Usoro Mkpụrụ Ndụ Ihe Onwunye Nile nke Osisi/Anụmanụ
Atụmatụ Ọrụ
Ụbọchị ọhụrụ
Usoro a bara uru karịsịa maka mkpụrụ ndụ ihe nketa siri ike dịka ndị nwere oke heterozygosity dị elu, mpaghara ugboro ugboro, mkpụrụ ndụ ihe nketa polypoloid, ọdịnaya CG na-adịghị mma wdg.
Ngwọta anyị nke otu nkwụsị na-enye ọrụ nhazi usoro na nyocha bioinformatic nke na-enye genome de novo achịkọtara nke dị elu. Nnyocha genome mbụ na Illumina na-enye atụmatụ nke nha genome na mgbagwoju anya, a na-ejikwa ozi a eduzi nzọụkwụ ọzọ nke nhazi usoro ogologo oge na PacBio HiFi, nke na-esote yade novenjikọta nke ihe ndị na-akpata nsogbu. Ojiji nke njikọta HiC na-eme ka o kwe omume ijikọ ihe ndị na-akpata nsogbu na genome, nweta njikọta ọkwa kromozom. N'ikpeazụ, a na-akọwapụta genome site na amụma mkpụrụ ndụ ihe nketa na site na usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa akọwapụtara, na-eji transcriptome nwere obere na ogologo ọgụgụ.
-- Njikọta nke ọtụtụ usoro na ọrụ bioinformatic na ngwọta otu nkwụsịỌrụ kwesịrị ekwesị maka akwụkwọ akụkọ ihe owuwu ahụ
-- mkpụrụ ndụ ihe nketa ma ọ bụ mmezi nke mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka dị ugbu a maka ụdị ihe ndị na-amasị mmadụ.
Nhazigharị usoro
-- Nkwadebe ọbá akwụkwọ nwere ike ịbụ ọkọlọtọ ma ọ bụ enweghị PCR
-- Dị na nyiwe usoro anọ: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ma ọ bụ PacBio Revio.
-- Nyocha bioinformatik lekwasịrị anya na oku dị iche iche: SNP, InDel, SV na CNV
Uru Ọrụ
●Ọkachamara sara mbara na ndekọ mbipụta: Makade noveỌrụ anyị, anyị enwetala ahụmịhe dị ukwuu n'ịchịkọta mkpụrụ ndụ ihe nketa dị elu nke ụdị dị iche iche, gụnyere mkpụrụ ndụ ihe nketa diploid na mkpụrụ ndụ ihe nketa dị mgbagwoju anya nke ụdị polyploid na allopolyploid. Kemgbe 2018, anyị enyela aka na ihe karịrị mbipụta 300 nwere mmetụta dị elu, a na-ebipụtakwa ihe karịrị 20 n'ime ha na Nature Genetics. Banyere nhazigharị mkpụrụ ndụ ihe nketa, anyị chịkọtara ihe karịrị ụdị 1000, nke butere ihe karịrị ikpe 1000 ebipụtara nke nwere ihe karịrị 5000 mmetụta.
●Ngwọta Otu Nkwụsị: Gbanyerede noveSite na usoro nhazi, usoro anyị jikọtara ọnụ na-ejikọta ọtụtụ teknụzụ nhazi usoro na nyocha bioinformatic n'ime usoro ọrụ jikọtara ọnụ, na-enye genome a chịkọtara nke ọma.
●Emebere ya ka ọ dabara na mkpa gị: Usoro ọrụ anyị nwere ike ịgbanwe agbanwe, na-enye ohere maka mgbanwe maka mkpụrụ ndụ ihe nketa nwere atụmatụ dị iche iche na mkpa nyocha pụrụ iche.
●Ndị otu nwere nkà dị elu na Bioinformatics na Laboratorial: Ma ọ bụ makade novesite n'iji usoro ma ọ bụ nhazigharị usoro, ndị otu anyị nwere ngwaọrụ na ihe ọmụma nwere nkà iji hụ na ọrụ ahụ ga-aga nke ọma. Enwere ike iji usoro ikike na ikike nwebisiinka ngwanrọ ha mepụtara kwado nke a.
● Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị:Nkwa anyị na-agafe karịa imecha ọrụ ahụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nleba anya ọrụ ahụ, enyemaka maka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
●Nyocha zuru oke nke Bioinformatics: Gụnyere oku dị iche iche na nkọwa ọrụ.
