Pengurutan bisulfit seluruh genom (WGBS)
Teknik ini, yang didasarkan pada perlakuan bisulfit pada DNA untuk menginduksi konversi sitosin yang tidak termetilasi menjadi urasil (C menjadi U), sementara sitosin yang termetilasi tetap tidak berubah, merupakan metodologi standar emas untuk eksplorasi mendalam metilasi DNA, khususnya posisi kelima dalam sitosin (5-mC), regulator penting ekspresi gen dan aktivitas seluler.
Teknik ini menawarkan resolusi satu basa, memungkinkan para peneliti untuk menyelidiki metilom secara komprehensif dan mengungkap pola metilasi abnormal dalam sampel. Dengan menggunakan WGBS, para ilmuwan dapat memperoleh wawasan yang tak tertandingi tentang lanskap metilasi di seluruh genom, memberikan pemahaman yang lebih mendalam tentang mekanisme epigenetik yang mendasari beragam proses biologis dan penyakit.
Fitur Layanan
● Pengurutan DNA menggunakan Illumina NovaSeq.
● Membutuhkan genom referensi.
● DNA Lambda ditambahkan untuk memantau efisiensi konversi bisulfit.
Keunggulan Layanan
●Standar Emas untuk Penelitian Metilasi DNATeknologi yang sudah mapan ini memiliki akurasi tinggi dan reproduktivitas yang baik.
●Cakupan Luas dan Resolusi Basis Tunggal:Deteksi situs metilasi dilakukan pada tingkat seluruh genom.
●Platform Lengkap:Kami menyediakan layanan terpadu mulai dari pemrosesan sampel, pembuatan pustaka, pengurutan hingga analisis bioinformatika.
●Keahlian yang LuasKami memiliki beragam proyek yang telah diselesaikan di berbagai spesies. BMKGENE menghadirkan pengalaman lebih dari satu dekade, tim analisis yang sangat terampil, konten yang komprehensif, dan dukungan purna jual yang sangat baik.
●Kemungkinan untuk Bergabung dengan Analisis TranskriptomikMemungkinkan analisis terintegrasi WGBS dengan data omics lainnya seperti RNA-seq.
Spesifikasi Sampel
| Perpustakaan | Strategi Pengurutan | Output data yang direkomendasikan | Kontrol kualitas |
| Diolah dengan bisulfit | Illumina PE150 | Kedalaman 30x | Q30 ≥ 85% Konversi bisulfit > 99% |
Contoh Persyaratan
| Konsentrasi (ng/µL) | Jumlah total (µg) | Persyaratan tambahan | |
| DNA genomik | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradasi atau kontaminasi terbatas |
Alur Kerja Layanan
Pengiriman sampel
Ekstraksi DNA
Konstruksi perpustakaan
Pengurutan
Analisis data
Pengiriman data
Layanan ini mencakup analisis berikut:
● Kontrol kualitas data mentah hasil sekuensing;
● Pemetaan ke genom referensi;
● Deteksi basa termetilasi 5mC;
● Analisis distribusi dan anotasi metilasi;
● Analisis Daerah yang Mengalami Metilasi Berbeda (DMR);
● Anotasi fungsional gen yang terkait dengan DMR.
Deteksi metilasi 5mC: jenis-jenis situs termetilasi
Peta metilasi. Distribusi metilasi 5mC di seluruh genom.
Anotasi wilayah yang mengalami metilasi tinggi
Daerah yang Mengalami Metilasi Berbeda: gen terkait
Daerah yang Mengalami Metilasi Berbeda: anotasi gen terkait (Ontologi Gen)
Jelajahi kemajuan penelitian yang difasilitasi oleh layanan pengurutan bisulfit genom lengkap BMKGene melalui koleksi publikasi pilihan.
Fan, Y. dkk. (2020) 'Analisis profil metilasi DNA selama perkembangan otot rangka domba menggunakan sekuensing bisulfit seluruh genom',BMC Genomics, 21(1), hlm.1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. dkk. (2022) 'Gangguan metilasi asam deoksiribonukleat baru pada pekerja yang terpapar vinil klorida',Toksikologi dan Kesehatan Industri, 38(7), hlm.377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. dkk. (2020) 'Hubungan antara metilasi genom, kadar RNA non-coding, mRNA dan metabolit pada buah tomat yang sedang matang',Jurnal Tanaman, 103(3), hlm.980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
