Urutan Metagenomik-Nanopore
Keunggulan Layanan
● Perakitan berkualitas tinggi-Meningkatkan akurasi identifikasi spesies dan prediksi gen fungsional
● Isolasi genom bakteri secara tertutup
● Penerapan yang lebih kuat dan andal di berbagai bidang, misalnya deteksi mikroorganisme patogen atau gen terkait resistensi antibiotik
● Analisis metagenom komparatif
Spesifikasi Layanan
| Platform | Pengurutan | Data yang direkomendasikan | Waktu penyelesaian |
| nanopori | ONT | 6G/10G | 65 hari Kerja |
Analisis bioinformatika
● Kontrol kualitas data mentah
● Perakitan metagenom
● Kumpulan gen dan anotasi yang tidak berlebihan
● Analisis keanekaragaman spesies
● Analisis keanekaragaman fungsi genetik
● Analisis antar kelompok
● Analisis asosiasi terhadap faktor eksperimen
Persyaratan Sampel dan Pengiriman
Persyaratan sampel dan pengiriman
Persyaratan Sampel:
UntukEkstrak DNA:
| Jenis Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kemurnian |
| Ekstrak DNA | 1-1,5 mikrogram | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Untuk sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan |
| Tanah | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Bahan yang tersisa yang layu perlu dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP atau cyrotube steril untuk reservasi. |
| Kotoran | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi. |
| Isi usus | Sampel perlu diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang dikumpulkan dengan PBS;Sentrifugasi PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP. |
| Lumpur | Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan kumpulkan sampel lumpur dalam tabung EP atau cryotube steril untuk reservasi |
| badan air | Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air keran, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 μm untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril. |
| Kulit | Kikis permukaan kulit dengan hati-hati menggunakan kapas steril atau pisau bedah dan masukkan ke dalam tabung steril. |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Diperlukan pengiriman sampel dengan es kering.
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Pembangunan perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
1.Peta Panas: Pengelompokan kekayaan spesies
2. Gen fungsional yang dijelaskan pada jalur metabolisme KEGG
3. Jaringan korelasi spesies
4.Circos gen resistensi antibiotik CARD
Kasus BMK
Metagenomik nanopore memungkinkan diagnosis klinis cepat dari infeksi saluran pernapasan bawah akibat bakteri
Diterbitkan:Bioteknologi Alam, 2019
Sorotan Teknis
Urutan: Nanopore Minion
Bioinformatika metagenomik klinis: Penipisan DNA inang, analisis WIMP dan ARMA
Deteksi cepat: 6 jam
Sensitivitas tinggi: 96,6%
Hasil utama
Pada tahun 2006, infeksi saluran pernapasan bawah (LR) menyebabkan 3 juta kematian manusia secara global.Metode umum untuk mendeteksi patogen LR1 adalah budidaya, yang memiliki sensitivitas buruk, waktu penyelesaian yang lama, dan kurangnya panduan dalam terapi antibiotik dini.Diagnosis mikroba yang cepat dan akurat telah lama menjadi kebutuhan mendesak.Dr Justin dari University of East Anglia dan rekannya berhasil mengembangkan metode metagenomik berbasis Nanopore untuk mendeteksi patogen.Menurut alur kerjanya, 99,99% DNA inang dapat terkuras.Deteksi patogen dan gen yang resisten terhadap antibiotik dapat selesai dalam waktu 6 jam.
Referensi
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J. .(2019).Metagenomik nanopore memungkinkan diagnosis klinis cepat dari infeksi saluran pernapasan bawah akibat bakteri.Bioteknologi Alam, 37(7), 1.