●Nkọwa zuru oke maka usoro nhazi: Anyị na-eji ọtụtụ ebe nchekwa data iji kọwaa mkpụrụ ndụ ihe nketa nwere mgbanwe dị iche iche ma mee nyocha mmụba kwekọrọ, na-enye nghọta na ọrụ nyocha gị.
Nkọwapụta Ọrụ
| A ga-amata ihe dị iche iche | Atụmatụ nhazi usoro | Omimi akwadoro |
| SNP na InDel | Illumina NovaSeq PE150 ma ọ bụ MGI T7 | 10x |
| SV na CNV (anaghị ezighi ezi) | 30x | |
| SV na CNV (ihe ziri ezi karịa) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV na CNV | PacBio Revio | 10x |
Ihe Nlereanya Dị Mkpa
| Anụ ahụ ma ọ bụ asịd nucleic a mịpụtara | Illumina/MGI | Nanọpọ | PacBio
| ||
| Viscera anụmanụ | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Akwara Anụmanụ | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Ọbara Anụmanụ | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Ọbara Anụ ọkụkọ/Azụ | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Osisi - Akwụkwọ Ọhụrụ | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Mkpụrụ ndụ ndị a zụlitere |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Ahụhụ dị nro/Onye ọ bụla | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA ewepụtara
| Ntinye uche: ≥ 1 ng/µL Ọnụọgụ: ≥ 30 ng Mmebi ma ọ bụ mmetọ dị oke ma ọ bụ enweghị mmebi
| Ntinye uche Ọnụ ego
OD260/280
OD260/230
Mmebi ma ọ bụ mmetọ dị oke ma ọ bụ enweghị mmebi
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/mkpụrụ ndụ mmiri/nlele
1.7-2.2
≥1.5 | Ntinye uche Ọnụ ego
OD260/280
OD260/230
Mmebi ma ọ bụ mmetọ dị oke ma ọ bụ enweghị mmebi | ≥ 50 ng/µL 10 µg/mkpụrụ ndụ mmiri/nlele
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Nkwadebe Ọbá Akwụkwọ Na-enweghị PCR: Ntinye uche≥ 40 ng/µL Ọnụọgụ≥ 500 ng | |||||
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nnyefe ihe nlele
Mwepụta DNA
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Nnyefe data
Ụbọchị ọhụrụọkpọkọ bioinformatics
Ọ bụrụ na ịchọrọ ịhụ nkọwa zuru ezu nke ọkpọkọ anyị dị iche iche maka mgbakọ ahụ:
Nyocha bioinformatik zuru oke, kewara ya na usoro anọ:
1. Nnyocha mkpụrụ ndụ ihe nketa, dabere na nyocha k-mer yana agụ NGS.Ọ ga-enye anyị ozi gbasara:
- Atụmatụ nha nke mkpụrụ ndụ ihe nketa
- Atụmatụ nke heterozygosity
- Atụmatụ mpaghara ndị na-emegharị ugboro ugboro
2. Mgbakọ Genome na PacBio HiFi.Iji ogologo ọgụgụ ga-enye anyị:
- Ụbọchị ọhụrụmgbakọ
- Nnyocha Mgbakọ: gụnyere nyocha BUSCO maka izu oke nke mkpụrụ ndụ ihe nketa na maapụ azụ nke NGS na PacBio HiFi agụ
3. Mgbakọ Hi-C.Ozugbo anyị nwetara mgbakọ ahụ, inwe ozi gbasara usoro genome 3D ga-eme ka ihe ọmụma dịkwuo omimi ma mee ka genome ntụaka anyị na-ewu baa ọgaranya.
- QC nke ọbá akwụkwọ Hi-C iji mee atụmatụ mmekọrịta Hi-C dị irè.
- Nzukọ Hi-C. Anyị ga-ahazi contigs n'ìgwè dị iche iche, wee soro usoro contig n'ime otu ọ bụla ma kenye ntụziaka contig.
