10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Eiginleikar
● Upplausn: 100 µM
● Blettþvermál: 55 µM
● Fjöldi bletta: 4992
● Myndasvæði: 6,5 x 6,5 mm
● Hver strikamerktur blettur er hlaðinn grunnur sem samanstendur af 4 hlutum:
- pólý(dT) hali fyrir mRNA frumun og cDNA myndun
- Unique Molecular Identifier (UMI) til að leiðrétta mögnunarskekkju
- Staðbundið strikamerki
- Bindingaröð hluta af lesnum 1 raðgreiningargrunni
● H&E litun á köflum
Kostir
●Þjónusta á einum stað: samþættir öll þrep sem byggjast á reynslu og færni, þar á meðal kryo-sneiðing, litun, fínstillingu vefja, staðbundin strikamerki, undirbúningur bókasafns, raðgreiningu og lífupplýsingafræði.
● Mjög hæft tækniteymi: með reynslu í yfir 250 vefjagerðum og 100+ tegundum þar á meðal mönnum, músum, spendýrum, fiskum og plöntum.
●Rauntíma uppfærsla á öllu verkefninu: með fullri stjórn á tilraunaframvindu.
●Alhliða staðlað lífupplýsingafræði:pakkinn inniheldur 29 greiningar og 100+ hágæða tölur.
●Sérsniðin gagnagreining og sjónun: í boði fyrir mismunandi rannsóknarbeiðnir.
●Valfrjáls samgreining með einfrumu mRNA raðgreiningu
Tæknilýsing
| Dæmi um kröfur | Bókasafn | Röðunarstefna | Mælt er með gögnum | Gæðaeftirlit |
| OCT-innfelld cryo sýni, FFPE sýni (Ákjósanlegur þvermál: ca. 6x6x6 mm3) 3 blokkir í hvert sýni | 10X Visium cDNA bókasafn | Illumina PE150 | 50K PE lestur á stað (60Gb) | RIN>7 |
Fyrir frekari upplýsingar um leiðbeiningar um undirbúning sýnishorns og þjónustuvinnuflæði, vinsamlegast ekki hika við að tala við aBMKGENE sérfræðingur
Þjónustuverkflæði
Í undirbúningsfasa sýnisins er frumraun RNA-útdráttar í magni gerð til að tryggja að hægt sé að fá hágæða RNA.Á fínstillingarstigi vefja eru hlutar litaðir og sýndir og gegndræpiskilyrði fyrir losun mRNA úr vefjum eru fínstillt.Bjartsýni samskiptareglunum er síðan beitt við byggingu bókasafns, fylgt eftir með raðgreiningu og gagnagreiningu.
Heildarverkflæði þjónustunnar felur í sér rauntímauppfærslur og staðfestingar viðskiptavina til að viðhalda móttækilegri endurgjöf, sem tryggir hnökralausa framkvæmd verksins.
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
Gagnagæðaeftirlit:
o Gagnaúttak og dreifing gæðastiga
o Gengreining á hvern blett
o Vefjaþekju
Greining innra sýnis:
o Genaauðgi
o Blettaþyrping, þ.mt minni víddargreining
o Mismunatjáningargreining milli klasa: auðkenning merkja gena
o Virk skýring og auðgun merkja gena
Millihópagreining
o Endursamsetning bletta úr bæði sýnum (td sjúkum og viðmiðunarsýnum) og endurþyrpingum
o Auðkenning merkja gena fyrir hvern klasa
o Virk skýring og auðgun merkja gena
o Mismunandi Tjáning sama klasa milli hópa
Greining innra sýnis
Blettaþyrping
Auðkenning merkja gena og staðbundin dreifing
Millihópagreining
Gagnasamsetning frá báðum hópum og endurþyrping
Merki gen nýrra klasa
Skoðaðu framfarirnar sem BMKGene auðveldar staðbundna umritunarþjónustu með 10X Visium Í þessum útgefnum ritum:
Chen, D. o.fl.(2023) „mthl1, möguleg Drosophila samsvörun GPCRs við viðloðun spendýra, tekur þátt í æxlishemjandi viðbrögðum við sprautuðum krabbameinsfrumum í flugum“, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), bls.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. o.fl.(2023) „STÁL gerir kleift að afmarka háupplausn af tímabundnum umritagögnum“, Briefings in Bioinformatics, 24(2), bls. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. o.fl.(2022) 'A spatiotemporal atlas of organogenesis in the development of orchid flowers', Nucleic Acids Research, 50(17), bls. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. o.fl.(2023) „Integrating Spatial Transcriptomics og Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Leger Leiomyoma“, International Journal of Biological Sciences, 19(8), bls. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
