-
PacBio - Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS Lengkap
Platform Amplicon (16S/18S/ITS) dikembangkan dengan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis proyek keanekaragaman mikroba, yang mencakup analisis dasar standar dan analisis personalisasi: analisis dasar mencakup konten analisis utama penelitian mikroba saat ini, konten analisisnya kaya dan komprehensif, dan hasil analisis disajikan dalam bentuk laporan proyek; konten analisis personalisasi beragam. Sampel dapat dipilih dan parameter dapat diatur secara fleksibel sesuai dengan laporan analisis dasar dan tujuan penelitian, untuk mewujudkan persyaratan personalisasi. Sistem operasi Windows, sederhana dan cepat.
-
Transkriptom PacBio-Sepanjang Penuh (Non-Referensi)
Dengan menggunakan data sekuensing isoform Pacific Biosciences (PacBio) sebagai input, aplikasi ini mampu mengidentifikasi sekuens transkrip lengkap (tanpa perakitan). Dengan memetakan sekuens lengkap terhadap genom referensi, transkrip dapat dioptimalkan berdasarkan gen, transkrip, daerah pengkodean, dan lain-lain yang diketahui. Dalam hal ini, identifikasi struktur mRNA yang lebih akurat, seperti penyambungan alternatif, dan lain-lain, dapat dicapai. Analisis gabungan dengan data sekuensing transkriptom NGS memungkinkan anotasi yang lebih komprehensif dan kuantifikasi ekspresi yang lebih akurat pada tingkat transkrip, yang sangat bermanfaat untuk analisis ekspresi diferensial dan fungsional selanjutnya.
-
Perangkat alat
BMKCloud adalah platform bioinformatika terkemuka yang menyediakan solusi terpadu untuk program genomik, yang dipercaya secara luas oleh para peneliti di berbagai bidang termasuk medis, pertanian, lingkungan, dll. BMKCloud berkomitmen untuk menyediakan layanan yang terintegrasi, andal, dan efisien termasuk platform dan alat analisis bioinformatika, sumber daya komputasi, basis data publik, kursus bioinformatika daring, dll. BMKCloud memiliki berbagai alat bioinformatika yang sering digunakan termasuk anotasi gen, alat genetika evolusioner, ncRNA, kontrol kualitas data, perakitan, penyelarasan, ekstraksi data, mutasi, statistik, generator gambar, analisis sekuens, dll.
-
RNA kecil
RNA kecil adalah jenis RNA non-pengkode pendek dengan panjang rata-rata 18-30 nt, termasuk miRNA, siRNA, dan piRNA. RNA kecil ini telah banyak dilaporkan terlibat dalam berbagai proses biologis seperti degradasi mRNA, penghambatan translasi, pembentukan heterokromatin, dll. Analisis sekuensing RNA kecil telah banyak diterapkan dalam studi tentang perkembangan hewan/tumbuhan, penyakit, virus, dll. Platform analisis sekuensing RNA kecil terdiri dari analisis standar dan penambangan data tingkat lanjut. Berdasarkan data RNA-seq, analisis standar dapat mencapai identifikasi dan prediksi miRNA, prediksi gen target miRNA, anotasi, dan analisis ekspresi. Analisis tingkat lanjut memungkinkan pencarian dan ekstraksi miRNA yang disesuaikan, pembuatan diagram Venn, dan pembangunan jaringan miRNA dan gen target.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS adalah platform analisis pengurutan ulang seluruh genom, yang dikembangkan berdasarkan pengalaman yang kaya dalam Teknologi Biomarker. Platform yang mudah digunakan ini memungkinkan pengiriman alur kerja analisis terintegrasi dengan cepat hanya dengan mengatur beberapa parameter dasar, yang sesuai untuk data pengurutan DNA yang dihasilkan dari platform Illumina dan platform pengurutan BGI. Platform ini diimplementasikan pada server komputasi berkinerja tinggi, yang memungkinkan analisis data yang sangat efisien dalam waktu yang sangat terbatas. Penambangan data yang dipersonalisasi tersedia berdasarkan analisis standar, termasuk kueri gen yang bermutasi, desain primer PCR, dll.
-
mRNA (Referensi)
Transkriptom adalah penghubung antara informasi genetik genomik dan proteom fungsi biologis. Regulasi tingkat transkripsi adalah mode regulasi organisme yang paling penting dan paling banyak dipelajari. Pengurutan transkriptom dapat mengurutkan transkriptom pada titik waktu atau kondisi apa pun, dengan resolusi akurat hingga satu nukleotida. Hal ini dapat secara dinamis mencerminkan tingkat transkripsi gen, secara bersamaan mengidentifikasi dan mengukur transkrip langka dan normal, serta memberikan informasi struktural transkrip spesifik sampel.
Saat ini, teknologi pengurutan transkriptom telah banyak digunakan di bidang agronomi, kedokteran, dan penelitian lainnya, termasuk regulasi perkembangan hewan dan tumbuhan, adaptasi lingkungan, interaksi imun, lokalisasi gen, evolusi genetik spesies, serta deteksi tumor dan penyakit genetik.
-
Metagenomika (NGS)
Platform analisis ini dirancang untuk analisis data metagenomik shotgun berdasarkan pengalaman bertahun-tahun. Platform ini terdiri dari alur kerja terintegrasi yang berisi berbagai analisis metagenomik yang umum dibutuhkan, termasuk pemrosesan data, studi tingkat spesies, studi tingkat fungsi gen, pengelompokan metagenom, dll. Selain itu, tersedia alat penambangan data yang disesuaikan di atas alur kerja analisis standar, termasuk kueri gen dan spesies, pengaturan parameter, pembuatan gambar yang dipersonalisasi, dll.
