-
Urutan Imunopresipitasi Kromatin (ChIP-seq)
ChIP-Seq menyediakan profil target DNA di seluruh genom untuk modifikasi histon, faktor transkripsi, dan protein terkait DNA lainnya.Ini menggabungkan selektivitas kromatin imunopresipitasi (ChIP) untuk memulihkan kompleks protein-DNA tertentu, dengan kekuatan pengurutan generasi berikutnya (NGS) untuk pengurutan throughput tinggi dari DNA yang dipulihkan.Selain itu, karena kompleks protein-DNA diperoleh dari sel hidup, lokasi pengikatan dapat dibandingkan pada jenis sel dan jaringan berbeda, atau dalam kondisi berbeda.Penerapannya berkisar dari regulasi transkripsional hingga jalur perkembangan hingga mekanisme penyakit dan seterusnya.
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Urutan Metagenomik -NGS
Metagenome mengacu pada kumpulan materi genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan, metagenom manusia, dll. Metagenome berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan.Urutan metagenomik adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi rinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan.
Platform:Platform Iluminasi NovaSeq
-
Urutan Metagenomik-Nanopore
Metagenomics adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi terperinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan, dll. Platform pengurutan nanopore baru-baru ini diperkenalkan. untuk studi metagenomik.Kinerjanya yang luar biasa dalam panjang baca sebagian besar meningkatkan analisis metagenomik hilir, terutama perakitan metagenom.Memanfaatkan panjang baca, studi metagenomik berbasis Nanopore mampu mencapai perakitan yang lebih berkesinambungan dibandingkan dengan metagenomik senapan.Telah dipublikasikan bahwa metagenomik berbasis Nanopore berhasil menghasilkan genom bakteri yang lengkap dan tertutup dari mikrobioma (Moss, EL, et. al,Bioteknologi Alam, 2020)
Platform:Nanopore Prometion P48
-
Urutan bisulfit seluruh genom
Metilasi DNA pada posisi kelima dalam sitosin (5-mC) memiliki pengaruh mendasar terhadap ekspresi gen dan aktivitas seluler.Pola metilasi yang tidak normal telah dikaitkan dengan beberapa kondisi dan penyakit, seperti kanker.WGBS telah menjadi standar emas untuk mempelajari metilasi genom pada resolusi basa tunggal.
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Uji Kromatin yang Dapat Diakses Transposase dengan Urutan Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq adalah metode pengurutan throughput tinggi untuk analisis aksesibilitas kromatin seluruh genom, yang penting untuk kontrol epigenetik global atas ekspresi gen.Adaptor pengurutan dimasukkan ke daerah kromatin terbuka oleh transposase Tn5 yang hiperaktif.Setelah amplifikasi PCR, perpustakaan sequencing dibangun.Semua wilayah kromatin terbuka dapat diperoleh dalam kondisi ruang-waktu tertentu, tidak hanya terbatas pada situs pengikatan faktor transkripsi, atau wilayah modifikasi histon tertentu.
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-PacBio
Subunit pada rRNA 16S dan 18S yang mengandung daerah yang sangat terkonservasi dan hiper-variabel merupakan sidik jari molekuler yang sempurna untuk identifikasi organisme prokariotik dan eukariotik.Memanfaatkan pengurutan, amplikon ini dapat ditargetkan berdasarkan bagian yang dilestarikan dan wilayah hiper-variabel dapat sepenuhnya dikarakterisasi untuk identifikasi mikroba yang berkontribusi pada penelitian yang mencakup analisis keanekaragaman mikroba, taksonomi, filogeni, dll. Waktu nyata molekul tunggal (SMRT ) pengurutan platform PacBio memungkinkan perolehan pembacaan panjang yang sangat akurat, yang dapat mencakup amplikon panjang penuh (sekitar 1,5 Kb).Pandangan yang lebih luas tentang bidang genetika sangat meningkatkan resolusi anotasi spesies dalam komunitas bakteri atau jamur.
