Pengurutan Metagenomik-TGS
Metagenom adalah kumpulan materi genetik dari komunitas organisme campuran, seperti metagenom lingkungan dan manusia. Metagenom mengandung genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan yang tidak dapat dibudidayakan. Pengurutan metagenomik memungkinkan studi lanskap genomik yang rumit yang tertanam dalam sampel ekologis dengan memberikan lebih dari sekadar profil taksonomi. Pengurutan ini juga menawarkan perspektif genomik fungsional dengan mengeksplorasi gen yang dikodekan dan peran potensialnya dalam proses lingkungan. Meskipun pendekatan shotgun tradisional dengan pengurutan Illumina telah banyak digunakan dalam studi metagenomik, munculnya pengurutan bacaan panjang Nanopore dan PacBio telah mengubah bidang ini. Teknologi Nanopore dan PacBio meningkatkan analisis bioinformatika hilir, terutama perakitan metagenom, memastikan perakitan yang lebih berkelanjutan. Laporan menunjukkan bahwa metagenomik berbasis Nanopore dan PacBio telah berhasil menghasilkan genom bakteri yang lengkap dan tertutup dari mikrobioma kompleks (Moss, EL, dkk., Nature Biotech, 2020). Mengintegrasikan pembacaan Nanopore dengan pembacaan Illumina memberikan pendekatan strategis untuk koreksi kesalahan, mengurangi akurasi rendah yang melekat pada Nanopore. Kombinasi sinergis ini memanfaatkan kekuatan masing-masing platform pengurutan, menawarkan solusi yang kuat untuk mengatasi potensi keterbatasan dan meningkatkan presisi serta keandalan analisis metagenomik.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia dan PacBio Revio
Fitur Layanan
● Sekuensing bacaan panjang pada Nanopore P48 (pustaka 10Kb); PacBio Revio (pustaka 8Kb)
● Koreksi kesalahan: pengurutan pada Illumina NovaSeq (pustaka PE150)
Keunggulan Layanan
●Perakitan Metagenom Berkualitas Tinggi:Dengan jumlah kontig yang lebih sedikit namun memiliki kontinuitas yang lebih tinggi.
●Akurasi Lebih Tinggi:Identifikasi spesies dan prediksi fungsi gen.
●Perakitan yang Ditingkatkan: Memfasilitasi isolasi genom bakteri dan analisis metagenom komparatif.
●Analisis Bioinformatika Komprehensif:Analisis kami tidak hanya berfokus pada keanekaragaman taksonomi tetapi juga pada keanekaragaman fungsional komunitas tersebut.
●Pengalaman LuasTim kami membawa segudang pengalaman ke setiap proyek, dengan rekam jejak keberhasilan dalam menyelesaikan berbagai proyek metagenomik di berbagai bidang penelitian dan memproses lebih dari 200.000 sampel.
Spesifikasi Layanan
| Platform pengurutan | Strategi Pengurutan | Data yang direkomendasikan |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 GB |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 GB |
Contoh Persyaratan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Volume (µL) | |
| Perpustakaan Illumina PE150 | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Pustaka Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Pustaka PacBio 8 kb | ≥50 | 10 µg/sel | ≥20 |
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Termasuk analisis berikut:
● Kontrol Kualitas Data Pengurutan
● Perakitan Metagenom dan Prediksi Gen
● Anotasi Gen
● Analisis Keanekaragaman Alfa Taksonomi
● Analisis Fungsional Komunitas: Fungsi Biologis, Metabolisme, Resistensi Antibiotik
● Analisis Keragaman Fungsional dan Taksonomi:
Analisis Keragaman Beta
Analisis Antar Kelompok
Analisis Korelasi: antara faktor lingkungan dan komposisi serta keanekaragaman OUT
Distribusi himpunan gen non-redundan:
Anotasi gen: jalur KEGG
Anotasi gen: eggNOG
Anotasi gen: Karbohidrat CAZY
Jaringan korelasi spesies:
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan metagenomik BMKGene dengan Nanopore + Illumina melalui publikasi unggulan ini:
Jin, H. dkk. (2023) 'Kompendium genom berkualitas tinggi dari mikrobioma usus manusia Mongolia Dalam', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), hlm. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
