Mgbakọ Genome Dabere na Hi-C
Hi-C bụ usoro e mere iji jide nhazi kromozom site na ijikọta mmekọrịta dabere na nso na usoro mmepụta dị elu. A kwenyere na ike nke mmekọrịta ndị a nwere njikọ na-adịghị mma na anya anụ ahụ na kromozom. Ya mere, a na-eji data Hi-C eduzi nchịkọta, nhazi, na nhazi nke usoro ndị a kpọkọtara na genome draft ma na-ejikọta ha na ọnụọgụ kromozom ụfọdụ. Teknụzụ a na-enye ike maka mgbakọ genome ọkwa kromozom na enweghị maapụ mkpụrụ ndụ ihe nketa dabere na ọnụọgụ mmadụ. Mkpụrụ ndụ ihe nketa ọ bụla chọrọ Hi-C.
Atụmatụ Ọrụ
● Ịhazi usoro na Illumina NovaSeq site na iji PE150.
● Ọrụ ahụ chọrọ ka ihe nlele anụ ahụ, kama asịd nucleic ewepụtara, jikọta ya na formaldehyde ma chekwaa mmekọrịta DNA na protein.
● Nnwale Hi-C gụnyere igbochi na imezi njedebe nke nsọtụ ndị na-arapara ahụ na biotin, wee sụgharịa nsọtụ ndị na-adịghị mma ma na-echekwa mmekọrịta ha. A na-eji streptavidin beads dọpụta DNA ahụ ma sachaa ya maka nkwadebe ọbá akwụkwọ ọzọ.
Uru Ọrụ
Nkọwa nke Hi-C
(Lieberman-Aiden E na ndị ọzọ,Sayensị, 2009)
●Iwepụ Mkpa Maka Data Ọnụọgụgụ Mkpụrụ Ndụ Ihe nketa:Hi-C na-anọchi ozi dị mkpa achọrọ maka nkwụsịtụ contig.
●Njupụta ihe nrịbama dị elu:na-eme ka oke njikọ dị elu karịa 90%.
●Ọkachamara sara mbara na ndekọ mbipụta:BMKGene nwere ahụmịhe dị ukwuu na ihe karịrị ikpe 2000 nke Hi-C Genome Assembly site na ụdị 1000 dị iche iche na ikike dị iche iche. Ihe karịrị ikpe 200 ebipụtara nwere ihe karịrị 2000 mmetụta.
●Ndị otu bioinformatics nwere nkà dị elu:Site na ikike nwebisiinka na ngwanrọ dị n'ime ụlọ maka nnwale Hi-C na nyocha data, ngwanrọ data visualization nke mepụtara onwe ya na-enye ohere ka ngọngọ aka na-agagharị, na-atụgharị, na-ewepụ, na-emegharị.
●Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị:Nkwa anyị na-agafe karịa imecha ọrụ ahụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nleba anya ọrụ ahụ, enyemaka maka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
●Nkọwa zuru oke: anyị na-eji ọtụtụ ebe nchekwa data iji kọwaa mkpụrụ ndụ ihe nketa nwere mgbanwe akọwapụtara ma mee nyocha mmụba kwekọrọ, na-enye nghọta na ọtụtụ ọrụ nyocha.
Nkọwapụta Ọrụ
| Nkwadebe ọbá akwụkwọ | Atụmatụ nhazi usoro | Mbupụta data akwadoro | Njikwa ịdị mma |
| Ọbá akwụkwọ Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Ihe Nlereanya Dị Mkpa
| Anụ ahụ | Ego achọrọ |
| Viscera anụmanụ | ≥ 2 g |
| Akwara Anụmanụ | |
| Ọbara Anụmanụ | ≥ 2 mL |
| Ọbara Anụ ọkụkọ/Azụ | |
| Osisi - Akwụkwọ Ọhụrụ | ≥ 3 g |
| Mkpụrụ ndụ ndị a zụlitere | ≥ 1x107 |
| ụmụ ahụhụ | ≥ 2 g |
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nhazi nnwale
Nnyefe ihe nlele
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
1) QC data dị ụkọ
2) Ọbá akwụkwọ Hi-C QC: atụmatụ nke mmekọrịta Hi-C dị irè
3) Mgbakọ Hi-C: ịchịkọta contigs n'ime otu, wee soro usoro contig n'ime otu ọ bụla ma kenye ntụziaka contig
4) Nyocha Hi-C
Hi-C Library QC - atụmatụ nke ụzọ mmekọrịta dị irè nke Hi-C
Mgbakọ Hi-C - ọnụ ọgụgụ
Nyocha mgbe mgbakọchara - eserese okpomọkụ nke ike mgbaama n'etiti bins
Chọpụta ọganihu ndị ọrụ mgbakọ Hi-C nke BMKGene mere site na nchịkọta akwụkwọ e depụtara.
Tian, T. na ndị otu ya (2023) 'Nchịkọta mkpụrụ ndụ ihe nketa na mwepụ mkpụrụ ndụ ihe nketa nke nje ọka a ma ama nke na-eguzogide ọkọchị', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL na ndị otu ya (2020) 'Nchịkọta Chromosome nke Anụmanụ Aṅụ nke Eshia', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ịkpughe mgbanwe nke tropane alkaloid biosynthesis site na inyocha mkpụrụ ndụ ihe nketa abụọ dị na ezinụlọ Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. na ndị ọzọ (2020) 'Mkpụrụ ndụ ihe nketa nke osisi Banyan na Azụ̀ Pollinator Na-enye nghọta n'ime Njikọta Evolushọn Fig-Wasp', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