Platform:Sekuel PacBio II
-
Urutan Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Pengurutan amplikon 16S/18S/ITS bertujuan untuk mengungkap filogeni, taksonomi, dan kelimpahan spesies dalam komunitas mikroba dengan menyelidiki produk PCR dari penanda genetik rumah tangga yang mengandung bagian yang sangat berkonversi dan hipervariabel.Pengenalan sidik jari molekuler yang sempurna ini oleh Woeses dkk, (1977) memberdayakan pembuatan profil mikrobioma bebas isolasi.Urutan 16S (bakteri), 18S (jamur) dan Spacer transkripsi internal (ITS, jamur) memungkinkan identifikasi spesies yang melimpah serta spesies langka dan tidak teridentifikasi.Teknologi ini telah menjadi alat yang diterapkan secara luas dan utama dalam mengidentifikasi perbedaan komposisi mikroba di berbagai lingkungan, seperti mulut manusia, usus, feses, dll.
Platform:Platform Iluminasi NovaSeq
-
Pengurutan Ulang Seluruh Genom Bakteri dan Jamur
Pengurutan ulang seluruh genom bakteri dan jamur adalah alat penting untuk melengkapi genom bakteri dan jamur yang diketahui, serta untuk membandingkan beberapa genom atau memetakan genom organisme baru.Mengurutkan seluruh genom bakteri dan jamur sangatlah penting untuk menghasilkan genom referensi yang akurat, untuk melakukan identifikasi mikroba dan studi genom komparatif lainnya.
Peron:Platform Illumina NovaSeq
-
PacBio-Pengurutan Amplikon 16S/18S/ITS Panjang Penuh
Platform Amplicon (16S/18S/ITS) dikembangkan dengan pengalaman bertahun-tahun dalam analisis proyek keanekaragaman mikroba, yang berisi analisis dasar standar dan analisis yang dipersonalisasi: analisis dasar mencakup konten analisis arus utama dari penelitian mikroba saat ini, konten analisis kaya dan komprehensif, dan hasil analisis disajikan dalam bentuk laporan proyek;Isi analisis yang dipersonalisasi beragam.Sampel dapat dipilih dan parameter dapat diatur secara fleksibel sesuai dengan laporan analisis dasar dan tujuan penelitian, untuk mewujudkan kebutuhan yang dipersonalisasi.Sistem operasi Windows, sederhana dan cepat.
-
Transkriptome Panjang Penuh PacBio (Non-Referensi)
Mengambil data pengurutan Isoform Pacific Biosciences (PacBio) sebagai input, Aplikasi ini mampu mengidentifikasi urutan transkrip lengkap (tanpa perakitan).Dengan memetakan urutan penuh terhadap genom referensi, transkrip dapat dioptimalkan oleh gen yang diketahui, transkrip, wilayah pengkodean, dll. Dalam hal ini, identifikasi struktur mRNA yang lebih akurat, seperti penyambungan alternatif, dll, dapat dicapai.Analisis gabungan dengan data pengurutan transkriptome NGS memungkinkan anotasi yang lebih komprehensif dan kuantifikasi ekspresi yang lebih akurat pada tingkat transkrip, yang sebagian besar menguntungkan ekspresi diferensial hilir dan analisis fungsional.
-
Pengurutan Bisulfit Representasi yang Dikurangi (RRBS)
Penelitian metilasi DNA selalu menjadi topik hangat dalam penelitian penyakit, dan berkaitan erat dengan ekspresi gen dan sifat fenotipik.RRBS adalah metode yang akurat, efisien dan ekonomis untuk penelitian metilasi DNA.Pengayaan wilayah pulau promotor dan CpG dengan pembelahan enzimatik (Msp I), dikombinasikan dengan sekuensing Bisulfit, menghasilkan deteksi metilasi DNA resolusi tinggi.
Platform: Platform Illumina NovaSeq
-
Urutan mRNA prokariotik
Urutan mRNA memberdayakan pembuatan profil komprehensif semua transkrip mRNA dalam sel dalam kondisi tertentu.Teknologi mutakhir ini berfungsi sebagai alat yang ampuh, mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis.Diadopsi secara luas dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, pengurutan mRNA menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik.Pemrosesan sampel mRNA prokariotik kami disesuaikan untuk transkriptom prokariotik, yang melibatkan penipisan rRNA dan persiapan perpustakaan terarah.
Peron: Illumina NovaSeq X
