakai DNBSEQ

Termasuk Analisis Berikut:

● Kontrol kualitas data mentah;

● Pemetaan dan QC pustaka Hi-C: pasangan interaksi yang valid dan Eksponen Peluruhan Interaksi (IDE);

● Pemetaan Interaksi Seluruh Genom: analisis cis/trans dan peta interaksi Hi-C;

● Analisis distribusi kompartemen A/B;

● Identifikasi TAD dan loop kromatin;

● Analisis diferensial pada elemen struktur kromatin 3D di antara sampel dan anotasi fungsional yang sesuai dari gen terkait.

Distribusi proporsi cis dan trans

Peta panas interaksi kromosom antar sampel

Distribusi kompartemen A/B di seluruh genom

Distribusi loop kromatin di seluruh genom

Visualisasi TAD

Jelajahi kemajuan penelitian yang difasilitasi oleh layanan pengurutan Hi-C BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.

Meng, T. dkk. (2021) 'Analisis multi-omik terintegrasi komparatif mengidentifikasi CA2 sebagai target baru untuk kordoma',Neuro-Onkologi, 23(10), hlm.1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. dkk. (2021) 'Disorganisasi dan penataan ulang genom 3D memberikan wawasan tentang patogenesis NAFLD melalui integrasi Hi-C, Nanopore, dan sekuensing RNA',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), hlm.3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.