BMKCloud Log in
条形spanduk-03

Produk

Pengurutan Genom Tumbuhan/Hewan De Novo

De Novopengurutan mengacu pada konstruksi seluruh genom suatu spesies menggunakan teknologi pengurutan, misalnya PacBio, Nanopore, NGS, dll., tanpa adanya genom referensi.Peningkatan luar biasa dalam panjang baca pada teknologi sekuensing generasi ketiga telah membawa peluang baru dalam merakit genom yang kompleks, seperti genom dengan heterozigositas tinggi, rasio daerah berulang yang tinggi, poliploid, dll. Dengan panjang baca pada tingkat puluhan kilobase, pembacaan sekuensing ini memungkinkan penyelesaian elemen berulang, wilayah dengan konten GC abnormal, dan wilayah lain yang sangat kompleks.

Platform: PacBio Sekuel II /Nanopore PromethION P48/ Platform Illumina NovaSeq


Detail Layanan

Hasil Demo

Studi kasus

Keunggulan Layanan

1Pengembangan-pengurutan-dan-bioinformatika-dalam-perakitan-genom-de-novo

Pengembangan platform sequencing dan bioinformatika dide novoperakitan genom

(Amarasinghe SL dkk.,Biologi Genom, 2020)

● Membangun genom baru dan menyempurnakan genom referensi yang ada untuk spesies yang diminati.

● Akurasi, kontinuitas, dan kelengkapan yang lebih tinggi dalam perakitan

● Membangun sumber daya fundamental untuk penelitian polimorfisme sekuens, QTL, penyuntingan gen, pemuliaan, dll.

● Dilengkapi dengan platform pengurutan generasi ketiga berspektrum penuh: solusi perakitan genom terpadu

● Strategi pengurutan dan perakitan yang fleksibel memenuhi beragam genom dengan fitur berbeda

● Tim ahli bioinformatika yang sangat terampil dengan pengalaman luas dalam kumpulan genom kompleks, termasuk poliploid, genom raksasa, dll.

● Lebih dari 100 kasus berhasil dengan faktor dampak akumulatif yang dipublikasikan lebih dari 900

● Waktu penyelesaian secepat 3 bulan untuk perakitan genom tingkat kromosom.

● Dukungan teknis yang solid dengan serangkaian paten dan hak cipta perangkat lunak baik dalam sisi eksperimental maupun bioinformatika.

Spesifikasi Layanan

 

Isi

 

 

Platform

 

 

Panjang Baca

 

 

Cakupan

 

Survei Genom

 

Menerangi NovaSeq

 

PE150

 

≥ 50X

 

 

Urutan Genom

 

PacBio Revio

 

Bacaan HiFi 15 kb

 

≥ 30X

 

Hai-C

 

Menerangi NovaSeq

 

PE150

 

100X

 

 

 

Alur kerja

de novo

Persyaratan Sampel dan Pengiriman

Persyaratan Sampel:

Jenis

Jaringan

Untuk PacBio

Untuk Nanopore

Hewan

Organ visceral (hati, limpa, dll)

≥ 1,0 gram

≥ 3,5 gram

Otot

≥ 1,5 gram

≥ 5,0 gram

Darah mamalia

≥ 1,5 mL

≥ 5,0 mL

Darah ikan atau burung

≥ 0,2 mL

≥ 0,5 mL

Tanaman

Daun segar

≥ 1,5 gram

≥ 5,0 gram

Kelopak atau batang

≥ 3,5 gram

≥ 10,0 gram

Akar atau biji

≥ 7,0 gram

≥ 20,0 gram

Sel

Budaya sel

≥ 3×107

≥ 1×108

Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan

Wadah: tabung centrifuge 2 ml (tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Untuk sebagian besar sampel, kami menyarankan untuk tidak mengawetkannya dalam etanol.
Pelabelan sampel: Sampel harus diberi label dengan jelas dan identik dengan formulir informasi sampel yang diserahkan.
Pengiriman: Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong terlebih dahulu dan dikubur dalam es kering.

