Usoro RNA Prokaryotic
atụmatụ
● Nhazi ihe nlele RNA gụnyere mbelata rRNA yana nkwadebe ọbá akwụkwọ RNA ntụziaka.
● Nyocha bioinformatik dabere na nhazi na mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka
● Nnyocha gụnyere ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa na DEGs kamakwa nhazi akwụkwọ na nyocha sRNA
Uru Ọrụ
●Njikwa Ogo Siri Ike: anyị na-etinye isi ihe njikwa n'ọrụ n'ọkwa niile, site na nkwadebe ihe nlele na ọbá akwụkwọ ruo na usoro na bioinformatics. Nlekota a nke ọma na-eme ka e nweta nsonaazụ dị elu mgbe niile.
●Data Usoro Ihe Ndị Dị Mkpa: n'ihi na nkwadebe ọbá akwụkwọ RNA bụ ntụziaka, na-eme ka a mata ihe ndị na-emegide echiche.
●Nyocha zuru oke nke e mere maka akwụkwọ akụkọ Prokaryotic: usoro bioinformatic gụnyere ọ bụghị naanị nyocha nke ngosipụta mkpụrụ ndụ ihe nketa kamakwa nyocha nke nhazi transcript, gụnyere njirimara nke operons, UTRs na ndị na-akwalite ya. Ọ gụnyekwara nyocha nke sRNAs, ya bụ nkọwa na amụma nke nhazi nke abụọ na ihe mgbaru ọsọ.
●Nkwado Mgbe Ahịa Gasịrị: nkwa anyị gafere mmecha ọrụ site na oge ọrụ ọnwa atọ mgbe erechara ya. N'oge a, anyị na-enye nleba anya ọrụ, enyemaka nsogbu, na nnọkọ ajụjụ na azịza iji zaa ajụjụ ọ bụla metụtara nsonaazụ ya.
Ihe Nlereanya na Nnyefe
| Ọbá akwụkwọ | Atụmatụ nhazi usoro | Data akwadoro | Njikwa Ogo |
| ọbá akwụkwọ ntụziaka rRNA agwụla | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Ihe Nlereanya Dị Mkpa:
| Njikọta (ng/μl) | Ọnụọgụ (μg) | Ịdị ọcha | Iguzosi Ike n'Ezi Ihe |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Enwere ike ịhụ mmebi protein ma ọ bụ DNA na jel n'ụzọ dị ntakịrị ma ọ bụ na-enweghị ya. | RIN≥6.5 |
Nnyefe Ihe Nlereanya Akwadoro
Akpa: 2 ml centrifuge tube (A naghị atụ aro ka e jiri tin foil mee ya)
Ihe atụ nke akara: Otu+mkpụrụ dịka ọmụmaatụ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Mbupu:
1. Aịsị kpọrọ nkụ: A ga-etinye ihe nlele n'ime akpa ma lie ha n'ime ice kpọrọ nkụ.
2. Tubọọlụ RNA ndị a na-anaghị agbanwe agbanwe: A pụrụ ịkpọ nkụ ihe nlele RNA na tube RNA nke na-eme ka RNA sie ike (dịka ọmụmaatụ RNAstable®) ma ziga ya n'ime okpomọkụ ụlọ.
Usoro Ọrụ Ọrụ
Nnyefe ihe nlele
Iwu ụlọ akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha data
Ọrụ mgbe erechara
Usoro Ọrụ Nyocha Bioinformatic
Gụnyere Nyocha Ndị A:
● Njikwa ogo data dị ọcha
● Nhazi na mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka
● Nnyocha Ogo Ọbá Akwụkwọ: Nkewa RNA na-enweghị usoro, ntinye nha na nhazi usoro
● Nkọwa ọrụ nke mkpụrụ ndụ ihe nketa koodu e buru n'amụma
● Nyocha Nkọwapụta: njikọ na Nnyocha Akụkụ Isi (PCA)
● Ngosipụta Mkpụrụ Ndụ Ihe Dị Iche (DEGs)
● Nkọwa ọrụ na ime ka DEGs baa uru
● Nyocha sRNA: amụma, nkọwa, ihe mgbaru ọsọ, na amụma nhazi nke abụọ
● Nyocha Nhazi Akwụkwọ: operon, ọnọdụ mmalite na njedebe, mpaghara a na-asụgharịghị (UTS), onye nkwalite, na nyocha SNP/InDel
Njupụta usoro
Nkọwa ọrụ nke mkpụrụ ndụ ihe nketa koodu
Mmekọrịta dị n'etiti ihe atụ
Nyocha nke Mkpụrụ Ndụ Ihe Ndị Dị Iche Iche (DEGs)
Nyocha mmụba ọrụ
Nkọwa sRNA
Chọpụta ọganihu ndị ọrụ nhazi mRNA zuru oke nke BMKGene's Nanopore mere n'akwụkwọ a egosipụtara.
Guan, CP na ndị otu ya (2018) 'Mgbanwe zuru ụwa ọnụ nke Staphylococcus epidermidis nke na-emepụta ihe nkiri biofilm na-aza ajụjụ maka Alkaloids zuru oke nke Sophorea alopecuroides',Akwụkwọ akụkọ Polish nke Microbiology, 67(2), p. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
