Transkriptom lengkap Nanopore

Pengurutan transkriptom Nanopore adalah metode yang ampuh untuk mengurutkan cDNA lengkap, secara akurat mengidentifikasi dan mengkuantifikasi isoform transkrip. Pipeline Transkriptom Lengkap Nanopore BMKCloud dirancang untuk menganalisis data RNA-Seq yang dihasilkan pada platform Nanopore terhadap genom referensi berkualitas tinggi yang dianotasi dengan baik, menyediakan analisis kualitatif dan kuantitatif baik pada tingkat gen maupun transkrip. Setelah kontrol kualitas, sekuens non-kimera lengkap (FLNC) diperoleh dan sekuens konsensus dipetakan ke genom referensi untuk menghilangkan transkrip yang berlebihan. Dari kumpulan transkrip ini, ekspresi dikuantifikasi dan gen serta transkrip yang diekspresikan secara berbeda diidentifikasi dan dianotasi secara fungsional. Pipeline ini juga mencakup analisis poliadenilasi alternatif (APA), analisis penyambungan alternatif, analisis pengulangan sekuens sederhana (SSR), prediksi lncRNA dan target yang sesuai, prediksi sekuens pengkodean (CDS), analisis famili gen, analisis faktor transkripsi, prediksi gen baru, dan anotasi fungsional transkrip.