Alur Kerja Layanan

Contoh QC

Desain percobaan

pengiriman sampel

Pengiriman sampel

Eksperimen percontohan

Ekstraksi DNA

Persiapan Perpustakaan

Pembangunan perpustakaan

Pengurutan

Pengurutan

Analisis data

Analisis data

Layanan purna jual

Layanan purna jual


  • Sebelumnya:
  • Berikutnya:

  • *Hasil demo yang ditampilkan di sini semuanya berasal dari genom yang dipublikasikan dengan Biomarker Technologies

    1.Circos pada perakitan genom tingkat kromosomG. rotundifoliumoleh platform pengurutan Nanopore

    3Circos-on-genomic-features-of-cotton-genome

    Wang M dkk.,Biologi dan Evolusi Molekuler, 2021 

    2.Statistik perakitan dan anotasi genom gandum hitam Weining

    4Statistik-perakitan-genom-dan-anotasi

    Li G dkk.,Genetika Alam, 2021

    3.Prediksi genPendidikan Sechiumgenom, berasal dari tiga metode prediksi:Baru-baru iniprediksi, prediksi berbasis homologi dan prediksi berbasis data RNA-Seq

    5Prediksi gen

    Fu A dkk.,Penelitian Hortikultura, 2021

    4.Identifikasi pengulangan terminal panjang yang utuh pada tiga genom kapas

    6Identifikasi elemen-genom-berulang

    Wang M dkk.,Biologi dan Evolusi Molekuler, 2021

    5. Peta panas Hi-CC.akuminatagenom yang menunjukkan interaksi keseluruhan genom.Intensitas interaksi Hi-C sebanding dengan jarak linier antar contigs.Garis lurus yang bersih pada peta panas ini menunjukkan penjangkaran contigs yang sangat akurat pada kromosom.(Rasio penahan lanjutan: 96,03%)

    7Hi-C-heat-map-on-assembly-sequencing-anchoring

    kang M dkk.,Komunikasi Alam,2021

     

    Kasus BMK

    Perakitan genom berkualitas tinggi menyoroti karakteristik genom gandum hitam dan gen-gen yang penting secara agronomi

    Diterbitkan: Genetika Alam, 2021

    Strategi pengurutan:

    Perakitan genom: Mode PacBio CLR dengan perpustakaan 20 kb (497 Gb, sekitar 63×)
    Koreksi urutan: NGS dengan perpustakaan DNA 270 bp (430 Gb, kira-kira 54×) pada platform Illumina
    Penahan contigs: Pustaka Hi-C (560 Gb, kira-kira 71×) pada platform Illumina
    Peta optik: (779,55 Gb, kira-kira 99×) di Bionano Irys

    Hasil utama

    1. Perakitan genom gandum hitam Weining diterbitkan dengan ukuran total genom 7,74 Gb (98,74% dari perkiraan ukuran genom berdasarkan flow cytometry).Scaffold N50 rakitan ini mencapai 1,04 Gb.93,67% contig berhasil berlabuh pada 7 kromosom semu.Majelis ini dievaluasi dengan peta linkage, LAI dan BUSCO, yang menghasilkan nilai tinggi di semua evaluasi.

    2. Studi lebih lanjut tentang genomik komparatif, peta hubungan genetik, studi transkriptomik dilakukan berdasarkan genom ini.Serangkaian fitur genom terkait sifat terungkap termasuk duplikasi gen di seluruh genom dan dampaknya terhadap gen biosintesis pati;organisasi fisik lokus prolamin yang kompleks, fitur ekspresi gen yang mendasari sifat awal dan wilayah kromosom terkait domestikasi dan lokus pada gandum hitam.

    Studi kasus PB-panjang-RNA-Sequencing

    Diagram Circos tentang fitur genom genom gandum Weining

    Penyambungan alternatif-RNA-panjang-penuh-PB

    Analisis evolusi dan sintesis kromosom dari genom gandum hitam

    Referensi

    Li, G., Wang, L., Yang, J.dkk.Perakitan genom berkualitas tinggi menyoroti karakteristik genom gandum hitam dan gen-gen yang penting secara agronomi.Nat Genet 53,574–584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    mendapatkan penawaran

    Tulis pesan Anda di sini dan kirimkan kepada kami

    Kirim pesan Anda kepada kami: