Produk

Analisis utama meliputi:

1) Perakitan Genom T2T

● Genom T2T mengacu pada genom dengan “0 celah” di mana setidaknya satu kromosom tersusun lengkap dari telomer ke telomer.

● Menggunakan pembacaan CCS dengan akurasi tinggi dan pembacaan ultra-panjang ONT:

* Menghasilkan genom contig v1 melalui perakitan hibrida menggunakan hifiasm (v0.25.0).

* Hapus sekuens plastida dan yang terkontaminasi dengan menggunakan BLAST terhadap basis data NT.

* Menyusun kontig menjadi susunan skala kromosom menggunakan data Hi-C dengan 3D-DNA.

* Isi telomer yang hilang melalui perakitan lokal dengan pembacaan ONT untuk mendapatkan genom T2T akhir.

2) Evaluasi Perakitan

● Evaluasi BUSCO

BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) membangun set gen salinan tunggal untuk garis keturunan evolusi utama berdasarkan basis data OrthoDB 10. Genom yang dirakit dievaluasi dengan penyelarasan terhadap set gen ini, berdasarkan rasio kecocokan dan integritasnya.

Proporsi "BUSCO Lengkap" yang lebih tinggi menunjukkan kelengkapan perakitan genom yang lebih tinggi.

● Membaca Pemetaan

Sejajarkan bacaan pendek dari pengurutan generasi berikutnya (misalnya, Illumina) ke genom yang telah dirakit menggunakan bwa. Sejajarkan bacaan panjang generasi ketiga ke genom yang telah dirakit menggunakan Minimap2.

Kelengkapan genom yang dirakit dan keseragaman cakupan pengurutan dievaluasi berdasarkan tingkat pemetaan, rasio cakupan genom, dan distribusi kedalaman.

● Evaluasi QC Genom

Evaluasi perakitan menggunakan Merqury dengan membandingkan k-mer pembacaan sekuensing berakurasi tinggi dengan perakitan genom untuk mendapatkan kualitas konsensus (QV).

Nilai kualitas yang lebih tinggi menunjukkan akurasi genom yang dirakit lebih tinggi.

● Evaluasi LAI Genom

LAI (LTR Assembly Index) menilai integritas perakitan genom sebagai rasio sekuens retrotransposon LTR utuh terhadap total sekuens LTR. Sekuens LTR-RT kandidat diidentifikasi menggunakan LTR_FINDER (v1.0.7) dan LTRharvest (v1.5.9), kemudian difilter dan diintegrasikan menggunakan LTR_retriever (v2.8) untuk mendapatkan retrotransposon LTR dengan tingkat kepercayaan tinggi dan menghitung LAI.

Menurut publikasi pengembang LAI, nilai LAI diklasifikasikan menjadi tiga tingkatan:

Draf (0 ≤ LAI < 10), Referensi (10 ≤ LAI < 20), dan Emas (LAI ≥ 20).

● Identifikasi Telomer dan Sentromer

Identifikasi unit pengulangan telomer potensial dalam genom menggunakan TIDK. Deteksi sekuens telomer dan dapatkan informasi posisi menggunakan FindTelomeres berdasarkan motif pengulangan.

Identifikasi potensi pengulangan sentromer menggunakan Centromics dengan pembacaan panjang generasi ketiga, lalu petakan ulang ke genom untuk mendapatkan posisi dan sekuens sentromer.

1) Peta Genom dan Kromosom

2)Posisi Telomer dalam Genom

Ncatatan:

Chr: ID Kromosom

Panjang_Kromosom (bp): Panjang kromosom

Upstream_Start (bp): Posisi awal telomer hulu pada kromosom

Upstream_End (bp): Posisi akhir telomer hulu pada kromosom

Panjang_Ujung_Telomer (bp): Panjang telomer hulu pada kromosom

Downstream_Start (bp): Posisi awal telomer hilir pada kromosom

Downstream_End (bp): Posisi akhir telomer hilir pada kromosom.

Panjang_Hilir (bp): Panjang telomer hilir pada kromosom

3)Posisi Sentromer dalam Genom

Catatan:

Chr: ID Kromosom

Panjang_Kromosom (bp): Panjang kromosom

Centromere_Start (bp): Posisi awal sentromer pada kromosom

Ujung_Sentromer (bp): Posisi akhir sentromer pada kromosom

4) Statistik Kesenjangan Hasil Majelis

Ncatatan:

Grup: ID Kromosom

Gap_Number: Jumlah celah pada kromosom

Len (bp): Panjang kromosom

5) Evaluasi LAI Genom

Catatan: Menurut publikasi dari pengembang LAI, nilai LAI diklasifikasikan menjadi tiga kategori: Draf (0 ≤ LAI < 10), Referensi (10 ≤ LAI < 20), dan Emas (LAI ≥ 20).

Panjang Kromosom (bp): Panjang kromosom

Utuh: Proporsi LTR-RT yang utuh dalam genom

Total: Proporsi total LTR dalam genom

raw_LAI = Utuh / Total × 100

LAI: Nilai LAI yang dikoreksi

Jelajahi kemajuan yang difasilitasi oleh layanan perakitan genom de novo BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan:

T2T Genom

Liu, Shoucheng dkk.“Perakitan genom dari telomer ke telomer yang dipadukan dengan data multi-omik memberikan wawasan tentang evolusi gandum roti heksaploid.”Genetika alam jilid. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x

Yao, Xue-Feng dkk.“Perakitan genom lengkap varietas padi japonica Zhonghua 11.”Komunikasi tanaman vol. 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463

Lv, Zhiyuan dkk.“Susunan genom Camellia pitardii yang mendekati telomer ke telomer.”Data ilmiah jilid. 12,1 1422. 14 Agustus 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5

Du, Haiyuan dkk.“Susunan genom Fragaria iinumae yang hampir lengkap.”BMC genomics jilid. 26,1 253. 14 Maret 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0

Chen, Weikai dkk.“Susunan genom lengkap Nicotiana benthamiana mengungkapkan lanskap genetik dan epigenetik sentromer.”Tumbuhan alami jilid. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y

Genom T2T yang diselesaikan berdasarkan haplotip

Khan, Falak Sher dkk. “Genom bebas celah T2T yang diselesaikan berdasarkan haplotip dari kultivar anggur Cabernet Sauvignon.”Data ilmiah, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 Februari 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3

Genom T2T + Genom Komparatif

Hong, Lin dkk. “Konstruksi dan analisis genom telomer-ke-telomer untuk 2 jeruk manis: Longhuihong dan Newhall (Citrus sinensis).”GigaSciencevol. 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084

Li, Xiao-Jie dkk. “Analisis genom telomer-ke-telomer wortel merah TXH4 menjelaskan peran DcLCYE dan DcLCYB1 dalam akumulasi likopen pada wortel.”Penelitian hortikulturajilid. 12,11 uhaf192. 29 Juli 2025, doi:10.1093/jam/uhaf192

Genom T2T + Pangenom

Wang, Xiaojing dkk. “Genom T2T, analisis pan-genom, dan gen respons stres panas pada spesies Rhododendron.”iMetajilid. 4,2e70010. 5 Maret 2025, doi:10.1002/imt2.70010