Pengurutan Fragmen yang Diperkuat Lokus Spesifik (SLAF-Seq)
Alur kerja
Layanan ini memiliki beberapa desain in silico yang telah dirancang sebelumnya untuk menjamin pemilihan enzim yang optimal pada persiapan pustaka.
Skema Teknis
Fitur Layanan
● Pengurutan DNA pada NovaSeq dengan PE150.
● Persiapan pustaka dengan pengkodean batang ganda, memungkinkan penggabungan lebih dari 1000 sampel.
● Independen dari genom referensi:
Dengan genom referensi: penemuan SNP dan InDel
Tanpa genom referensi: pengelompokan sampel dan penemuan SNP
● Di dalamin-silicoPada tahap pra-desain, beberapa kombinasi enzim restriksi disaring untuk menemukan kombinasi yang menghasilkan distribusi tag SLAF yang seragam di sepanjang genom.
● Selama pra-eksperimen, tiga kombinasi enzim diuji pada 3 sampel untuk menghasilkan 9 pustaka SLAF, dan informasi ini digunakan untuk memilih kombinasi enzim restriksi yang optimal untuk proyek ini.
Keunggulan Layanan
●Penemuan Penanda Genetik TinggiKami mengintegrasikan sistem barcode ganda berkapasitas tinggi yang memungkinkan pengurutan simultan populasi besar, dan amplifikasi spesifik lokus yang meningkatkan efisiensi, memastikan bahwa nomor tag memenuhi beragam persyaratan dari berbagai pertanyaan penelitian.
● Ketergantungan Rendah pada GenomMetode ini dapat diterapkan pada spesies yang memiliki atau tidak memiliki genom referensi.
●Desain Skema FleksibelPencernaan dengan enzim tunggal, enzim ganda, enzim ganda, dan berbagai jenis enzim dapat dipilih untuk memenuhi tujuan penelitian atau spesies yang berbeda.
● Efisiensi Tinggi dalam Pencernaan Enzimatis: Konduksi suatuin-silicoPra-desain dan pra-eksperimen memastikan desain optimal dengan distribusi tag SLAF yang merata pada kromosom (1 tag SLAF/4Kb) dan pengurangan sekuens berulang (<5%).
●Keahlian yang LuasKami membawa segudang pengalaman ke setiap proyek, dengan rekam jejak menyelesaikan lebih dari 5000 proyek SLAF-Seq pada ratusan spesies, termasuk tumbuhan, mamalia, burung, serangga, dan organisme air.
● Alur Kerja Bioinformatika yang Dikembangkan SendiriKami mengembangkan alur kerja bioinformatika terintegrasi untuk SLAF-Seq guna memastikan keandalan dan akurasi hasil akhir.
Spesifikasi Layanan
| Jenis analisis | Skala populasi yang direkomendasikan | Strategi pengurutan | |
| Kedalaman pengurutan tag | Nomor tag | ||
| Peta Genetik | 2 orang tua dan >150 anak | Orang Tua: 20x WGS Keturunan: 10x | Ukuran genom: <400 Mb: WGS direkomendasikan <1Gb: 100.000 tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300 ribu tag Maksimal 500 ribu tag |
| Studi Asosiasi Seluruh Genom (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Evolusi Genetik | ≥30 sampel, dengan >10 sampel dari setiap subkelompok | 10x | |
Persyaratan Layanan
Konsentrasi ≥ 5 ng/µL
Jumlah total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarosa: tidak ada atau hanya sedikit degradasi atau kontaminasi.
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah: tabung sentrifugasi 2 ml
(Untuk sebagian besar sampel, kami sarankan untuk tidak diawetkan dalam etanol)
Pelabelan sampel: Sampel perlu diberi label dengan jelas dan identik dengan formulir informasi sampel yang diserahkan.
Pengiriman: Es kering: Sampel perlu dikemas dalam kantong terlebih dahulu dan dikubur dalam es kering.
