-
Pengurutan RNA inti tunggal
Pengembangan teknik penangkapan sel tunggal dan konstruksi pustaka khusus, yang dipadukan dengan pengurutan berkecepatan tinggi, telah merevolusi studi ekspresi gen pada tingkat sel. Terobosan ini memungkinkan analisis yang lebih mendalam dan komprehensif dari populasi sel yang kompleks, mengatasi keterbatasan yang terkait dengan rata-rata ekspresi gen di semua sel dan mempertahankan heterogenitas sebenarnya dalam populasi ini. Meskipun pengurutan RNA sel tunggal (scRNA-seq) memiliki keunggulan yang tak terbantahkan, ia menghadapi tantangan di jaringan tertentu di mana pembuatan suspensi sel tunggal terbukti sulit dan membutuhkan sampel segar. Di BMKGene, kami mengatasi kendala ini dengan menawarkan pengurutan RNA nukleus tunggal (snRNA-seq) menggunakan teknologi Chromium 10X Genomics yang canggih. Pendekatan ini memperluas spektrum sampel yang dapat dianalisis transkriptom pada tingkat sel tunggal.
Isolasi inti sel dilakukan melalui chip Chromium 10X Genomics yang inovatif, yang menampilkan sistem mikrofluida delapan saluran dengan persilangan ganda. Dalam sistem ini, manik-manik gel yang menggabungkan barcode, primer, enzim, dan satu inti sel dikapsulasi dalam tetesan minyak berukuran nanoliter, membentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Setelah pembentukan GEM, lisis sel dan pelepasan barcode terjadi di dalam setiap GEM. Selanjutnya, molekul mRNA mengalami transkripsi balik menjadi cDNA, yang menggabungkan barcode 10X dan Pengidentifikasi Molekuler Unik (UMI). cDNA ini kemudian dikenakan konstruksi pustaka sekuensing standar, yang memfasilitasi eksplorasi profil ekspresi gen yang kuat dan komprehensif pada tingkat sel tunggal.
Platform: 10× Genomics Chromium dan Illumina NovaSeq Platform
-
Transkriptom Spasial Visium 10x Genomics
Transkriptomik spasial adalah teknologi mutakhir yang memungkinkan peneliti untuk menyelidiki pola ekspresi gen dalam jaringan sambil mempertahankan konteks spasialnya. Salah satu platform yang ampuh di bidang ini adalah 10x Genomics Visium yang dipadukan dengan sekuensing Illumina. Prinsip 10X Visium terletak pada chip khusus dengan area penangkapan yang ditentukan tempat potongan jaringan ditempatkan. Area penangkapan ini berisi titik-titik berbarcode, masing-masing sesuai dengan lokasi spasial unik dalam jaringan. Molekul RNA yang ditangkap dari jaringan kemudian diberi label dengan pengidentifikasi molekuler unik (UMI) selama proses transkripsi balik. Titik-titik berbarcode dan UMI ini memungkinkan pemetaan spasial yang tepat dan kuantifikasi ekspresi gen pada resolusi sel tunggal. Kombinasi sampel berbarcode spasial dan UMI memastikan akurasi dan spesifisitas data yang dihasilkan. Dengan menggunakan teknologi Transkriptomik Spasial ini, peneliti dapat memperoleh pemahaman yang lebih dalam tentang organisasi spasial sel dan interaksi molekuler kompleks yang terjadi dalam jaringan, menawarkan wawasan yang tak ternilai tentang mekanisme yang mendasari proses biologis di berbagai bidang, termasuk onkologi, ilmu saraf, biologi perkembangan, imunologi, dan studi botani.
Platform: 10X Genomics Visium dan Illumina NovaSeq
-
Pengurutan mRNA Panjang Penuh - Nanopore
Meskipun sekuensing mRNA berbasis NGS merupakan alat serbaguna untuk mengukur ekspresi gen, ketergantungannya pada bacaan pendek membatasi efektivitasnya dalam analisis transkriptomik yang kompleks. Di sisi lain, sekuensing nanopore menggunakan teknologi bacaan panjang, memungkinkan sekuensing transkrip mRNA lengkap. Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif tentang penyambungan alternatif, fusi gen, poliadenilasi, dan kuantifikasi isoform mRNA.
