mRNA-seq (NGS) – De novo

Pengurutan mRNA memungkinkan pembuatan profil semua transkrip mRNA dalam sel di bawah kondisi tertentu dan merupakan teknologi yang banyak digunakan di berbagai bidang penelitian. Pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq dirancang untuk menganalisis pustaka pengurutan yang diperkaya poli-A ketika tidak ada genom referensi yang tersedia. Pipeline dimulai dengan kontrol kualitas, diikuti olehde novoPerakitan transkrip dan pemilihan set unigen. Analisis struktur unigen memprediksi urutan pengkodean (CDS) dan pengulangan urutan sederhana (SSR). Selanjutnya, analisis ekspresi diferensial menemukan gen yang diekspresikan secara diferensial (DEG) di antara kondisi yang diuji, diikuti oleh anotasi fungsional dan pengayaan DEG untuk mengekstrak wawasan biologis.