Perakitan Genom Berbasis Hi-C
Hi-C adalah metode yang dirancang untuk menangkap konfigurasi kromosom dengan menggabungkan penelusuran interaksi berbasis kedekatan dan pengurutan berkecepatan tinggi. Intensitas interaksi ini diyakini berkorelasi negatif dengan jarak fisik pada kromosom. Oleh karena itu, data Hi-C digunakan untuk memandu pengelompokan, pengurutan, dan orientasi sekuens yang telah dirakit dalam draf genom dan menambatkannya pada sejumlah kromosom tertentu. Teknologi ini memungkinkan perakitan genom tingkat kromosom tanpa adanya peta genetik berbasis populasi. Setiap genom membutuhkan Hi-C.
Fitur Layanan
● Pengurutan DNA pada Illumina NovaSeq dengan PE150.
● Layanan ini memerlukan sampel jaringan, bukan asam nukleat yang diekstrak, untuk dihubungkan silang dengan formaldehida dan melestarikan interaksi DNA-protein.
● Eksperimen Hi-C melibatkan restriksi dan perbaikan ujung-ujung lengket dengan biotin, diikuti dengan sirkularisasi ujung-ujung tumpul yang dihasilkan sambil mempertahankan interaksi. DNA kemudian ditarik ke bawah dengan manik-manik streptavidin dan dimurnikan untuk persiapan pustaka selanjutnya.
Keunggulan Layanan
Gambaran Umum Hi-C
(Lieberman-Aiden E dkk.,Sains, 2009)
●Menghilangkan Kebutuhan Data Populasi Genetik:Hi-C menggantikan informasi penting yang diperlukan untuk penambatan kontig.
●Kepadatan penanda yang tinggi:yang menghasilkan rasio penambatan kontig yang tinggi di atas 90%.
●Keahlian yang luas dan rekam jejak publikasi:BMKGene memiliki pengalaman luas dengan lebih dari 2000 kasus Perakitan Genom Hi-C dari 1000 spesies berbeda dan berbagai paten. Lebih dari 200 kasus yang dipublikasikan memiliki faktor dampak kumulatif lebih dari 2000.
●Tim bioinformatika yang sangat terampil:Dengan paten internal dan hak cipta perangkat lunak untuk eksperimen Hi-C dan analisis data, perangkat lunak visualisasi data yang dikembangkan sendiri memungkinkan pemindahan, pembalikan, pencabutan, dan pengulangan blok secara manual.
●Dukungan Purna Jual:Komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil proyek.
●Anotasi KomprehensifKami menggunakan berbagai basis data untuk memberi anotasi fungsional pada gen dengan variasi yang teridentifikasi dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, sehingga memberikan wawasan pada berbagai proyek penelitian.
Spesifikasi Layanan
| Persiapan perpustakaan | Strategi pengurutan | Output data yang direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Pustaka Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Contoh Persyaratan
| Jaringan | Jumlah yang dibutuhkan |
| Jeroan Hewan | ≥ 2 g |
| Otot Hewan | |
| Darah Mamalia | ≥ 2 mL |
| Darah Unggas/Ikan | |
| Tanaman - Daun Segar | ≥ 3 g |
| Sel yang Dikultur | ≥ 1x107 |
| Serangga | ≥ 2 g |
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
1) Kontrol Kualitas Data Mentah
2) Kontrol kualitas pustaka Hi-C: estimasi interaksi Hi-C yang valid
3) Perakitan Hi-C: pengelompokan kontig ke dalam beberapa grup, diikuti dengan pengurutan kontig di dalam setiap grup dan penetapan orientasi kontig.
4) Evaluasi Hi-C
Kontrol Kualitas Pustaka Hi-C – estimasi pasangan interaksi valid Hi-C
Perakitan Hi-C – statistik
Evaluasi pasca-perakitan – peta panas intensitas sinyal antar bin
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan perakitan Hi-C BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Tian, T. dkk. (2023) 'Perakitan genom dan pembedahan genetik plasma nutfah jagung tahan kekeringan yang menonjol', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), hlm. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL dkk. (2020) 'Rakitan Genom Lebah Madu Asia Apis cerana Skala Kromosom', Frontiers in Genetics, 11, hlm. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. dkk. (2023) 'Mengungkap evolusi biosintesis alkaloid tropana dengan menganalisis dua genom dalam famili Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), hlm. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. dkk. (2020) 'Genom Pohon Beringin dan Tawon Penyerbuk Memberikan Wawasan tentang Koevolusi Ara-Tawon', Cell, 183(4), hlm. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
