16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Þjónustukostir
● Einangrunarlaus og hröð auðkenning á örverusamsetningu í umhverfissýnum
● Há upplausn í litlum íhlutum í umhverfissýnum
● Nýjasta QIIME2 greiningarflæði með fjölbreyttum greiningum hvað varðar gagnagrunn, athugasemdir, OTU/ASV.
● Mikil afköst, meiri nákvæmni
● Gildir fyrir fjölbreyttar örverusamfélagsrannsóknir
● BMK hefur mikla reynslu af yfir 100.000 sýnum á ári, sem þekur jarðveg, vatn, gas, seyru, saur, þörm, húð, gerjunarsoð, skordýr, plöntur o.fl.
● BMKCloud auðveldaði gagnatúlkun sem innihélt 45 sérsniðin greiningartæki
Þjónustulýsingar
| RöðunPallur | Bókasafn | Ráðlagður afrakstur gagna | Áætlaður afgreiðslutími |
| Illumina NovaSeq pallur | PE250 | 50K/100K/300K merki | 30 dagar |
Lífupplýsingagreiningar
● Gæðaeftirlit með hráum gögnum
● OTU þyrping/de-noise (ASV)
● OTU athugasemd
● Alfa fjölbreytileiki
● Beta fjölbreytileiki
● Millihópagreining
● Sambandsgreining gegn tilraunaþáttum
● Spá um virkni gen
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
FyrirDNA útdrættir:
| Tegund sýnis | Magn | Einbeiting | Hreinleiki |
| DNA útdrættir | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Fyrir umhverfissýni:
| Tegund sýnis | Mælt er með sýnatökuaðferð |
| Jarðvegur | Magn sýnatöku: ca.5 g;Fjarlægja þarf visnað efni sem eftir er af yfirborði;Malaðu stóra bita og farðu í gegnum 2 mm síu;Dæmdu sýni í dauðhreinsuðu EP-röri eða cyrotube til fyrirvara. |
| Saur | Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu sýnum í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta. |
| Innihald í þörmum | Sýni þarf að vinna við smitgát.Þvoið uppsafnaðan vef með PBS;Miðfleyttu PBS og safnaðu botnfallinu í EP-rör. |
| Seyru | Magn sýnatöku: ca.5 g;Safnaðu og deiltu seyrusýni í dauðhreinsað EP-rör eða frystirör til að panta |
| Vatnshlot | Fyrir sýni með takmarkað magn af örverum, eins og kranavatni, brunnvatni osfrv., Safnaðu að minnsta kosti 1 L af vatni og farðu í gegnum 0,22 μm síu til að auðga örveru á himnunni.Geymið himnuna í dauðhreinsuðu röri. |
| Húð | Skafið yfirborð húðarinnar varlega með sæfðri bómullarþurrku eða skurðarblaði og setjið það í dauðhreinsað túpu. |
Mælt er með sýnishornafhendingu
Frystu sýnin í fljótandi köfnunarefni í 3-4 klukkustundir og geymdu í fljótandi köfnunarefni eða -80 gráður til langtíma geymslu.Sýnisflutningur með þurrís er nauðsynlegur.
Þjónustuvinnuflæði
Sýnishorn afhending
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
1.Tegundadreifing
2.Hitakort: Tegundaauðsþyrping
3.Rare faction curve
4.NMDS greining
5.Lefse greining
BMK mál
Of feitir einstaklingar með og án sykursýki af tegund 2 sýna mismunandi virkni og samsetningu þarma örvera
Birt:Cell Host & Microbe, 2019
Röðunarstefna:
Magur sykursýki (n=633);Offita sykursýki (n=494);Offita sykursýki af tegund 2 (n=153);
Marksvæði: 16S rDNA V1-V2
Pall: Illumina Miseq (NGS-byggð magnaraöðun)
Undirhópur af DNA útdrætti var undirgefinn metagenomic raðgreiningu á Illumina Hiseq
Helstu niðurstöður
Örveruprófanir þessara efnaskiptasjúkdóma voru aðgreindar með góðum árangri.
Með því að bera saman örverueiginleika sem myndast með 16S raðgreiningu kom í ljós að offita tengdist breytingum á samsetningu örvera, einstökum eiginleikum, sérstaklega marktækri lækkun á Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes o.s.frv. Auk þess fannst T2D tengt aukningu á Escherichia/shigella .
Tilvísun
Thingholm, LB, o.fl.„Offitusjúklingar með og án sykursýki af tegund 2 sýna mismunandi virkni og samsetningu þarma örvera.Cell Host & Microbe26.2 (2019).
