Usoro Nkewa Amụbara nke Ebe Dị Iche Iche (SLAF-Seq)
Usoro ọrụ
Ọrụ a nwere ụfọdụ nhazi tupu oge eruo na silico iji hụ na nhọrọ enzyme kacha mma dị na nkwadebe nke ọbá akwụkwọ ahụ.
Atụmatụ Teknụzụ
Atụmatụ Ọrụ
● Ịhazi usoro na NovaSeq site na iji PE150.
● Nkwadebe ọbá akwụkwọ site na iji koodu abụọ, nke na-eme ka e nwee ike ịchịkọta ihe karịrị ihe nlele 1000.
● N'adabereghị na mkpụrụ ndụ ihe nketa:
Site na mkpụrụ ndụ ihe nketa: nchọpụta SNP na InDel
Na-enweghị mkpụrụ ndụ ihe nketa: nchịkọta ihe atụ na nchọpụta SNP
● N'imen'ime silikA na-enyocha njikọta enzyme ọtụtụ mmachi tupu oge eruo iji chọta ndị na-emepụta nkesa otu nha nke akara SLAF n'akụkụ genome.
● N'oge nnwale tupu a nwalee ya, a na-anwale njikọta enzyme atọ n'ime ihe nlele atọ iji mepụta ọbá akwụkwọ SLAF itoolu, a na-ejikwa ozi a họrọ njikọta enzyme mmachi kacha mma maka ọrụ ahụ.
Uru Ọrụ
●Nchọpụta Ihe Ngosi Mkpụrụ Ndụ Ihe Dị Elu: Anyị na-ejikọta sistemụ barcode abụọ nwere ọtụtụ ọrụ nke na-enye ohere maka usoro nhazi nke nnukwu ọnụọgụgụ mmadụ n'otu oge, yana mmụba kpọmkwem maka mpaghara na-eme ka arụmọrụ dịkwuo mma, na-ahụ na ọnụọgụgụ tag na-emezu ihe dị iche iche achọrọ maka ajụjụ nyocha dị iche iche.
● Ndabere dị ala na Genome: Enwere ike itinye ya n'ụdị anụmanụ nwere ma ọ bụ na-enweghị mkpụrụ ndụ ihe nketa.
●Nhazi Atụmatụ Na-agbanwe Agbanwe: Enwere ike ịhọrọ otu enzyme, abụọ enzyme, multi-enzyme digestion, na ụdị enzymes dị iche iche iji mezuo ebumnuche ma ọ bụ ụdị nyocha dị iche iche.
● Arụmọrụ dị elu na mgbaze Enzymatic: Nduzi nken'ime silikNhazi tupu oge eruo na nnwale tupu oge eruo na-eme ka imewe kacha mma na nkesa nke akara SLAF na kromozom (1 akara SLAF/4Kb) yana mbelata usoro ugboro ugboro (<5%).
●Ọkachamara sara mbara: Anyị na-eweta ọtụtụ ahụmịhe n'ọrụ ọ bụla, yana ndekọ nke imechi ihe karịrị ọrụ SLAF-Seq 5000 na ọtụtụ narị ụdị anụmanụ, gụnyere osisi, anụmanụ na-eme ara, nnụnụ, ụmụ ahụhụ, na ihe ndị dị ndụ n'ime mmiri.
● Usoro Ọrụ Bioinformatik nke Onwe Ya: Anyị mepụtara usoro ọrụ bioinformatic agbakwunyere maka SLAF-Seq iji hụ na a pụrụ ịtụkwasị obi ma zie ezi nke mmepụta ikpeazụ.
Nkọwapụta Ọrụ
| Ụdị nyocha | Ọnụọgụ ọnụọgụgụ ndị a tụrụ aro | Atụmatụ nhazi usoro | |
| Omimi nke usoro iheomume mkpado | Nọmba mkpado | ||
| Maapụ Mkpụrụ Ndụ Ihe Nketa | Ndị nne na nna abụọ na ụmụ karịrị 150 | Ndị nne na nna: 20x WGS Mbelata: 10x | Nha nke mkpụrụ ndụ ihe nketa: <400 Mb: A na-atụ aro WGS <1Gb: Mkpado 100K 1-2Gb:: 200K mkpado >2Gb: mkpado 300K Kachasị mkpado 500k |
| Ọmụmụ Njikọ Genome-Wide (GWAS) | Ihe atụ ≥200 | 10x | |
| Mgbanwe Mkpụrụ Ndụ Ihe Nketa | Ihe nlele ≥30, yana ihe nlele karịrị 10 site na otu nta ọ bụla | 10x | |
Ihe Ọrụ Chọrọ
Ntinye uche ≥ 5 ng/µL
Ngụkọta ego ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel Agarose: enweghị mmebi ma ọ bụ mmetọ pere mpe
Nnyefe Ihe Nlereanya Akwadoro
Akpa: tube centrifuge 2 ml
(Maka ọtụtụ n'ime ihe atụ ndị a, anyị na-akwado ka a ghara ịchekwa ha na ethanol)
Akara ngosi ihe atụ: A ga-etinye akara ngosi ihe atụ nke ọma ma yie ya na fọm ozi ihe atụ e zigara.
