Pengurutan RNA Prokariotik
Fitur
● Pemrosesan sampel RNA melibatkan pengurangan rRNA diikuti dengan persiapan pustaka RNA terarah.
● Analisis bioinformatika berdasarkan penyelarasan dengan genom referensi
● Analisis mencakup ekspresi gen dan gen yang diekspresikan secara berbeda (DEGs), tetapi juga struktur transkrip dan analisis sRNA.
Keunggulan Layanan
●Kontrol Kualitas yang KetatKami menerapkan titik kontrol inti di semua tahapan, mulai dari persiapan sampel dan pustaka hingga pengurutan dan bioinformatika. Pemantauan yang cermat ini memastikan penyampaian hasil berkualitas tinggi secara konsisten.
●Data Pengurutan Spesifik Untai: karena persiapan pustaka RNA bersifat terarah, sehingga memungkinkan identifikasi transkrip anti-sense.
●Analisis Lengkap yang Disesuaikan untuk Transkriptom Prokariotik: Alur kerja bioinformatika tidak hanya mencakup analisis ekspresi gen tetapi juga analisis struktur transkrip, termasuk identifikasi operon, UTR, dan promotor. Ini juga mencakup analisis sRNA, yaitu anotasi dan prediksi struktur sekunder dan targetnya.
●Dukungan Purna JualKomitmen kami melampaui penyelesaian proyek dengan masa layanan purna jual selama 3 bulan. Selama periode ini, kami menawarkan tindak lanjut proyek, bantuan pemecahan masalah, dan sesi tanya jawab untuk menjawab pertanyaan apa pun terkait hasilnya.
Persyaratan dan Pengiriman Sampel
| Perpustakaan | Strategi pengurutan | Data yang direkomendasikan | Kontrol Kualitas |
| pustaka terarah yang kekurangan rRNA | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Contoh Persyaratan:
| Konsentrasi (ng/μl) | Jumlah (μg) | Kemurnian | Integritas |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Kontaminasi protein atau DNA yang terlihat pada gel terbatas atau tidak ada sama sekali. | RIN≥6.5 |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: Tabung sentrifugasi 2 ml (Tidak disarankan menggunakan kertas timah)
Pelabelan sampel: Grup+replika, misalnya A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pengiriman:
1. Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong dan dikubur dalam es kering.
2. Tabung RNAstable: Sampel RNA dapat dikeringkan dalam tabung stabilisasi RNA (misalnya RNAstable®) dan dikirim pada suhu ruangan.
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Alur Kerja Analisis Bioinformatika
Termasuk Analisis Berikut:
● Kontrol kualitas data mentah
● Penyelarasan dengan genom referensi
● Penilaian Kualitas Pustaka: Keacakan fragmentasi RNA, ukuran sisipan, dan saturasi pengurutan
● Anotasi fungsional gen pengkodean yang diprediksi
● Analisis Ekspresi: korelasi dan Analisis Komponen Utama (PCA)
● Ekspresi Gen Diferensial (DEGs)
● Anotasi fungsional dan pengayaan DEG
● Analisis sRNA: prediksi, anotasi, target, dan prediksi struktur sekunder
● Analisis Struktur Transkrip: operon, posisi awal dan akhir, daerah yang tidak ditranslasikan (UTS), promotor, dan analisis SNP/InDel
Kejenuhan pengurutan
Anotasi fungsional gen pengkodean
Korelasi antar sampel
Analisis Gen yang Diekspresikan Secara Berbeda (DEGs)
Analisis pengayaan fungsional
Anotasi sRNA
Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan pengurutan mRNA lengkap Nanopore dari BMKGene dalam publikasi unggulan ini.
Guan, CP dkk. (2018) 'Perubahan Transkriptom Global Staphylococcus epidermidis Pembentuk Biofilm sebagai Respon terhadap Total Alkaloid Sophorea alopecuroides',Jurnal Mikrobiologi Polandia, 67(2), hal. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