- Nyocha Hi-C
4. Nkọwa nke mkpụrụ ndụ ihe nketa:
- Amụma RNA na-abụghị koodu
- Nchọpụta usoro ugboro ugboro (transposons na ugboro ugboro nke tandem)
- Amụma mkpụrụ ndụ ihe nketa
- Ụbọchị ọhụrụ: algọridim ab initio
- Dabere na homology
- Dabere na akwụkwọ edemede, yana ogologo na mkpụmkpụ ọgụgụ: agụ bụde novechịkọtara ma ọ bụ maapụ na usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa
- Nkọwa nke mkpụrụ ndụ ihe nketa e buru n'amụma nwere ọtụtụ nchekwa data
Nhazigharị usoroọkpọkọ bioinformatics
Gụnyere nyocha ndị a:
- Njikwa Ogo Data Dịghị Efu
- Ọnụọgụgụ nke nhazi na genome ntụaka
- Nchọpụta mgbanwe: SNP, InDel, SV na CNV
- Nkọwa ọrụ nke ụdịdị dị iche iche
Ọnụọgụgụ nke nhazi na genome ntụaka - nkesa omimi usoro
Ịkpọ oku SNP n'etiti ọtụtụ ihe atụ
Nchọpụta InDel - ọnụọgụgụ nke ogologo InDel na mpaghara CDS na mpaghara dum nke genome
Nkesa dị iche iche n'ofe genome - atụmatụ Circos
Nkọwa ọrụ nke mkpụrụ ndụ ihe nketa nwere ụdị dị iche iche achọpụtara - Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) 'Glutathione S-transferase GhTT19 na-ekpebi agba okooko osisi site na ịchịkwa mkpokọta anthocyanin na owu',Akwụkwọ akụkọ ihe gbasara osisi, 21 (2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Genome Hevea brasiliensis nke dị n'ọkwa chromosome na-enye ngwaọrụ ọhụrụ maka ịzụlite genomic na ebe bara uru iji bulie mmepụta roba',Akwụkwọ akụkọ ihe gbasara osisi, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. na ndị otu ya (2021) 'Usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa na-ekpughe ụzọ mgbasa zuru ụwa ọnụ ma na-atụ aro mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa na mgbanwe evolushọn ịnyịnya mmiri',Nkwukọrịta Okike, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Mgbanwe Chromosomal buru ibu na-eduga na mgbanwe ngosipụta ọkwa Genome, mgbanwe gburugburu ebe obibi, na ụdịdị na Gayal (Bos frontalis)',Bayọlọji na Mgbanwe nke Molekụla, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. na ndị otu ya (2023) 'Nchịkọta mkpụrụ ndụ ihe nketa na mwepụ mkpụrụ ndụ ihe nketa nke nje ọka a ma ama nke na-eguzogide ọkọchị',Mkpụrụ ndụ ihe nketa okike 202355:3, 55 (3), p. 496–506 . doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Na-ekpughe mgbanwe nke tropane alkaloid biosynthesis site na inyocha mkpụrụ ndụ ihe nketa abụọ dị na ezinụlọ Solanaceae',Nkwukọrịta Okike2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. na ndị otu ya (2022) 'Nyocha nke mgbanwe mkpụrụ ndụ ihe nketa na methylation na ọkụkọ ndị China ka oge na-aga na-enye nghọta maka nchekwa ụdị anụmanụ',Bayọlọji Nkwukọrịta, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Ọmụmụ ihe ndị siri ike:
Mgbakọ Telomere-na-telomere:Fu, A. na ndị otu ya (2023) 'Nchịkọta mkpụrụ ndụ ihe nketa Telomere-na-telomere nke melon ilu (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) na-ekpughe uto mkpụrụ osisi, nhazi ya na njirimara mkpụrụ ndụ ihe nketa na-eto',Nnyocha Ugbo, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Mgbakọ Haplotype:Hu, W. et al. (2021) 'Genemu nke akọwapụtara Allele na-ekpughe ọdịiche biallelic n'oge evolushọn akpụ',Osisi Molekụla, 14 (6), p. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Nnukwu mkpokọta genome:Yuan, J. na ndị otu ya (2022) 'Ndabere genomic nke giga-chromosomes na giga-genome nke osisi peony Paeonia ostii',Nkwukọrịta Okike2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Mgbakọ mkpụrụ ndụ ihe nketa polyploid:Zhang, Q. na ndị otu ya (2022) 'Nghọta genomic banyere mbelata kromozom nke autopolyploid sugarcane Saccharum spontaneum',Mkpụrụ ndụ ihe nketa okike 202254:6, 54 (6), p. 885–896 . doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