Pengurutan nanopore, sebuah metode yang mengandalkan sinyal listrik molekul tunggal secara real-time dari nanopore, memberikan hasil secara real-time. Dipandu oleh protein motor, DNA untai ganda berikatan dengan protein nanopore yang tertanam dalam biofilm, kemudian terurai saat melewati saluran nanopore di bawah perbedaan tegangan. Sinyal listrik khas yang dihasilkan oleh basa yang berbeda pada untai DNA dideteksi dan diklasifikasikan secara real-time, sehingga memfasilitasi pengurutan nukleotida yang akurat dan berkelanjutan. Pendekatan inovatif ini mengatasi keterbatasan pembacaan pendek dan menyediakan platform dinamis untuk analisis genomik yang rumit, termasuk studi transkriptomik kompleks, dengan hasil yang langsung terlihat.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Pengurutan mRNA lengkap - PacBio
Meskipun sekuensing mRNA berbasis NGS merupakan alat serbaguna untuk mengukur ekspresi gen, ketergantungannya pada bacaan pendek membatasi penggunaannya dalam analisis transkriptomik yang kompleks. Di sisi lain, sekuensing PacBio (Iso-Seq) menggunakan teknologi bacaan panjang, memungkinkan sekuensing transkrip mRNA lengkap. Pendekatan ini memfasilitasi eksplorasi komprehensif tentang penyambungan alternatif, fusi gen, dan poliadenilasi. Namun, ada pilihan lain untuk kuantifikasi ekspresi gen karena jumlah data yang dibutuhkan sangat besar. Teknologi sekuensing PacBio bergantung pada sekuensing molekul tunggal, waktu nyata (SMRT), memberikan keuntungan yang berbeda dalam menangkap transkrip mRNA lengkap. Pendekatan inovatif ini melibatkan penggunaan pandu gelombang mode nol (ZMW) dan sumur mikrofabrikasi yang memungkinkan pengamatan aktivitas DNA polimerase secara waktu nyata selama sekuensing. Di dalam ZMW ini, DNA polimerase PacBio mensintesis untai DNA komplementer, menghasilkan bacaan panjang yang mencakup keseluruhan transkrip mRNA. Pengoperasian PacBio dalam mode pengurutan Konsensus Sirkular (CCS) meningkatkan akurasi dengan berulang kali mengurutkan molekul yang sama. Bacaan HiFi yang dihasilkan memiliki akurasi yang sebanding dengan NGS, yang selanjutnya berkontribusi pada analisis fitur transkriptomik kompleks yang komprehensif dan andal.
Platform: Sekuel PacBio II; PacBio Revio
-
Pengurutan mRNA Eukariotik-NGS
Pengurutan mRNA adalah teknik yang menggunakan pengurutan generasi berikutnya untuk mengungkap keberadaan dan kuantitas molekul RNA dalam sampel biologis, memberikan gambaran sekilas tentang ekspresi gen dalam sampel tersebut.
Dengan berbagai aplikasinya, alat canggih ini mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis.
Teknik ini banyak diadopsi dalam penelitian, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, karena menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik, memberikan dasar yang kuat untuk memicu rasa ingin tahu tentang potensinya di berbagai bidang.
Platform yang tersedia: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Pengurutan mRNA Non-Referensi-NGS
Pengurutan mRNA memungkinkan pembuatan profil komprehensif dari semua transkrip mRNA di dalam sel dalam kondisi tertentu. Teknologi mutakhir ini berfungsi sebagai alat yang ampuh, mengungkap profil ekspresi gen yang rumit, struktur gen, dan mekanisme molekuler yang terkait dengan beragam proses biologis. Digunakan secara luas dalam penelitian fundamental, diagnostik klinis, dan pengembangan obat, pengurutan mRNA menawarkan wawasan tentang seluk-beluk dinamika seluler dan regulasi genetik.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Pengurutan Non-coding Panjang - Illumina
RNA non-coding panjang (lncRNA) adalah RNA yang lebih panjang dari 200 nukleotida yang memiliki potensi pengkodean minimal dan merupakan elemen penting dalam RNA non-coding. Ditemukan di nukleus dan sitoplasma, RNA ini memainkan peran penting dalam regulasi epigenetik, transkripsional, dan pasca-transkripsional, yang menggarisbawahi signifikansinya dalam membentuk proses seluler dan molekuler. Pengurutan lncRNA adalah alat yang ampuh dalam diferensiasi sel, ontogenesis, dan penyakit manusia.
Platform: Illumina NovaSeq X
-
Pengurutan RNA Kecil - Illumina
RNA kecil adalah kelompok molekul RNA yang meliputi mikroRNA (miRNA), RNA pengganggu kecil (siRNA), dan RNA yang berinteraksi dengan piwi (piRNA). Di antara molekul-molekul ini, miRNA, yang panjangnya sekitar 18-25 nukleotida, sangat penting karena peran pengaturannya yang sangat penting dalam berbagai proses seluler. Dengan pola ekspresi spesifik jaringan dan spesifik tahap, miRNA menunjukkan konservasi yang tinggi di berbagai spesies.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Pengurutan CircRNA - Illumina
Pengurutan RNA sirkular (circRNA-seq) memprofilkan dan menganalisis RNA sirkular, suatu kelas molekul RNA yang membentuk lingkaran tertutup karena peristiwa penyambungan non-kanonik, yang memberikan RNA ini peningkatan stabilitas. Meskipun beberapa circRNA telah terbukti bertindak sebagai penyerap mikroRNA, mengikat mikroRNA dan mencegahnya mengatur mRNA targetnya, circRNA lain dapat berinteraksi dengan protein, memodulasi ekspresi gen, atau memiliki peran dalam proses seluler. Analisis ekspresi circRNA memberikan wawasan tentang peran pengaturan molekul-molekul ini dan signifikansinya dalam berbagai proses seluler, tahap perkembangan, dan kondisi penyakit, berkontribusi pada pemahaman yang lebih dalam tentang kompleksitas regulasi RNA dalam konteks ekspresi gen.
Platform: Illumina Novaseq X
-
Pengurutan Transkriptom Lengkap – Illumina
Pengurutan transkriptom Wole menawarkan pendekatan komprehensif untuk memprofilkan beragam molekul RNA, meliputi RNA pengkode (mRNA) dan RNA non-pengkode (lncRNA, circRNA, dan miRNA). Teknik ini menangkap seluruh transkriptom sel tertentu pada suatu momen tertentu, memungkinkan pemahaman holistik tentang proses seluler.
Platform yang tersedia: Illumina Novaseq X
