Nje bacteria zuru ezu Genome
Uru ọrụ
● Ọtụtụ usoro usoro dị maka ebumnuche nyocha dị iche iche
● Nje bacteria zuru oke nke nwere 0 Gap na-ekwe nkwa.
● Ahụmahụ nke ukwuu na mgbakọ genome nke nje bacteria nwere ihe karịrị 10,000 genome zuru ezu gbakọtara.
● Ọkachamara mgbe-sale oru nkwado otu na-emezu ọzọ kpọmkwem nnyocha mkpa.
Nkọwapụta ọrụ
| UsoroAtụmatụ | Ụlọ akwụkwọ | Akwadoro mma n'anya | Atụmatụ ngbanwe oge |
| Nanopore 100X + Illumina 50X | Nanopore 20K PE150 | 0 oghere | Ụbọchị 30 |
| PacBio HiFi 30X | PacBio 10K |
Nyocha bioinformatics
● Njikwa ogo data raw
● Mgbakọ genome
● Nyocha akụkụ genome
● Nkọwa ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa
● Nyocha mkpụrụ ndụ ihe atụ
Ihe nlele chọrọ na nnyefe
Ihe atụ chọrọ:
MakaDNA wepụ:
| Ụdị Nlereanya | Ọnụ ego | Ntinye uche | Ịdị ọcha |
| DNA wepụ | 2 μg | 20 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Maka nlele anụ ahụ:
| Ụdị ihe atụ | Ọgwụgwọ nlele akwadoro | Nlereanya nchekwa na mbupu |
| Nje bacteria | Lelee nje bacteria n'okpuru microscope ma kpokọta nje bacteria n'ime oge ngosi ha Nyefee omenala nje bacteria (nwere ihe dị ka sel 3-4.5e9) n'ime 1.5 ma ọ bụ 2 ml ependorf.(Nọgide na ice) Centrifuge tube maka 1 min na 14000 g iji kpokọta nje bacteria ma wepụ ihe dị elu nke ọma. Mechie tube ahụ ma kpoo nje bacteria na mmiri mmiri nitrogen maka opekata mpe 30 min.Chekwaa tube ahụ na friji -80 ℃. | Debe ihe nlele ahụ na nitrogen mmiri mmiri maka awa 3-4 ma chekwaa na nitrogen mmiri mmiri ma ọ bụ -80 ogo na ndoputa ogologo oge.Achọrọ mbupu ihe atụ na ice-akọrọ. |
Usoro ọrụ ọrụ
Nbufe ihe atụ
Ịrụ ụlọ akwụkwọ
Usoro
Nyocha data
Mgbe-ire ọrụ
1.Circos nke nje bacteria genome
2.Coding gene amụma
3.Comparative genomics analysis: phylogenetic osisi
