Urutan Metagenom-Nanopori
Keuntungan Layanan
ØPerakitan berkualitas tinggi-Meningkatkan akurasi identifikasi spesies dan prediksi gen fungsional
ØIsolasi genom bakteri tertutup
ØAplikasi yang lebih kuat dan andal di berbagai bidang, misalnya deteksi mikroorganisme patogen atau gen terkait resistensi antibiotik
ØAnalisis metagenom komparatif
Spesifikasi Layanan
| PengurutanPlatform | Perpustakaan | Hasil data yang direkomendasikan | Perkiraan waktu penyelesaian |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Tag | 30 hari |
Analisis bioinformatika
üKontrol kualitas data mentah
üPerakitan metagenom
üKumpulan dan anotasi gen yang tidak berlebihan
üAnalisis keanekaragaman spesies
üAnalisis keragaman fungsi genetik
üAnalisis antar kelompok
üAnalisis asosiasi terhadap faktor eksperimental
Persyaratan dan Pengiriman Sampel
Persyaratan sampel dan pengiriman
Persyaratan Sampel:
Untukekstrak DNA:
| Jenis sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| ekstrak DNA | 30ng | 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Untuk sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan |
| Tanah | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Substansi yang tersisa harus dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP steril atau tabung silinder untuk reservasi. |
| Kotoran | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP steril atau tabung krio untuk reservasi. |
| Isi usus | Sampel harus diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang terkumpul dengan PBS;Sentrifugasi PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP. |
| Lumpur | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel lumpur dalam tabung EP steril atau tabung krio untuk reservasi |
| badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air ledeng, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 m untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril. |
| Kulit | Gosok permukaan kulit dengan hati-hati dengan kapas steril atau pisau bedah dan masukkan ke dalam tabung steril. |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Pengiriman sampel dengan es kering diperlukan.
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
1.Peta Panas: Pengelompokan kekayaan spesies
2.Gen fungsional yang dijelaskan pada jalur metabolisme KEGG
3.Jaringan korelasi spesies
4. Sirkus gen resistensi antibiotik CARD
Kasus BMK
Metagenomik nanopore memungkinkan diagnosis klinis yang cepat dari infeksi saluran pernapasan bawah bakteri
Diterbitkan:Bioteknologi Alam, 2019
Sorotan Teknis
Urutan: Nanopore MinION
Bioinformatika metagenomik klinis: Deplesi DNA inang, analisis WIMP dan ARMA
Deteksi cepat: 6 jam
Sensitivitas tinggi: 96,6%
Hasil utama
Pada tahun 2006, infeksi saluran pernapasan bawah (LR) menyebabkan 3 juta kematian manusia secara global.Metode khas untuk deteksi patogen LR1 adalah budidaya, yang memiliki sensitivitas yang buruk, waktu penyelesaian yang lama dan kurangnya panduan dalam terapi antibiotik dini.Diagnosis mikroba yang cepat dan akurat telah lama menjadi kebutuhan yang mendesak.Dr. Justin dari University of East Anglia dan rekan-rekannya berhasil mengembangkan metode metagenomik berbasis Nanopore untuk deteksi patogen.Menurut alur kerja mereka, 99,99% DNA inang dapat habis.Deteksi patogen dan gen resisten antibiotik dapat diselesaikan dalam 6 jam.
Referensi
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Metagenomik nanopore memungkinkan diagnosis klinis yang cepat dari infeksi saluran pernapasan bawah bakteri.Bioteknologi Alam, 37(7), 1.