Alur Kerja Layanan
Sampel QC
Percobaan percontohan
Eksperimen SLAF
Persiapan Perpustakaan
Pengurutan
Analisis Data
Layanan Purna Jual
Analisis bioinformatika kami meliputi:
Kontrol kualitas data dan pemangkasan data untuk menghilangkan bacaan kaya N, bacaan adaptor, atau bacaan berkualitas rendah.
Kontrol kualitas kedua pada hasil pembacaan yang bersih dilakukan untuk memeriksa distribusi basa, kualitas sekuens, dan penilaian data, tetapi juga untuk memeriksa efisiensi digesti dan sisipan yang diperoleh.
Setelah data yang dibaca diperiksa, ada dua pilihan:
- Pemetaan ke genom referensi
- Tanpa genom referensi: pengelompokan
Setelah itu, analisis tag SLAF digunakan untuk melakukan pemanggilan varian guna membantu penemuan penanda: pemanggilan dan anotasi SNP, InDel, SNV, CV.
Distribusi tag SLAF pada kromosom:
Distribusi SNP pada kromosom:
Anotasi SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X dan Shi C (2023) Pemetaan QTL dan analisis transkriptom kandungan gula selama pematangan buahPyrus pyrifolia.Front. Ilmu Tanaman.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikasi st1 mengungkapkan seleksi yang melibatkan hitchhiking morfologi biji dan kandungan minyak selama domestikasi kedelai.Jurnal Bioteknologi Tanaman, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.dkk.Urutan genom dan keanekaragaman genetik ikan mas biasa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.dkk.Genom kacang tanah budidaya memberikan wawasan tentang kariotipe polong-polongan, evolusi poliploid, dan domestikasi tanaman.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Tahun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| Tahun 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar genomik dari giga-kromosom dan giga-genom pada pohon peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| Tahun 2015 | Ahli Fitologi Baru | 7.433 | Jejak domestikasi menjadi jangkar bagi wilayah genom yang penting secara agronomis. kedelai | SLAF-GWAS |
| Tahun 2022 | Jurnal Penelitian Lanjutan | 12.822 | Introgresi buatan skala genom Gossypium barbadense ke dalam G. hirsutum Mengungkap lokus unggul untuk peningkatan simultan kualitas dan hasil serat kapas. sifat-sifat | SLAF - Genetika Evolusioner |
| Tahun 2019 | Tumbuhan Molekuler | 10.81 | Analisis Genom Populasi dan Perakitan De Novo Mengungkap Asal Usul Gulma Nasi sebagai Permainan Evolusi | SLAF - Genetika Evolusioner |
| Tahun 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan genom dan keanekaragaman genetik ikan mas biasa, Cyprinus carpio | Peta Keterkaitan SLAF |
| Tahun 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Genom kacang tanah budidaya memberikan wawasan tentang kariotipe polong-polongan, poliploid. evolusi dan domestikasi tanaman. | Peta Keterkaitan SLAF |
| Tahun 2022 | Jurnal Bioteknologi Tanaman | 9.803 | Identifikasi ST1 mengungkapkan seleksi yang melibatkan "hitchhiking" morfologi benih. dan kandungan minyak selama domestikasi kedelai | Pengembangan Penanda SLAF |
| Tahun 2022 | Jurnal Internasional Ilmu Molekuler | 6.208 | Identifikasi dan Pengembangan Penanda DNA untuk Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pengembangan Penanda SLAF |
| Tahun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| Tahun 2023 | Batasan dalam ilmu tumbuhan | 6.735 | Pemetaan QTL dan analisis transkriptom kandungan gula selama pematangan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| Tahun 2022 | Jurnal Bioteknologi Tanaman | 8.154 | Identifikasi ST1 mengungkapkan seleksi yang melibatkan pengaruh morfologi biji dan kandungan minyak selama domestikasi kedelai.
| Panggilan SNP |
| Tahun 2022 | Batasan dalam ilmu tumbuhan | 6.623 | Pemetaan Asosiasi Genom-Luas Fenotipe Jelai Tanpa Kulit dalam Lingkungan Kekeringan.
| GWAS |
