Usoro mRNA zuru oke-Nanopore
atụmatụ
● Njide nke poly-A mRNA, sochiri mmepụta cDNA na nkwadebe ọbá akwụkwọ
● Usoro nke ihe odide zuru oke
● Nyocha bioinformatik dabere na nhazi na mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka
● Nyocha bioinformatik gụnyere ọ bụghị naanị ngosipụta na mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọkwa isoform kamakwa nyocha nke lncRNA, njikọ mkpụrụ ndụ ihe nketa, poly-adenylation na nhazi mkpụrụ ndụ ihe nketa
Uru Ọrụ
●Ngụkọta nke okwu na ọkwa isoform: na-enye ohere inyocha nkọwa zuru ezu na nke ziri ezi, na-ekpughe mgbanwe enwere ike ikpuchi mgbe a na-enyocha ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa dum
●Mbelata Mkpa Data:Ma e jiri ya tụnyere Next-Generation Sequencing (NGS), usoro Nanopore na-egosi obere ihe achọrọ maka data, na-enye ohere maka ọkwa nha nhata nke nhazi mkpụrụ ndụ ihe nketa yana obere data.
●Izi ezi ka elu nke nhazi okwu: ma na ọkwa mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọkwa isoform
●Nchọpụta nke ozi ndị ọzọ gbasara transcript: polyadenylation ọzọ, mkpụrụ ndụ ihe nketa fusion na lcnRNA na mkpụrụ ndụ ihe nketa ha
●Ọkachamara sara mbaraNdị otu anyị na-eweta ọtụtụ ahụmịhe n'ọrụ ọ bụla, ebe ha rụchara ihe karịrị ọrụ nhazi zuru oke nke Nanopore 850 ma hazie ihe karịrị ihe nlele 8,000.
●Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị: Nkwa anyị gafere mmecha ọrụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nleba anya ọrụ, enyemaka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Ihe Nlereanya na Nnyefe
| Ọbá akwụkwọ | Atụmatụ nhazi usoro | Data akwadoro | Njikwa Ogo |
| Poly A emejuola | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Akara ogo nkezi: Q10 |
Ihe Nlereanya Dị Mkpa:
Nuklịọdị:
| Njikọta (ng/μl) | Ọnụọgụ (μg) | Ịdị ọcha | Iguzosi Ike n'Ezi Ihe |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Enwere ike ịhụ mmebi protein ma ọ bụ DNA na jel n'enweghị oke ma ọ bụ enweghị ya. | Maka osisi: RIN≥7.0; Maka anụmanụ: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; oke ma ọ bụ enweghị elu ntọala |
● Osisi:
Mgbọrọgwụ, Osisi ma ọ bụ Akwụkwọ: 450 mg
Akwụkwọ ma ọ bụ Mkpụrụ: 300 mg
Mkpụrụ osisi: 1.2 g
● Anụmanụ:
Obi ma ọ bụ eriri afọ: 300 mg
Viscera ma ọ bụ ụbụrụ: 240 mg
Akwara: 450 mg
Ọkpụkpụ, Ntutu ma ọ bụ Akpụkpọ Ahụ: 1g
● Arthropods:
Ụmụ ahụhụ: 6g
Crustacea: 300 mg
● Ọbara dum: 1 tube
● Mkpụrụ ndụ: 106 mkpụrụ ndụ
Nnyefe Ihe Nlereanya Akwadoro
Akpa: 2 ml centrifuge tube (A naghị atụ aro ka e jiri tin foil mee ya)
Ihe atụ nke akara: Otu+mkpụrụ dịka ọmụmaatụ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Mbupu:
1. Aịsị kpọrọ nkụ: A ga-etinye ihe nlele n'ime akpa ma lie ha n'ime ice kpọrọ nkụ.
2. Tubọọlụ RNA ndị a na-anaghị agbanwe agbanwe: A pụrụ ịkpọ nkụ ihe nlele RNA na tube RNA nke na-eme ka RNA sie ike (dịka ọmụmaatụ RNAstable®) ma ziga ya n'ime okpomọkụ ụlọ.
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nuklịọdị:
Nnyefe ihe nlele
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
Usoro Ọrụ Ọrụ
Anụ ahụ:
Nhazi nnwale
Nnyefe ihe nlele
Mwepụta RNA
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
● Nhazi data raw
● Nchọpụta akwụkwọ edemede
● Ịgbakwunye ihe ọzọ
● Nhazi ngosipụta na ọkwa mkpụrụ ndụ ihe nketa na ọkwa isoform
● Nyocha nke ngosipụta dị iche iche
● Nkọwa na mmụba ọrụ (DEGs na DETs)
Nyocha njikọta ọzọ
Nnyocha Polyadenylation Ọzọ (APA)
Amụma lncRNA
Nkọwa nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ọhụrụ
Nchịkọta nke DETs
Netwọk Protein-Protein na DEGs
Chọpụta ọganihu ndị ọrụ nhazi mRNA zuru oke nke BMKGene's Nanopore mere site na nchịkọta mbipụta ahaziri ahazi.
Gong, B. et al. (2023) 'Mmelite Epigenetic na transcriptional nke secretory kinase FAM20C dị ka oncogene na glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Nhazi zuru oke nke lymphocytes na-aza IFN-γ na-ekpughe mmeghachi omume mgbochi Th1 na flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. na ndị otu ya (2023) 'Nyocha ntụnyere nke usoro nhazi PacBio na ONT RNA maka nchọpụta nsị Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nyocha Nano-seq na-ekpughe ụdị ọrụ dị iche iche dị n'etiti exosomes na microvesicles sitere na hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
