Urutan RNA inti tunggal

Kemajuan dalam penangkapan sel tunggal dan teknik konstruksi perpustakaan individual yang digabungkan dengan pengurutan throughput tinggi memungkinkan studi ekspresi gen berdasarkan sel demi sel.Hal ini memungkinkan analisis sistem yang lebih dalam dan lengkap pada populasi sel yang kompleks, yang menghindari penyembunyian heterogenitas dengan mengambil rata-rata seluruh sel.

Namun, beberapa sel tidak cocok untuk dibuat menjadi suspensi sel tunggal, sehingga diperlukan metode preparasi sampel lainnya – ekstraksi inti dari jaringan, yaitu inti diekstraksi langsung dari jaringan atau sel dan disiapkan menjadi suspensi inti tunggal untuk suspensi sel tunggal. pengurutan sel.

BMK menyediakan layanan pengurutan RNA sel tunggal berbasis 10× Genomics Chromium™.Layanan ini telah banyak digunakan dalam penelitian terkait penyakit, seperti diferensiasi sel imun, heterogenitas tumor, perkembangan jaringan, dan lain-lain.

Chip transkriptome spasial: 10× Genomik

Platform: Platform Illumina NovaSeq

Hubungi kami

Detail Layanan

Bioinformatika

Hasil Demo

Prinsip teknis

Isolasi inti dicapai dengan 10× Genomics ChromiumTM, yang terdiri dari sistem mikrofluida delapan saluran dengan persilangan ganda.Dalam sistem ini, manik-manik gel dengan barcode dan primer, enzim dan inti tunggal dienkapsulasi dalam tetesan minyak berukuran nanoliter, menghasilkan Gel Bead-in-Emulsion (GEM).Setelah GEM terbentuk, lisis sel dan pelepasan barcode dilakukan di setiap GEM.mRNA ditranskripsi terbalik menjadi molekul cDNA dengan 10x barcode dan UMI, yang selanjutnya tunduk pada konstruksi perpustakaan sekuensing standar.

Jaringan tidak cocok untuk persiapan suspensi sel tunggal

Sel / Jaringan	Alasan
Jaringan beku yang belum segar	Tidak bisa mendapatkan organisasi baru atau yang sudah lama disimpan
Sel otot, Megakariosit, Lemak…	Diameter sel terlalu besar untuk dimasukkan ke dalam instrumen
Hati…	Terlalu rapuh untuk dipatahkan, tidak mampu membedakan sel tunggal
Sel Neuron, Otak…	Semakin sensitif, mudah stres, akan mengubah hasil sekuensing
Pankreas, Tiroid…	Kaya akan enzim endogen, mempengaruhi produksi suspensi sel tunggal

Inti tunggal vs Sel tunggal

Inti tunggal	Sel tunggal
Diameter sel tidak terbatas	Diameter sel: 10-40 mikron
Bahannya bisa berupa tisu beku	Bahannya harus tisu segar
Stres rendah pada sel beku	Perawatan enzim dapat menyebabkan reaksi stres sel
Tidak ada sel darah merah yang perlu dihilangkan	Sel darah merah perlu dihilangkan
Nuklir mengungkapkan bioinformasi	Seluruh sel mengekspresikan bioinformasi