Mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn
Uru Ọrụ
Takagi na ndị otu ya,Akwụkwọ akụkọ osisi, 2013
●Nyocha bioinformatik zuru oke:na-eme ka atụmatụ nke ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche, nke na-egosipụta ike evolushọn nke ụdị anụmanụ, na ikpughe mmekọrịta phylogenetic a pụrụ ịdabere na ya n'etiti ụdị anụmanụ nwere obere mmetụta nke evolushọn convergent na evolushọn yiri ya
●Nyocha ahaziri ahazi nke nhọrọ: dịka atụmatụ nke oge na ọsọ nke ọdịiche dabere na mgbanwe dị na ọkwa nucleotide na amino acid.
●Ọkachamara sara mbara na ndekọ mbipụtaBMKGene enwetala ahụmịhe dị ukwuu n'ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn ruo ihe karịrị afọ 15, na-ekpuchi ọtụtụ puku ụdị anụmanụ, wdg. ma na-enye aka na ihe karịrị ọrụ 1000 dị elu nke e bipụtara na Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, wdg.
● Ndị otu bioinformatics nwere nkà dị elu na usoro nyocha dị mkpirikpiSite na ahụmịhe dị ukwuu na nyocha genomics dị elu, ndị otu BMKGene na-enye nyocha zuru oke na oge mgbanwe ngwa ngwa.
● Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị:Nkwa anyị na-agafe karịa imecha ọrụ ahụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nleba anya ọrụ ahụ, enyemaka maka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Nkọwapụta Ọrụ na ihe achọrọ
| Ụdị usoro nhazi | Ọnụọgụ ọnụọgụgụ ndị a tụrụ aro | Atụmatụ nhazi usoro | Ihe achọrọ maka Nucleotide |
| Usoro Mkpụrụ Ndụ Nile | ≥ mmadụ 30, ya na ≥ mmadụ 10 sitere na otu nta ọ bụla
| 10x | Ntinye uche: ≥ 1 ng/µL Ngụkọta ego≥ 30ng Mmebi ma ọ bụ mmetọ dị oke ma ọ bụ enweghị mmebi |
| Akụkụ Mgbakwunye Ebe Dị Iche Iche (SLAF) | Omimi nke mkpado: 10x Ọnụọgụ nke mkpado: <400 Mb: A na-atụ aro WGS <1Gb: Mkpado 100K 1Gb >2Gb: mkpado 300K Kachasị mkpado 500k | Ntinye uche ≥ 5 ng/µL Ngụkọta ego ≥ 80 ng Gel Agarose: enweghị mmebi ma ọ bụ mmetọ pere mpe
|
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nhazi nnwale
Nnyefe ihe nlele
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
Ọrụ a gụnyere nyocha nke nhazi ọnụọgụgụ mmadụ (osisi phylogenetic, PCA, chaatị nhazi ọnụọgụgụ mmadụ), ụdịdị ọnụọgụgụ mmadụ, na nhọrọ ọnụọgụgụ mmadụ (njikọ adịghị nhata, nhọrọ nchịkọta nke ebe bara uru). Ọrụ a nwekwara ike ịgụnye nyocha ahaziri ahazi (dịka ọmụmaatụ oge ọdịiche, usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa).
*Nsonaazụ ngosi egosiri ebe a bụ ihe niile sitere na mkpụrụ ndụ ihe nketa e bipụtara na BMKGENE.
1. Nyocha evolushọn nwere owuwu nke osisi phylogenetic, nhazi ọnụọgụgụ mmadụ na PCA dabere na mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa.
Osisi phylogenetic na-anọchite anya mmekọrịta taxonomic na evolushọn n'etiti ụdị anụmanụ na nna ochie ha.
Ebumnuche PCA bụ ịhụta mmekọrịta dị n'etiti ndị bi n'okpuru.
Nhazi ọnụọgụgụ mmadụ na-egosi ọnụnọ nke obere mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche n'ihe gbasara ugboro allele.
Chen, wdg.,PNAS, 2020
2. Nhọrọ nhọrọ
Nhọrọ nyocha na-ezo aka na usoro e ji ahọrọ ebe bara uru ma na-amụba ugboro ole ebe ndị na-anaghị ejikọta njikọ na-abawanye ma na-ebelata nke ebe ndị na-anaghị ejikọta njikọ, na-ebute mbelata nke mpaghara.
A na-ahazi nchọpụta genome zuru oke na mpaghara nyocha nhọrọ site na ịgbakọ ndeksi mkpụrụ ndụ ihe nketa mmadụ (π, Fst, Tajima's D) nke SNP niile n'ime windo na-amị amị (100 Kb) na nzọụkwụ ụfọdụ (10 Kb).
Ọdịiche Nuklia (π）)
D nke Tajima
Ndepụta ndozi (Fst)
Wu, wdg.,Osisi Molekụla, 2018
3. Usoro Mkpụrụ Ndụ
Wu, wdg.,Osisi Molekụla, 2018
4. Akụkọ ihe mere eme nke ndị mmadụ
Zhang, wdg.,Ọmụmụ Ihe Ndị Dị n'Okike na Mgbanwe, 2021
5. Oge mgbanwe
Zhang, wdg.,Ọmụmụ Ihe Ndị Dị n'Okike na Mgbanwe, 2021
Chọpụta ọganihu ndị ọrụ mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn nke BMKGene mere site na nchịkọta akwụkwọ ndị a haziri ahazi:
Hassanyar, AK na ndị ọzọ (2023) 'Nchọpụta nke ihe nrịbama SNP na mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị nwere njikọ na iguzogide nje Sacbrood na Apis cerana cerana Larvae site na Nhazi Mkpụrụ ndụ ihe nketa dum',Akwụkwọ akụkọ mba ụwa nke sayensị molekụla, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Nchọpụta nke nnukwu salamander nke China dị ọcha, nke dị ọcha site na mkpụrụ ndụ ihe nketa na-emepụta ohere nchekwa ọhụrụ',Nnyocha anụmanụ, 2022, Mpịakọta nke 43, Mbipụta nke 3, Peeji: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. na ndị otu ya (2022) 'Ụkpụrụ na Mgbanwe Ọnụọgụgụ Mmadụ Akụkọ nke Ndị Amaala Elymus sibiricus L. na Ala Qinghai-Tibet',Ókèala na Sayensị Osisi, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Nghọta genomic banyere evolushọn longan site na mkpokọta genome ọkwa kromosom na genomics ọnụọgụgụ nke longan accessions',Nnyocha Ugbo, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