-
LncRNA
RNA non-coding panjang (lncRNA) adalah jenis transkrip dengan panjang lebih dari 200 nt, yang tidak mampu mengkode protein. Bukti yang terkumpul menunjukkan bahwa sebagian besar lncRNA kemungkinan besar fungsional. Teknologi pengurutan berkecepatan tinggi dan alat analisis bioinformatika memungkinkan kita untuk mengungkap urutan lncRNA dan informasi posisinya secara lebih efisien serta mengarah pada penemuan lncRNA dengan fungsi pengaturan yang penting. BMKCloud bangga menyediakan platform analisis pengurutan lncRNA kepada pelanggan kami untuk mencapai analisis lncRNA yang cepat, andal, dan fleksibel.
-
GWAS
Studi asosiasi genom luas (GWAS) bertujuan untuk mengidentifikasi varian genetik (genotipe) yang terkait dengan sifat spesifik (fenotipe). Studi GWAS menyelidiki penanda genetik di seluruh genom sejumlah besar individu dan memprediksi asosiasi genotipe-fenotipe melalui analisis statistik pada tingkat populasi. Pengurutan ulang seluruh genom berpotensi menemukan semua varian genetik. Dengan menggabungkan data fenotipe, GWAS dapat diproses untuk mengidentifikasi SNP, QTL, dan gen kandidat yang terkait dengan fenotipe, yang sangat mendukung pemuliaan hewan/tanaman modern. SLAF adalah strategi pengurutan genom sederhana yang dikembangkan sendiri, yang menemukan penanda yang tersebar di seluruh genom, yaitu SNP. SNP ini, sebagai penanda genetik molekuler, dapat diproses untuk studi asosiasi dengan sifat yang ditargetkan. Ini adalah strategi yang hemat biaya dalam mengidentifikasi variasi genetik yang terkait dengan sifat kompleks.
-
Transkriptomik Nanopore Lengkap
Isoform alternatif yang kompleks dan bervariasi dalam organisme merupakan mekanisme genetik penting untuk mengatur ekspresi gen dan keragaman protein. Identifikasi struktur transkrip yang akurat adalah dasar untuk studi mendalam tentang pola regulasi ekspresi gen. Platform sekuensing Nanopore telah berhasil membawa studi transkriptomik ke tingkat isoform. Platform analisis ini dirancang untuk menganalisis data RNA-Seq yang dihasilkan pada platform Nanopore berdasarkan genom referensi, yang mencapai analisis kualitatif dan kuantitatif baik pada tingkat gen maupun tingkat transkrip.
-
circ-RNA
RNA sirkular (circRNA) adalah jenis RNA non-pengkodean, yang baru-baru ini ditemukan memainkan peran penting dalam jaringan regulasi yang terlibat dalam perkembangan, resistensi lingkungan, dll. Berbeda dengan molekul RNA linier, misalnya mRNA, lncRNA, ujung 3′ dan 5′ circRNA bergabung bersama untuk membentuk struktur melingkar, yang melindunginya dari pencernaan eksonuklease dan lebih stabil daripada sebagian besar RNA linier. CircRNA telah ditemukan memiliki beragam fungsi dalam mengatur ekspresi gen. CircRNA dapat berperan sebagai ceRNA, yang mengikat miRNA secara kompetitif, dikenal sebagai spons miRNA. Platform analisis sekuensing circRNA memberdayakan analisis struktur dan ekspresi circRNA, prediksi target, dan analisis bersama dengan jenis molekul RNA lainnya.
-
BSA
Platform Bulked Segregant Analysis (BSA) terdiri dari analisis standar satu langkah dan analisis lanjutan dengan pengaturan parameter yang disesuaikan. BSA adalah teknik yang digunakan untuk mengidentifikasi penanda genetik yang terkait dengan fenotipe secara cepat. Alur kerja utama BSA meliputi: 1. memilih dua kelompok individu dengan fenotipe yang sangat berlawanan; 2. menggabungkan DNA, RNA, atau SLAF-seq (Dikembangkan oleh Biomarker) dari semua individu untuk membentuk dua kumpulan DNA; 3. mengidentifikasi urutan diferensial terhadap genom referensi atau di antaranya; 4. memprediksi wilayah terkait kandidat dengan algoritma ED dan indeks SNP; 5. Analisis fungsional dan pengayaan gen di wilayah kandidat, dll. Penambangan data yang lebih canggih termasuk penyaringan penanda genetik dan desain primer juga tersedia.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Platform Amplicon (16S/18S/ITS) dikembangkan dengan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis proyek keanekaragaman mikroba, yang mencakup analisis dasar standar dan analisis personalisasi: analisis dasar mencakup konten analisis utama penelitian mikroba saat ini, konten analisisnya kaya dan komprehensif, dan hasil analisis disajikan dalam bentuk laporan proyek; konten analisis personalisasi beragam. Sampel dapat dipilih dan parameter dapat diatur secara fleksibel sesuai dengan laporan analisis dasar dan tujuan penelitian, untuk mewujudkan persyaratan personalisasi. Sistem operasi Windows, sederhana dan cepat.
