Transkriptom lengkap Pacbio

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, memungkinkan identifikasi akurat isoform transkrip, memberikan wawasan tentang poliadenilasi dan penyambungan alternatif, dan menghasilkan analisis ekspresi gen yang lebih akurat. Pipeline BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome dirancang untuk menganalisis pustaka cDNA yang diurutkan dalam mode Circular Consensus Sequencing (CCS) dan mengidentifikasi sekuens Full-Length Non-Chimeric (FLNC), yang kemudian dikelompokkan menjadi transkrip non-redundan. Analisis BUSCO selanjutnya menilai kelengkapan perakitan transkriptom. Dari transkriptom yang telah dirakit, dilakukan beberapa analisis: penyambungan alternatif, pengulangan sekuens sederhana (SSR), prediksi lncRNA dan gen target yang sesuai, prediksi gen baru, analisis famili gen, analisis faktor transkripsi, dan anotasi fungsional transkrip.