16S/18S/ITS amplikon raðgreining-NGS
Þjónustueiginleikar
● Raðgreiningarpallur: Illumina NovaSeq.
● Mögun stuttra svæða í 16S, 18S og ITS, ásamt öðrum mögnunarmarkmiðum.
● Sveigjanlegt val á amplikon.
● Reynsla af verkefnum með mörgum mögnunarmarkmiðum.
Kostir þjónustu
●Einangrunarlaust:Hraðgreining á örverusamsetningu í umhverfissýnum.
●Há upplausnÍ sjaldgæfum efnisþáttum í umhverfissýnum.
●Víða við hæfiFjölbreytt rannsókn á örverusamfélögum.
●Ítarleg lífupplýsingagreiningNýjasta QIIME2 pakkinn (megindleg innsýn í örverufræðilega vistfræði) með fjölbreyttum greiningum hvað varðar gagnagrunn, skýringar, OTU/ASV.
●Víðtæk sérþekkingMeð 150 þúsund amplikon raðgreiningarverkefnum sem framkvæmd eru árlega, býr BMKGENE yfir meira en áratuga reynslu, mjög hæfu greiningarteymi, ítarlegu efni og framúrskarandi stuðningi eftir sölu.
Þjónustulýsingar
| Bókasafn | Raðgreiningaraðferð | Gögn ráðlögð |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K merki (Les pör) |
Þjónustukröfur
| Styrkur (ng/µL) | Heildarupphæð (ng) | Rúmmál (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jarðvegur/slam: 1-2 g
● Þarmainnihald - dýr: 0,5-2 g
● Innihald þarma - skordýr: 0,1-0,25 g
● Yfirborð plöntunnar (auðgað botnfall): 0,1-0,5 g
● Botnfall auðgað með gerjunarseyði): 0,1-0,5 g
● Saur (stór dýr): 0,5-2 g
● Saur (mús): 3-5 korn
● Lungnablöðruskolunarvökvi: síupappír
● Leggöngusýni: 5-6 sýni
● Húð-/kynfærasýni/munnvatnssýni/mjúkvefsýni í munni/koksýni/endaþarmssýni: 2-3 sýni
● Yfirborðsörverur: síupappír
● Vatnsflötur/loft/líffilma: síupappír
● Innfrumur: 1-2 g
● Tannsteinn: 0,5-1 g
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishornsafhending
Bygging bókasafna
Raðgreining
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
Inniheldur eftirfarandi greiningu:
- Gæðaeftirlit með hráum gögnum
- OTU-þyrping / Hávaðaminnkun (ASV)
- OTU skýring
- Alfa fjölbreytileikagreining: margar vísitölur, þar á meðal Shannon, Simpson og ACE.
- Beta fjölbreytileikagreining
- Greining milli hópa
- Fylgnigreining: milli umhverfisþátta og samsetningar og fjölbreytileika OUT
- Spá um virkni 16S gena
Súlurit af flokkunarfræðilegri dreifingu
hitakort yfir flokkunarfræðilegt magn klasa
Alfa fjölbreytileikagreining: rýrnunarkúrfa
Beta fjölbreytileikagreining: NMDS
Millihópagreining: Uppgötvun á LEFSE lífmerkjum
Kannaðu framfarirnar sem raðgreiningarþjónusta BMKGene með Illumina hefur gert mögulegar í gegnum úrval rita.
Dong, C. o.fl. (2022) „Samsetning, kjarnaörveruflóra og virkni jarðvegs- og börkurörveruflórunnar í rótarsveppnum í Eucommia ulmoides“, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. o.fl. (2023) „Ígræðsla tilbúins bakteríuhóps til meðferðar á bakteríuleggjabólgu af völdum Gardnerella vaginalis í músum“, Microbiome, 11(1), bls. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. og Liu, H. (2022) „Örveruflórur úr loftryki sem safnað var í lokuðu tilrauninni „Lunar Palace 365“ á jörðu niðri með lífsbjörgunaraðgerðum“, Environmental Microbiomes, 17(1), bls. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. o.fl. (2022) „Hráefnisháð magn virkra gena sem tengjast umbreytingu köfnunarefnis stýrði köfnunarefnistapi í jarðgerð“, Bioresource Technology, 361, bls. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
