Urutan Fragmen yang Diperkuat Lokus Spesifik (SLAF-Seq)
Detail Layanan
Skema Teknis
Alur kerja
Keunggulan Layanan
Efisiensi penemuan penanda yang tinggi- Teknologi pengurutan throughput tinggi membantu SLAF-Seq dalam menemukan ratusan ribu tag dalam keseluruhan genom.
Ketergantungan rendah pada genom- Dapat diterapkan pada spesies dengan atau tanpa genom referensi.
Desain skema yang fleksibel- Pencernaan enzim tunggal, enzim ganda, multi-enzim, dan berbagai jenis enzim, semuanya dapat dipilih untuk memenuhi tujuan atau spesies penelitian yang berbeda.Pra-evaluasi dalam silico digunakan untuk memastikan desain enzim yang optimal.
Pencernaan enzimatik yang efisien- Pra-eksperimen dilakukan untuk mengoptimalkan kondisi, sehingga eksperimen formal menjadi stabil dan andal.Efisiensi pengumpulan fragmen dapat mencapai lebih dari 95%.
Tag SLAF yang didistribusikan secara merata- Tag SLAF didistribusikan secara merata di semua kromosom, mencapai rata-rata 1 SLAF per 4 kb.
Penghindaran pengulangan yang efektif- Urutan berulang dalam data SLAF-Seq dikurangi hingga kurang dari 5%, terutama pada spesies dengan tingkat pengulangan yang tinggi, seperti gandum, jagung, dll.
Pengalaman yang luas-Lebih dari 2000 proyek SLAF-Seq yang ditutup pada ratusan spesies meliputi tumbuhan, mamalia, burung, serangga, organisme air, dll.
Alur kerja bioinformatika yang dikembangkan sendiri- Alur kerja bioinformatik terintegrasi untuk SLAF-Seq dikembangkan oleh BMKGENE untuk memastikan keandalan dan keakuratan hasil akhir.
Spesifikasi Layanan
| Platform | Kesimpulan (ng/gl) | Jumlah (ug) | OD260/280 |
| Menerangi NovaSeq | >35 | >1.6(Volume>15μl) | 1.6-2.5 |
Strategi Pengurutan yang Direkomendasikan
Kedalaman urutan: 10X/Tag
| Ukuran Genom | Tag SLAF yang Direkomendasikan |
| < 500 Mb | 100K atau WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genom raksasa atau kompleks | 300 - 400K |
| Aplikasi
| Direkomendasikan Skala Populasi
| Strategi pengurutan dan kedalaman
| |
| Kedalaman
| Nomor Tag
| ||
| GWAS
| Nomor sampel ≥ 200
| 10X
|
Berdasarkan ukuran genom
|
| Evolusi Genetik
| Individu masing-masing subkelompok ≥ 10; jumlah sampel ≥ 30
| 10X
| |
Pengiriman Sampel yang Direkomendasikan
Wadah : tabung centrifuge 2 ml
Untuk sebagian besar sampel, kami menyarankan untuk tidak mengawetkannya dalam etanol.
Pelabelan sampel: Sampel harus diberi label dengan jelas dan identik dengan formulir informasi sampel yang diserahkan.
Pengiriman: Es kering: Sampel harus dikemas dalam kantong terlebih dahulu dan dikubur dalam es kering.
Alur Kerja Layanan
Contoh QC
Eksperimen percontohan
Eksperimen SLAF
Persiapan Perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Layanan Purna Jual
1. Statistik hasil peta
2. Pengembangan penanda SLAF
3. Anotasi variasi
| Tahun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar genom giga-kromosom dan giga-genom peoni pohon Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ahli Fitologi Baru | 7.433 | Jejak domestikasi menjadi penanda wilayah genom yang memiliki kepentingan agronomi kedelai | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Penelitian Lanjutan | 12.822 | Introgresi buatan Gossypium barbadense di seluruh genom ke dalam G. hirsutum mengungkapkan lokus unggul untuk peningkatan kualitas dan hasil serat kapas secara simultan sifat-sifat | Genetika SLAF-Evolusi |
| 2019 | Tumbuhan Molekuler | 10.81 | Analisis Genomik Populasi dan Majelis De Novo Mengungkap Asal Usul Weedy Beras sebagai Game Evolusioner | Genetika SLAF-Evolusi |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan genom dan keragaman genetik ikan mas, Cyprinus carpio | Peta Tautan SLAF |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Genom kacang tanah yang dibudidayakan memberikan wawasan tentang kariotipe kacang-kacangan, poliploid evolusi dan domestikasi tanaman. | Peta Tautan SLAF |
| 2022 | Jurnal Bioteknologi Tanaman | 9.803 | Identifikasi ST1 mengungkapkan seleksi yang melibatkan tumpangan morfologi benih dan kandungan minyak selama domestikasi kedelai | Pengembangan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Ilmu Molekuler | 6.208 | Identifikasi dan Pengembangan Penanda DNA Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pengembangan SLAF-Marker |
