Urutan RNA prokariotik

Pengurutan RNA prokariotik menggunakan pengurutan generasi berikutnya (NGS) untuk mengungkap keberadaan dan kuantitas RNA pada saat tertentu, dengan menganalisis perubahan transkriptome seluler.Pengurutan RNA prokariotik perusahaan kami, secara khusus ditujukan pada prokariota dengan genom referensi, memberi Anda profil transkriptom, analisis struktur gen, dll. Ini telah diterapkan secara luas pada penelitian sains dasar, penelitian dan pengembangan obat, dan banyak lagi.

Platform: Platform Illumina NovaSeq

Hubungi kami

Detail Layanan

Spesifikasi Layanan

Peron: Platform Illumina NovaSeq, PE150

Jenis perpustakaan: 350bp masukkan perpustakaan cDNA (tergantung pada distribusi puncak)

Strategi pengurutan: Berpasangan-Akhir 150 bp

Jumlah data yang disarankan: 2 Gb data/sampel mentah

Bioinformatika

(1) Pengurutan pengendalian kualitas data: Distribusi nukleotida, Distribusi kualitas basa, penilaian rasio rRNA;

(2) Analisis keselarasan sekuens: Statistik hasil keselarasan, Saturasi sekuensing, Cakupan sekuensing;

(3) Anotasi genom referensi (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analisis ekspresi: Distribusi ekspresi (Dengan dua sampel atau lebih), Analisis ekspresi antar sampel (Analisis Venn, Analisis Korelasi, Analisis PCA);

(5) Analisis ekspresi diferensial (Dengan dua sampel atau lebih);

(6) Analisis himpunan gen: Analisis Venn, Analisis klaster, Analisis anotasi fungsi (COG, GO, KEGG), Analisis pengayaan fungsi (GO, KEGG), Grafik chordal pengayaan fungsi, Analisis Ipath;

(7) analisis sRNA: prediksi sRNA, anotasi sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), prediksi struktur sekunder sRNA, prediksi gen target sRNA;

(8) Analisis struktur transkrip: Analisis Operon, Prediksi lokasi awal dan akhir transkripsi, anotasi dan analisis UTR, Prediksi urutan promotor, Analisis SNP/InDel (anotasi SNP/InDel, distribusi regional SNP/InDel, statistik SNP).