-
Interaksi Kromatin berbasis Hi-C
Hi-C adalah metode yang dirancang untuk menangkap konfigurasi genom dengan menggabungkan penelusuran interaksi berbasis kedekatan dan pengurutan berkecepatan tinggi. Metode ini didasarkan pada pengikatan silang kromatin dengan formaldehida, diikuti oleh pencernaan dan ligasi ulang sedemikian rupa sehingga hanya fragmen yang terikat secara kovalen yang akan membentuk produk ligasi. Dengan mengurutkan produk ligasi ini, dimungkinkan untuk mempelajari organisasi 3D genom. Hi-C memungkinkan untuk mempelajari distribusi bagian genom yang dikemas ringan (kompartemen A, eukromatin) dan lebih mungkin aktif secara transkripsional, dan wilayah yang dikemas lebih rapat (kompartemen B, heterokromatin). Hi-C juga dapat digunakan untuk menentukan Domain Terkait Topologi (TAD), wilayah genom yang memiliki struktur terlipat dan kemungkinan memiliki pola ekspresi yang serupa, dan untuk mengidentifikasi loop kromatin, wilayah DNA yang diikat bersama oleh protein dan yang sering diperkaya dengan elemen pengatur. Layanan sekuensing Hi-C BMKGene memberdayakan para peneliti untuk menjelajahi dimensi spasial genomik, membuka jalan baru untuk memahami regulasi genom dan implikasinya terhadap kesehatan dan penyakit.
-
Pengurutan Imunopresipitasi Kromatin (ChIP-seq)
Imunopresipitasi Kromatin (CHIP) adalah teknik yang memanfaatkan antibodi untuk memperkaya secara selektif protein pengikat DNA dan target genomiknya. Integrasinya dengan NGS memungkinkan profil genomik target DNA yang terkait dengan modifikasi histon, faktor transkripsi, dan protein pengikat DNA lainnya. Pendekatan dinamis ini memungkinkan perbandingan situs pengikatan di berbagai jenis sel, jaringan, atau kondisi. Aplikasi ChIP-Seq mencakup studi regulasi transkripsi dan jalur perkembangan hingga menjelaskan mekanisme penyakit, menjadikannya alat yang sangat diperlukan untuk memahami lanskap regulasi genomik dan memajukan wawasan terapeutik.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Pengurutan bisulfit seluruh genom (WGBS)
Teknik ini, yang didasarkan pada perlakuan bisulfit pada DNA untuk menginduksi konversi sitosin yang tidak termetilasi menjadi urasil (C menjadi U), sementara sitosin yang termetilasi tetap tidak berubah, merupakan metodologi standar emas untuk eksplorasi mendalam metilasi DNA, khususnya posisi kelima dalam sitosin (5-mC), regulator penting ekspresi gen dan aktivitas seluler.
Teknik ini menawarkan resolusi satu basa, memungkinkan para peneliti untuk menyelidiki metilom secara komprehensif dan mengungkap pola metilasi abnormal dalam sampel. Dengan menggunakan WGBS, para ilmuwan dapat memperoleh wawasan yang tak tertandingi tentang lanskap metilasi di seluruh genom, memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang mekanisme epigenetik yang mendasari beragam proses biologis dan penyakit.
-
Pengujian Kromatin yang Dapat Diakses Transposase dengan Sekuensing Berkecepatan Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq adalah teknik sekuensing berkecepatan tinggi yang digunakan untuk analisis aksesibilitas kromatin di seluruh genom. Penggunaannya memberikan pemahaman yang lebih dalam tentang mekanisme kompleks kontrol epigenetik global terhadap ekspresi gen. Metode ini menggunakan transposase Tn5 hiperaktif untuk secara simultan memfragmentasi dan menandai wilayah kromatin terbuka dengan memasukkan adaptor sekuensing. Amplifikasi PCR selanjutnya menghasilkan pembuatan pustaka sekuensing, yang memungkinkan identifikasi komprehensif wilayah kromatin terbuka dalam kondisi ruang-waktu tertentu. ATAC-seq memberikan pandangan holistik tentang lanskap kromatin yang dapat diakses, tidak seperti metode yang hanya berfokus pada situs pengikatan faktor transkripsi atau wilayah yang dimodifikasi histon tertentu. Dengan melakukan sekuensing wilayah kromatin terbuka ini, ATAC-seq mengungkapkan wilayah yang lebih mungkin memiliki sekuens pengatur aktif dan potensi situs pengikatan faktor transkripsi, menawarkan wawasan berharga tentang modulasi dinamis ekspresi gen di seluruh genom.
-
Pengurutan Bisulfit Representasi Tereduksi (RRBS)
Pengurutan bisulfit representasi tereduksi (RRBS) bergantung pada pengayaan wilayah kaya pulau CpG dengan pemotongan MspI diikuti dengan seleksi ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya wilayah yang berdekatan dengan pulau CpG yang diurutkan, sedangkan wilayah dengan pulau CpG yang jauh dikecualikan dari analisis. Proses ini, dikombinasikan dengan pengurutan bisulfit, memungkinkan deteksi metilasi DNA resolusi tinggi, dan pendekatan pengurutan, PE150, secara khusus berfokus pada ujung sisipan daripada bagian tengahnya, sehingga meningkatkan efisiensi profil metilasi.
Teknik ini telah muncul sebagai alternatif yang hemat biaya dan efisien untuk Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) dalam penelitian metilasi DNA. Meskipun WGBS memberikan wawasan komprehensif dengan memeriksa seluruh genom pada resolusi basa tunggal, biayanya yang tinggi dapat menjadi faktor pembatas, yang mana RRBS secara strategis mengurangi tantangan ini dengan menganalisis secara selektif bagian representatif dari genom. Metodologi ini merupakan alat yang sangat berharga yang memungkinkan penelitian metilasi DNA yang hemat biaya dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
