Usoro MRNA Eukaryotic-NGS
atụmatụ
● Nkwadebe ọbá akwụkwọ mRNA nke nhọrọ iji mee ka o kwe omume ịnweta data usoro kpọmkwem nke eriri
● Nyocha BI dị iche iche na-ekpuchi mkpa niile ndị ahịa anyị nwere
Uru
●Ọkachamara sara mbara: Anyị ahaziela ihe karịrị ihe nlele 600,000, nke gụnyere ụdị ihe nlele dị iche iche dịka omenala mkpụrụ ndụ, anụ ahụ, na mmiri ahụ. Anyị na-eweta ọtụtụ ihe ọmụma na ọrụ ọ bụla.
●Njikwa Ogo Siri Ike: Anyị na-etinye isi ihe njikwa n'ọrụ n'ọkwa niile, site na nkwadebe ihe nlele ruo na nkwadebe ọbá akwụkwọ, usoro na bioinformatics. Nlekota anyị nke ọma na-eme ka a hụ na a na-enye nsonaazụ dị elu mgbe niile.
●Nkọwa zuru oke: Anyị na-eji ọtụtụ ebe nchekwa data iji kọwaa mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche (DEGs) nke ọma ma mee nyocha mmụba kwekọrọ. Usoro a zuru oke na-enye nghọta n'ime usoro mkpụrụ ndụ na molekul dị n'okpuru nzaghachi transcriptome, na-eme ka ị nweta ozi niile enwere ike gbasara data nnwale gị.
●Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị: Anyị ghọtara mkpa ịnọ ebe a dị, ọ bụ ya mere nkwa anyị ji agafe n'imecha ọrụ ahụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nyocha ọrụ, enyemaka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Ihe Nlereanya na Nnyefe
| Ọbá akwụkwọ | Atụmatụ nhazi usoro | Data akwadoro | Njikwa Ogo |
| Poly A emejuola | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Ihe Nlereanya Dị Mkpa:
Nuklịọdị:
Ihe Nlereanya Kachasị Mma:
| Njikọta (ng/μl) | Ọnụọgụ (μg) | Ịdị ọcha | Iguzosi Ike n'Ezi Ihe | |
| Ọbá Akwụkwọ Ọkọlọtọ | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Enwere ike ịhụ mmebi protein ma ọ bụ DNA na jel n'ụzọ dị ntakịrị ma ọ bụ na-enweghị ya. | Maka osisi: RIN≥4.0; Maka anụmanụ: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; oke ma ọ bụ enweghị elu ntọala |
| Ọbá Akwụkwọ Ntuziaka | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Enwere ike ịhụ mmebi protein ma ọ bụ DNA na jel n'ụzọ dị ntakịrị ma ọ bụ na-enweghị ya. | Maka osisi: RIN≥4.0; Maka anụmanụ: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; oke ma ọ bụ enweghị elu ntọala |
| Osisi | Anụmanụ | Arthropods | Ọbara zuru oke | Mkpụrụ ndụ |
| Mgbọrọgwụ, Osisi ma ọ bụ Akwụkwọ: 450 mg Akwụkwọ ma ọ bụ Mkpụrụ: 300 mg Mkpụrụ osisi: 1.2 g | Obi ma ọ bụ eriri afọ: 300 mg Viscera ma ọ bụ ụbụrụ: 240 mg Akwara: 450 mg Ọkpụkpụ, Ntutu ma ọ bụ Akpụkpọ Ahụ: 1g | Ụmụ ahụhụ: 6g Crustacea: 300 mg | 1 ọkpọkọ | Mkpụrụ ndụ 106 |
Nnyefe Ihe Nlereanya Akwadoro
Akpa: 2 ml centrifuge tube (A naghị atụ aro ka e jiri tin foil mee ya)
Ihe atụ nke akara: Otu+mkpụrụ dịka ọmụmaatụ A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Mbupu:
1. Aịsị kpọrọ nkụ: A ga-etinye ihe nlele n'ime akpa ma lie ha n'ime ice kpọrọ nkụ.
2. Tubọọlụ tebụl RNA: A pụrụ ịkpọ nkụ ihe nlele RNA na tube RNA stabilization (dịka ọmụmaatụ RNAstable®) ma ziga ya na okpomọkụ ụlọ.
Ihe Nlereanya na Nnyefe
Nhazi nnwale
Nnyefe ihe nlele
Mwepụta RNA
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
Bioinformatics
Maka ihe nlele nwere mkpụrụ ndụ ihe atụ dị, nyocha BI bụ dịka ọ dị:
ØNjikwa ogo data dị ụkọ
ØNhazi mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka
ØNyocha nhazi nke akwụkwọ edemede
ØNhazi okwu
ØNyocha ngosipụta dị iche iche
ØNkọwapụta na mmụba ọrụ
Maka ihe nlele na-enweghị mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka, nke a bụ nhọrọ dị:
• Njikwa ogo data dị ụkọ
•Mgbakọ na nhazi nhazi
•Nyocha ngosipụta dị iche iche
•Nkọwapụta na mmụba ọrụ
Nhazi nke Mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka
Njupụta Data
Nlereanya njikọ na nyocha nke ihe ndị dị ndụ e ji mee ihe
Mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche (DEGs)
Nkọwa Ọrụ nke DEGs
Mmezi Ọrụ nke DEGs
Chọpụta ọganihu ndị ọrụ nhazi usoro mRNA nke BMKGene's eukaryotic NGS na-eme site na nchịkọta mbipụta ahaziri ahazi.
Huang, L. na ndị otu ya (2023) 'Triclosan na triclocarban na-ebelata ikike isi nke azụ̀ goldfish site n'igbochi ịchọpụta isi ísì, na-egbochi mgbanwe mgbaàmà isi ísì, na-akpaghasị nhazi ozi isi ísì',Nnyocha Mmiri, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ na ndị otu ya (2023) 'Aspergillus fumigatus na-ejide p11 mmadụ iji tụgharịa phagosomes nwere fungal gaa n'ụzọ na-adịghị emebi emebi',Onye nnabata sel na obere microbe, 31 (3), p. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. na ndị otu ya (2022) 'Ihe ndị metụtara TCP transcription na mmepe nke Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Ókèala na Sayensị Osisi, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. na ndị otu ya (2022) 'Genemu Chrysanthemum lavandulifolium na usoro molekul dị n'okpuru ụdị capitulum dị iche iche',Nnyocha Ugbo, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie na ndị otu ya (2023) 'Ngwa nanoreactor cascade maka ime ka ọgwụgwọ sonodynamic dịkwuo mma na kansa eriri afọ site na njikọta ROS augment na autophagy blockage',Nano Taa, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