Mbupu: Aịsị kpọrọ nkụ: A ga-ebu ụzọ tinye ihe nlele n'ime akpa ma lie ha n'ime ice kpọrọ nkụ.
Usoro Ọrụ
Ihe nlele QC
Nnwale nnwale
Nnwale SLAF
Nkwadebe Ọbá Akwụkwọ
Usoro nhazi
Nyocha Data
Ọrụ Mgbe Ahịa Gasịrị
Nyocha bioinformatical anyị gụnyere:
QC data na nhazi data iji wepụ agụmagụ N-rich, agụmagụ ihe nkwụnye ma ọ bụ agụmagụ dị ala.
Njikwa ogo nke abụọ nke ọgụgụ dị ọcha iji lelee nkesa ntọala, ịdị mma usoro na nyocha data, kamakwa iji lelee arụmọrụ nri na ihe ndị e tinyere na ya.
Ozugbo a tụlere nkọwa ahụ, e nwere nhọrọ abụọ:
- Maapụ na genome ntụaka
- Na-enweghị mkpụrụ ndụ ihe nketa ntụaka: nchịkọta
Mgbe nke ahụ gasịrị, a na-eji nyocha nke mkpado SLAF eme ụfọdụ oku dị iche iche iji nyere aka na nchọpụta akara: SNP, InDel, SNV, oku CV na nkọwa
Nkesa nke mkpado SLAF na kromosom:
Nkesa nke SNPs na kromosomes:
Nkọwa SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X na Shi C (2023) Nhazi QTL na nyocha ederede nke ọdịnaya shuga n'oge mkpụrụ osisi na-etoPyrus pyrifolia.Ihu. Osisi Sci.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Nchọpụta nke st1 na-egosi nhọrọ nke gụnyere njem ụgbọ mmiri nke ọdịdị mkpụrụ na ọdịnaya mmanụ n'oge a na-azụ soya.Akwụkwọ akụkọ ihe gbasara osisi, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.wdg.Usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa na ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa nke azụ̀ nkịtị,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.wdg.Mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ahụekere a kụrụ akụ na-enye nghọta banyere karyotypes nke legume, evolushọn polyploid na nhazi ihe ubi.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Afọ | Akwụkwọ akụkọ | IF | Aha | Ngwa |
| 2022 | Nkwukọrịta okike | 17.694 | Ntọala genomic nke giga-chromosomes na giga-genome nke osisi peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ọkachamara Ahụike Ọhụrụ | 7.433 | Ụzọ obibi na-akwado mpaghara genomic dị mkpa na agronomic soybean | SLAF-GWAS |
| 2022 | Akwụkwọ akụkọ nke Nnyocha Dị Elu | 12,822 | Mbubata Gossypium barbadense n'ime G. hirsutum nke sitere na mkpụrụ ndụ ihe nketa. na-egosi ebe dị mma maka ime ka mma na mmepụta nke eriri owu dịkwuo mma n'otu oge àgwà | SLAF-Mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn |
| 2019 | Osisi Molekụla | 10.81 | Nnyocha nke Genomic Population na Mgbakọ De Novo Na-ekpughe Mmalite nke Weedy Osikapa dị ka Egwuregwu Evolushọn | SLAF-Mkpụrụ ndụ ihe nketa evolushọn |
| 2019 | Mkpụrụ ndụ ihe nketa okike | 31.616 | Usoro mkpụrụ ndụ ihe nketa na ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa nke azụ̀ carp nkịtị, Cyprinus carpio | Maapụ njikọ SLAF |
| 2014 | Mkpụrụ ndụ ihe nketa okike | 25.455 | Mkpụrụ ndụ ihe nketa nke ahụekere a kụrụ akụ na-enye nghọta banyere karyotypes legume, polyploid evolushọn na ịzụ ihe ubi. | Maapụ njikọ SLAF |
| 2022 | Akwụkwọ akụkọ ihe gbasara osisi | 9.803 | Nchọpụta nke ST1 na-ekpughe nhọrọ gụnyere ịnyagharị mkpụrụ osisi na mmanụ dị n'ime ala n'oge a na-azụ soybean | Mmepe SLAF-akara |
| 2022 | Akwụkwọ Mba Nile nke Sayensị Molekụla | 6.208 | Nchọpụta na Mmepụta Ihe Akara DNA maka Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Mgbanwe Chromosome Disomic | Mmepe SLAF-akara |
| Afọ | Akwụkwọ akụkọ | IF | Aha | Ngwa |
| 2023 | Ókèala na sayensị osisi | 6.735 | Nhazi QTL na nyocha ederede nke ọdịnaya shuga n'oge mkpụrụ osisi Pyrus pyrifolia na-eto | Maapụ Mkpụrụ Ndụ Ihe Nketa |
| 2022 | Akwụkwọ akụkọ ihe gbasara osisi | 8.154 | Nchọpụta nke ST1 na-ekpughe nhọrọ gụnyere ịgagharị n'etiti mkpụrụ osisi na ọdịnaya mmanụ n'oge a na-azụ soybean
| Oku SNP |
| 2022 | Ókèala na sayensị osisi | 6.623 | Nhazi nke Njikọ Genome-Wide nke Ụdị Ihe Ndị Dị Iche Iche nke Hulless Barely na Gburugburu Ebe Akọrọ.
| GWAS |
