Urutan Non-coding Panjang-Illumina
Keunggulan Layanan
●Analisis gabungan mRNA dan lncRNA:dengan menggabungkan kuantifikasi transkrip mRNA dengan studi lncRNA dan targetnya, adalah mungkin untuk mendapatkan gambaran mendalam tentang mekanisme pengaturan yang mendasari respons seluler.
●Keahlian yang LuasKami telah memproses lebih dari 230.000 sampel, yang mencakup beragam sampel dan tujuan proyek. Kami menghadirkan kekayaan keahlian untuk setiap proyek.
●Analisis gabungan mRNA dan lncRNA:Kami menggabungkan kuantifikasi transkrip mRNA dengan studi lncRNA dan targetnya, sehingga memungkinkan untuk mendapatkan gambaran mendalam tentang mekanisme pengaturan yang mendasari respons seluler.
●Kontrol Kualitas yang KetatKami menerapkan titik kontrol inti di semua tahap, mulai dari persiapan sampel hingga persiapan pustaka, pengurutan, dan bioinformatika. Pemantauan cermat kami memastikan hasil berkualitas tinggi yang konsisten.
●Anotasi KomprehensifKami menggunakan beberapa basis data untuk memberi anotasi fungsional pada Gen yang Diekspresikan Secara Diferensial (DEG) dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai. Pendekatan komprehensif ini memberikan wawasan tentang proses seluler dan molekuler yang mendasari respons transkriptom, memastikan Anda mendapatkan semua informasi yang mungkin tentang data eksperimen Anda.
●Dukungan PurnajualKami memahami betapa pentingnya kehadiran, oleh karena itu komitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan periode layanan purnajual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasil.
Persyaratan dan Pengiriman Sampel
| Perpustakaan | Platform | Data yang direkomendasikan | Data QC |
| perpustakaan arah yang habis rRNA | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nukleotida:
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Tidak ada atau terbatasnya kontaminasi protein atau DNA yang ditunjukkan pada gel. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevasi dasar terbatas atau tidak ada |
● Tanaman:
Akar, Batang atau Kelopak: 450 mg
Daun atau Biji: 300 mg
Buah: 1,2 g
● Hewan:
Jantung atau Usus: 450 mg
Jeroan atau Otak: 240 mg
Otot: 600 mg
Tulang, Rambut atau Kulit: 1,5g
● Arthropoda:
Serangga: 9g
Krustasea: 450 mg
● Darah lengkap:2 tabung
● Sel: 106 sel
● Serum dan Plasma: 6 ml
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: tabung centrifuge 2 ml (Tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Contoh pelabelan: Kelompok+replikasi misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pengiriman:
1. Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur di dalam es kering.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim dalam suhu ruangan.
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Ekstraksi RNA
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Bioinformatika
- Data mentah
- Data QC
- Penyelarasan genom
- Struktur gen (Penyambungan alternatif, optimasi struktur gen dan prediksi gen baru)
- Kuantifikasi ekspresi gen
- Analisis ekspresi diferensial
- Anotasi dan pengayaan DEG + Gen target lncRNA yang diekspresikan secara diferensial
- Identifikasi transkrip
- Identifikasi lncRNA (konservasi lncRNA dan lncRNA yang diketahui)
- Prediksi gen target lncRNA
- Kuantifikasi ekspresi lncRNA
- Analisis gabungan dengan data mRNA
Analisis Ekspresi Gen Diferensial (DEG)
Kuantifikasi ekspresi lncRNA – pengelompokan
Pengayaan gen target lncRNA
Analisis posisi gabungan mRNA dan lncRNA – Plot Circos (lingkaran tengah adalah mRNA dan lingkaran dalam adalah lncRNA)
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan lncRNA BMKGene melalui koleksi publikasi yang dikurasi.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifikasi, prediksi fungsional, dan verifikasi lncRNA kunci dari lncRNA terkait stres dingin di hati tikus',Laporan Ilmiah2020 10:1, 10(1), hlm. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. dkk. (2021) 'Analisis Transkriptomik Integratif Mengungkapkan Mekanisme Kekebalan untuk Strain Ikan Mas Biasa yang Tahan terhadap CyHV-3',Batasan dalam Imunologi, 12, hal. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ dkk. (2022) 'Prioritas Berbasis Integrasi Multi-Omics dari Jaringan Regulasi RNA Endogen yang Bersaing pada Kanker Paru Sel Kecil: Karakteristik Molekuler dan Kandidat Obat',Batasan dalam Onkologi, 12, hal. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Diseksi genetik jaringan koekspresi gen yang mendasari fotosintesis di Populus',Jurnal Bioteknologi Tanaman, 18(4), hlm. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. dkk. (2022) 'Jaringan Regulasi Global untuk Ekspresi Gen yang Tidak Teratur dan Sinyal Metabolisme Abnormal pada Sel Imun di Lingkungan Mikro Penyakit Graves dan Tiroiditis Hashimoto',Batasan dalam Imunologi, 13, hal. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
