Larutan mRNA PacBio 2+3 Full-Length
Fitur
● Desain penelitian:
Sampel gabungan diurutkan dengan PacBio untuk mengidentifikasi isoform transkrip.
Sampel terpisah (replika dan kondisi yang akan diuji) diurutkan denganNGS untuk mengukur ekspresi transkrip
● Pengurutan PacBio dalam mode CCS, menghasilkan pembacaan HiFi
● Pengurutan transkrip lengkap
● Analisis tidak memerlukan genom referensi; namun, genom referensi dapat digunakan.
● Analisis bioinformatika tidak hanya mencakup ekspresi pada tingkat gen dan isoform, tetapi juga analisis lncRNA, fusi gen, poliadenilasi, dan struktur gen.
Keuntungan
● Akurasi Tinggi: HiFi membaca dengan akurasi >99,9% (Q30), sebanding dengan NGS
● Analisis Penyambungan AlternatifPengurutan semua transkrip memungkinkan identifikasi dan karakterisasi isoform.
● Kombinasi kekuatan PacBio dan NGSHal ini memungkinkan kuantifikasi ekspresi pada tingkat isoform, mengungkap perubahan yang mungkin tersembunyi saat menganalisis ekspresi gen secara keseluruhan.
● Keahlian yang LuasKami telah memproses lebih dari 2300 sampel, tim kami membawa segudang pengalaman ke setiap proyek.
● Dukungan Purna JualKomitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasilnya.
Persyaratan dan Pengiriman Sampel
| Perpustakaan | Strategi pengurutan | Data yang direkomendasikan | Kontrol Kualitas |
| Pustaka CCS mRNA yang diperkaya PolyA | Sekuel PacBio II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Diperkaya dengan Poli A | Illumina PE150 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Nukleotida
|
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| Perpustakaan Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasi protein atau DNA yang terlihat pada gel terbatas atau tidak ada sama sekali. | Untuk tanaman: RIN≥4.0; Untuk hewan: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Peningkatan dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali |
| Perpustakaan PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasi protein atau DNA yang terlihat pada gel terbatas atau tidak ada sama sekali. | Tanaman: RIN≥7.5 Hewan: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; Peningkatan dasar yang terbatas atau tidak ada sama sekali |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: Tabung sentrifugasi 2 ml (Tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Pelabelan sampel: Grup+replika, misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pengiriman:
1. Es kering:Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim pada suhu ruangan.
Termasuk analisis berikut:
- Data mentah
- Kontrol kualitas
- Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
- Analisis transkrip fusi
- Analisis Penyambungan Alternatif
- Analisis Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
- Analisis transkrip baru: prediksi sekuens pengkodean (CDS) dan anotasi fungsional
- Analisis lncRNA: prediksi lncRNA dan targetnya
- Identifikasi Mikrosatelit (SSR)
- Analisis Transkrip yang Diekspresikan Secara Berbeda (DETs)
- Analisis Gen yang Diekspresikan Secara Berbeda (DEGs)
- Anotasi fungsional DEG dan DET
Analisis BUSCO
Analisis Penyambungan Alternatif
Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)
Analisis Gen yang Diekspresikan Secara Berbeda (DEGs) dan Transkrip (DETs9)
Jaringan interaksi protein-protein dari DET dan DEG
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh sekuensing mRNA lengkap PacBio 2+3 dari BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Chao, Q. dkk. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus',Jurnal Bioteknologi Tanaman, 17(1), hlm. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. dkk. (2022) 'Perubahan Dinamis Kandungan Asam Askorbat Selama Perkembangan dan Pematangan Buah Actinidia latifolia (Tanaman Buah Kaya Askorbat) dan Mekanisme Molekuler Terkait',Jurnal Internasional Ilmu Molekuler, 23(10), hal. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. dkk. (2022) 'Prediksi efektif gen jalur biosintesis yang terlibat dalam polifilin bioaktif pada Paris polyphylla',Biologi Komunikasi2022 5:1, 5(1), hlm. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. dkk. (2023) 'Analisis Gabungan PacBio Iso-Seq dan Illumina RNA-Seq dari Transkriptom Tuta absoluta (Meyrick) dan Gen Sitokrom P450',Serangga, 14(4), hal. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun dkk. (2019) 'Sebuah survei kompleksitas transkriptom menggunakan analisis real-time molekul tunggal PacBio yang dikombinasikan dengan pengurutan RNA Illumina untuk pemahaman yang lebih baik tentang biosintesis asam risinoleat pada Ricinus communis',BMC Genomics, 20(1), hlm. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
