Usoro nhazi ogologo nke na-abụghị koodu-Illumina
Uru Ọrụ
●Nyocha nkwonkwo nke mRNA na lncRNA: site na ijikọta ọnụọgụ nke mRNA transcripts na ọmụmụ nke lncRNA na ihe mgbaru ọsọ ha, ọ ga-ekwe omume ịnweta nkọwa zuru ezu nke usoro nchịkwa dị n'okpuru nzaghachi sel.
●Ọkachamara sara mbaraAnyị ahaziela ihe karịrị ihe nlele 230,000, gụnyere ihe nlele dị iche iche na ebumnuche ọrụ. Anyị na-eweta ọtụtụ ahụmịhe na ọrụ ọ bụla.
●Nyocha nkwonkwo nke mRNA na lncRNA: Anyị na-ejikọta ọnụọgụ nke mRNA transcripts na ọmụmụ nke lncRNA na ihe mgbaru ọsọ ha, na-eme ka o kwe omume ịnweta nkọwa zuru ezu nke usoro nchịkwa dị n'okpuru nzaghachi sel.
●Njikwa Ogo Siri Ike: Anyị na-etinye isi ihe njikwa n'ọrụ n'ọkwa niile, site na nkwadebe ihe nlele ruo na nkwadebe ọbá akwụkwọ, usoro na bioinformatics. Nlekota anyị nke ọma na-eme ka a hụ na a na-enye nsonaazụ dị elu mgbe niile.
●Nkọwa zuru oke: Anyị na-eji ọtụtụ ebe nchekwa data iji kọwaa mkpụrụ ndụ ihe nketa dị iche iche (DEGs) nke ọma ma mee nyocha mmụba kwekọrọ. Usoro a zuru oke na-enye nghọta n'ime usoro mkpụrụ ndụ na molekul dị n'okpuru nzaghachi transcriptome, na-eme ka ị nweta ozi niile enwere ike gbasara data nnwale gị.
●Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị: Anyị ghọtara mkpa ịnọ ebe a dị, ọ bụ ya mere nkwa anyị ji agafe n'imecha ọrụ ahụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nyocha ọrụ, enyemaka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Ihe Nlereanya na Nnyefe
| Ọbá akwụkwọ | Ikpo okwu | Data akwadoro | QC data |
| ọbá akwụkwọ ntụziaka rRNA agwụla | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nuklịọdị:
| Njikọta (ng/μl) | Ọnụọgụ (μg) | Ịdị ọcha | Iguzosi Ike n'Ezi Ihe |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Enwere ike ịhụ mmebi protein ma ọ bụ DNA na jel n'enweghị oke ma ọ bụ enweghị ya. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; oke ma ọ bụ enweghị elu ntọala |
● Osisi:
Mgbọrọgwụ, Osisi ma ọ bụ Akwụkwọ: 450 mg
Akwụkwọ ma ọ bụ Mkpụrụ: 300 mg
Mkpụrụ osisi: 1.2 g
● Anụmanụ:
Obi ma ọ bụ eriri afọ: 450 mg
Viscera ma ọ bụ ụbụrụ: 240 mg
Akwara: 600 mg
Ọkpụkpụ, Ntutu ma ọ bụ Akpụkpọ Ahụ: 1.5g
● Arthropods:
Ụmụ ahụhụ: 9g
Crustacea: 450 mg
● Ọbara zuru oke:Tube abụọ
● Mkpụrụ ndụ: 106 mkpụrụ ndụ
● Ọbara na Plasma: 6 mL
Nnyefe Ihe Nlereanya Akwadoro
Akpa: 2 ml centrifuge tube (A naghị atụ aro ka e jiri tin foil mee ya)
Ihe atụ nke akara: Otu+mkpụrụ dịka ọmụmaatụ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Mbupu:
1. Aịsị kpọrọ nkụ: A ga-etinye ihe nlele n'ime akpa ma lie ha n'ime ice kpọrọ nkụ.
2. Tubọọlụ RNA ndị a na-anaghị agbanwe agbanwe: A pụrụ ịkpọ nkụ ihe nlele RNA na tube RNA nke na-eme ka RNA sie ike (dịka ọmụmaatụ RNAstable®) ma ziga ya n'ime okpomọkụ ụlọ.
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nhazi nnwale
Nnyefe ihe nlele
Mwepụta RNA
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
Bioinformatics
- Data ndị a na-anaghị emepụta
- QC data
- Nhazi nke mkpụrụ ndụ ihe nketa
- Nhazi mkpụrụ ndụ ihe nketa (Njikọ ọzọ, nhazi usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa na amụma mkpụrụ ndụ ihe nketa ọhụrụ)
- Nhazi ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa
- Nyocha ngosipụta dị iche iche
- Nkọwa na mmụba DEG + Mkpụrụ ndụ ihe nketa ebumnuche lncRNA dị iche iche
- Nchọpụta edemede
- Nchọpụta LncRNA (nchekwa LncRNA na LncRNA a ma ama)
- Amụma mkpụrụ ndụ ihe nketa nke lncRNA
- Nhazi ngosipụta lncRNA
- Nyocha nkwonkwo na data mRNA
Nyocha nke Nkọwapụta Mkpụrụ Ndụ Ihe Dị Iche (DEGs)
Ngụkọta nke okwu lncRNA - nchịkọta
Ịbawanye mkpụrụ ndụ ihe nketa nke lncRNA
Nyocha ọnọdụ mRNA na lncRNA - atụmatụ Circos (gburugburu etiti bụ mRNA na cicrlce dị n'ime bụ lncRNA)
Chọpụta ọganihu ndị ọrụ nhazi nke BMKGene's lncRNA na-eme site na nchịkọta akwụkwọ e depụtara.
Ji, H. et al. (2020) 'Nchọpụta, amụma ọrụ, na nkwenye dị mkpa nke lncRNAs metụtara nrụgide oyi na imeju oke',Akụkọ Sayensị2020 10:1, 10(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. na ndị otu ya (2021) 'Nyocha nke Transcriptomic Integrated na-ekpughe usoro mgbochi ahụ ike maka nje a na-ahụkarị nke CyHV-3',Ókèala na Immunology, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ na ndị otu ya (2022) 'Mkpakọ nke Multi-Omics nke Netwọk Nchịkwa RNA Endogenous na-asọmpi na Kansa Nkuume Obere Cell: Àgwà Molekụla na Ndị Na-achọ Ọgwụ',Ókèala na Oncology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. na ndị otu ya (2020) 'Mgbasa mkpụrụ ndụ ihe nketa nke netwọk njikọ mkpụrụ ndụ ihe nketa dị n'okpuru fotosintesis na Populus',Akwụkwọ akụkọ ihe gbasara osisi, 18(4), pp. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. na ndị otu ya (2022) 'Netwọk Nhazi Ụwa Maka Ngosipụta Mkpụrụ Ndụ Na-adịghị Mma na Mgbaàmà Metabolic Na-adịghị Mma na Mkpụrụ Ndụ Ahụ Na-alụso Ọrịa Graves na Ọrịa Thyroid Hashimoto',Ókèala na Immunology, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
