page_head_bg

Produk

Urutan Metagenom-Nanopori

Metagenomics adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi rinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan, dll. Platform pengurutan nanopori baru-baru ini diperkenalkan untuk studi metagenomik.Performanya yang luar biasa dalam panjang baca sebagian besar meningkatkan analisis metagenomik hilir, terutama perakitan metagenom.Mengambil keuntungan dari panjang baca, studi metagenomik berbasis Nanopore mampu mencapai perakitan yang lebih berkelanjutan dibandingkan dengan metagenomik senapan.Telah dipublikasikan bahwa metagenomics berbasis Nanopore berhasil menghasilkan genom bakteri lengkap dan tertutup dari mikrobioma (Moss, EL, et. al,Biotek Alam, 2020)

Platform:Nanopore PromethION P48


Detail Layanan

Hasil Demo

Kasus BMK

Keuntungan Layanan

ØPerakitan berkualitas tinggi-Meningkatkan akurasi identifikasi spesies dan prediksi gen fungsional

ØIsolasi genom bakteri tertutup

ØAplikasi yang lebih kuat dan andal di berbagai bidang, misalnya deteksi mikroorganisme patogen atau gen terkait resistensi antibiotik

ØAnalisis metagenom komparatif

Spesifikasi Layanan

PengurutanPlatform

Perpustakaan

Hasil data yang direkomendasikan

Perkiraan waktu penyelesaian

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Tag

30 hari

Analisis bioinformatika

üKontrol kualitas data mentah

üPerakitan metagenom

üKumpulan dan anotasi gen yang tidak berlebihan

üAnalisis keanekaragaman spesies

üAnalisis keragaman fungsi genetik

üAnalisis antar kelompok

üAnalisis asosiasi terhadap faktor eksperimental

2

Persyaratan dan Pengiriman Sampel

Persyaratan sampel dan pengiriman

Persyaratan Sampel:   

Untukekstrak DNA:

Jenis sampel

Jumlah

Konsentrasi

Kemurnian

ekstrak DNA

30ng

1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Untuk sampel lingkungan:

Jenis sampel

Prosedur pengambilan sampel yang direkomendasikan

Tanah

Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Substansi yang tersisa harus dihilangkan dari permukaan;Giling potongan besar dan lewati filter 2 mm;Sampel aliquot dalam tabung EP steril atau tabung silinder untuk reservasi.

Kotoran

Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel dalam tabung EP steril atau tabung krio untuk reservasi.

Isi usus

Sampel harus diproses dalam kondisi aseptik.Cuci jaringan yang terkumpul dengan PBS;Sentrifugasi PBS dan kumpulkan endapan dalam tabung EP.

Lumpur

Jumlah sampel: kira-kira.5 gram;Kumpulkan dan alikuot sampel lumpur dalam tabung EP steril atau tabung krio untuk reservasi

badan air

Untuk sampel dengan jumlah mikroba terbatas, seperti air ledeng, air sumur, dll., Kumpulkan setidaknya 1 L air dan lewati filter 0,22 m untuk memperkaya mikroba pada membran.Simpan membran dalam tabung steril.

Kulit

Gosok permukaan kulit dengan hati-hati dengan kapas steril atau pisau bedah dan masukkan ke dalam tabung steril.

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Bekukan sampel dalam nitrogen cair selama 3-4 jam dan simpan dalam nitrogen cair atau -80 derajat untuk reservasi jangka panjang.Pengiriman sampel dengan es kering diperlukan.

Alur Kerja Layanan

logo_02

Pengiriman sampel

logo_04

Pembangunan perpustakaan

logo_05

Pengurutan

logo_06

Analisis data

logo_07

Layanan purna jual


  • Sebelumnya:
  • Berikutnya:

  • 1.Peta Panas: Pengelompokan kekayaan spesies32.Gen fungsional yang dijelaskan pada jalur metabolisme KEGG43.Jaringan korelasi spesies54. Sirkus gen resistensi antibiotik CARD
    6

    Kasus BMK

    Metagenomik nanopore memungkinkan diagnosis klinis yang cepat dari infeksi saluran pernapasan bawah bakteri

    Diterbitkan:Bioteknologi Alam, 2019

    Sorotan Teknis
    Urutan: Nanopore MinION
    Bioinformatika metagenomik klinis: Deplesi DNA inang, analisis WIMP dan ARMA
    Deteksi cepat: 6 jam
    Sensitivitas tinggi: 96,6%

    Hasil utama

    Pada tahun 2006, infeksi saluran pernapasan bawah (LR) menyebabkan 3 juta kematian manusia secara global.Metode khas untuk deteksi patogen LR1 adalah budidaya, yang memiliki sensitivitas yang buruk, waktu penyelesaian yang lama dan kurangnya panduan dalam terapi antibiotik dini.Diagnosis mikroba yang cepat dan akurat telah lama menjadi kebutuhan yang mendesak.Dr. Justin dari University of East Anglia dan rekan-rekannya berhasil mengembangkan metode metagenomik berbasis Nanopore untuk deteksi patogen.Menurut alur kerja mereka, 99,99% DNA inang dapat habis.Deteksi patogen dan gen resisten antibiotik dapat diselesaikan dalam 6 jam.

    Referensi
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Metagenomik nanopore memungkinkan diagnosis klinis yang cepat dari infeksi saluran pernapasan bawah bakteri.Bioteknologi Alam, 37(7), 1.

    dapatkan penawaran

    Tulis pesan Anda di sini dan kirimkan kepada kami

    Kirim pesan Anda kepada kami: