Pengurutan mRNA Non-Referensi-NGS
Fitur
● Pengambilan poli mRNA sebelum persiapan pustaka
● Independen dari genom referensi apa pun: berdasarkan perakitan transkrip de novo, menghasilkan daftar unigen yang dianotasi dengan berbagai basis data (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analisis bioinformatika komprehensif terhadap ekspresi gen dan struktur transkrip
Keunggulan Layanan
●Keahlian yang LuasDengan rekam jejak memproses lebih dari 600.000 sampel di BMKGENE, yang mencakup berbagai jenis sampel seperti kultur sel, jaringan, dan cairan tubuh, tim kami membawa segudang pengalaman ke setiap proyek. Kami telah berhasil menyelesaikan lebih dari 100.000 proyek mRNA-Seq di berbagai bidang penelitian.
●Kontrol Kualitas yang KetatKami menerapkan titik kontrol inti di semua tahapan, mulai dari persiapan sampel dan pustaka hingga pengurutan dan bioinformatika. Pemantauan yang cermat ini memastikan penyampaian hasil berkualitas tinggi secara konsisten.
● Anotasi KomprehensifKami menggunakan berbagai basis data untuk memberi anotasi fungsional pada Gen yang Diekspresikan Secara Berbeda (DEGs) dan melakukan analisis pengayaan yang sesuai, memberikan wawasan tentang proses seluler dan molekuler yang mendasari respons transkriptom.
●Dukungan Purna JualKomitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasilnya.
Persyaratan dan Pengiriman Sampel
| Perpustakaan | Strategi pengurutan | Data yang direkomendasikan | Kontrol Kualitas |
| Diperkaya dengan Poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Contoh Persyaratan:
Nukleotida:
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasi protein atau DNA yang terlihat pada gel terbatas atau tidak ada sama sekali. | Untuk tanaman: RIN≥4.0; Untuk hewan: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Peningkatan dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali |
● Tanaman:
Akar, Batang, atau Kelopak: 450 mg
Daun atau Biji: 300 mg
Buah: 1,2 g
● Hewan:
Jantung atau Usus: 300 mg
Organ Dalam atau Otak: 240 mg
Otot: 450 mg
Tulang, Rambut, atau Kulit: 1g
● Arthropoda:
Serangga: 6g
Krustasea: 300 mg
● Darah utuh: 1 tabung
● Sel: 106 sel
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: Tabung sentrifugasi 2 ml (Tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Pelabelan sampel: Grup+replika, misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pengiriman:
1. Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim pada suhu ruangan.
Alur Kerja Layanan
Desain eksperimen
Pengiriman sampel
Ekstraksi RNA
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Bioinformatika
Perakitan transkriptom dan seleksi unigen
Anotasi Unigene
Korelasi sampel dan penilaian replikasi biologis
Gen yang Diekspresikan Secara Berbeda (DEGs)
Anotasi Fungsional dari DEGs
Pengayaan Fungsional dari Gen yang Diturunkan Nilainya
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan mRNA NGS eukariotik BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Shen, F. dkk. (2020) 'Perakitan transkriptom de novo dan ekspresi gen yang bias jenis kelamin pada gonad ikan lele Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), hlm. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. dkk. (2016) 'Analisis transkriptom metabolisme sukrosa selama pembengkakan dan perkembangan umbi pada bawang bombai (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(September), hlm. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. dkk. (2017) 'Perakitan de novo, karakterisasi dan anotasi untuk transkriptom Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analisis transkriptom de novo memberikan wawasan tentang toleransi garam Podocarpus macrophyllus di bawah tekanan salinitas', BMC Plant Biology, 21(1), hlm. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
