Pengurutan Bisulfit Representasi Tereduksi (RRBS)
Pengurutan bisulfit representasi tereduksi (RRBS) bergantung pada pengayaan wilayah kaya pulau CpG dengan pemotongan MspI diikuti dengan seleksi ukuran fragmen 200-500/600 bps. Akibatnya, hanya wilayah yang berdekatan dengan pulau CpG yang diurutkan, sedangkan wilayah dengan pulau CpG yang jauh dikecualikan dari analisis. Proses ini, dikombinasikan dengan pengurutan bisulfit, memungkinkan deteksi metilasi DNA resolusi tinggi, dan pendekatan pengurutan, PE150, secara khusus berfokus pada ujung sisipan daripada bagian tengahnya, sehingga meningkatkan efisiensi profil metilasi.
Teknik ini telah muncul sebagai alternatif yang hemat biaya dan efisien untuk Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) dalam penelitian metilasi DNA. Meskipun WGBS memberikan wawasan komprehensif dengan memeriksa seluruh genom pada resolusi basa tunggal, biayanya yang tinggi dapat menjadi faktor pembatas, yang mana RRBS secara strategis mengurangi tantangan ini dengan menganalisis secara selektif bagian representatif dari genom. Metodologi ini merupakan alat yang sangat berharga yang memungkinkan penelitian metilasi DNA yang hemat biaya dan memajukan pengetahuan tentang mekanisme epigenetik.
Fitur Layanan
● Pengurutan DNA menggunakan Illumina NovaSeq.
● Membutuhkan genom referensi.
● DNA Lambda digunakan untuk memantau efisiensi konversi bisulfit.
● Efisiensi pencernaan MspI juga dipantau.
● Pencernaan enzim ganda untuk sampel tanaman.
Keunggulan Layanan
●Alternatif Hemat Biaya dan Efisien untuk WGBSHal ini memungkinkan analisis dilakukan dengan biaya lebih rendah dan kebutuhan sampel yang lebih sedikit.
●Platform Lengkap:Kami menyediakan layanan terpadu yang unggul mulai dari pemrosesan sampel, pembuatan pustaka, dan pengurutan hingga analisis bioinformatika.
●Keahlian yang LuasKami telah meraih kesuksesan di berbagai macam spesies. BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten yang komprehensif, dan dukungan purna jual yang sangat baik.
Spesifikasi Layanan
| Perpustakaan | Strategi Pengurutan | Output data yang direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Pustaka yang dicerna dengan MspI dan diberi perlakuan Bisulfit | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Konversi bisulfit > 99% Efisiensi pemotongan MspI > 95% |
Contoh Persyaratan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) |
| |
| DNA genomik | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradasi atau kontaminasi terbatas |
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan purna jual
Analisis BI meliputi:
● Kontrol kualitas data mentah hasil sekuensing;
● Pemetaan ke genom referensi;
● Deteksi basa termetilasi 5mC dan identifikasi motif;
● Analisis distribusi metilasi dan perbandingan sampel;
● Analisis Daerah yang Mengalami Metilasi Berbeda (DMR);
● Anotasi fungsional gen yang terkait dengan DMR.
Kontrol kualitas: efisiensi pencernaan (dalam pemetaan genom)
Kontrol kualitas: konversi bisulfit (dalam ekstraksi informasi metilasi)
Peta metilasi: distribusi metilasi 5mC di seluruh genom
Perbandingan sampel: Analisis Komponen Utama
Analisis Daerah yang Mengalami Metilasi Berbeda (DMR): peta panas
Jelajahi kemajuan penelitian yang difasilitasi oleh layanan pengurutan bisulfit genom lengkap BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Li, Z. dkk. (2022) 'Pemrograman ulang dengan fidelitas tinggi menjadi sel mirip Leydig melalui aktivasi CRISPR dan faktor parakrin',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. dkk. (2023) 'Analisis metilasi DNA genomik terhadap komposisi tubuh pada kembar monozigot Tiongkok',Jurnal Investigasi Klinis Eropa, 53(11), hal. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. dkk. (2022) 'Metilasi DNA dan rasio pinggang-pinggul: studi asosiasi epigenom-luas pada kembar monozigot Tiongkok',Jurnal Investigasi Endokrinologi, 45(12), hlm.2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
