Innskráning á BMKCloud

Vörur

Samanburðarerfðafræði

Samanburðarerfðafræði felur í sér rannsókn og samanburð á öllum erfðamengisröðum og uppbyggingu mismunandi tegunda. Þetta svið leitast við að afhjúpa þróun tegunda, afkóða genastarfsemi og skýra erfðastjórnunarkerfi með því að bera kennsl á varðveittar eða frábrugðnar raðbyggingar og þætti í ýmsum lífverum. Ítarleg samanburðarerfðafræðirannsókn nær yfir greiningar á genaættum, þróunarþróun, fjölföldunaratburðum í öllu erfðamengi og áhrif valþrýstings.

Hafðu samband við okkur

Upplýsingar um þjónustu

Niðurstöður kynningar

Dæmisaga

Kostir þjónustu

●Víðtæk sérþekking og útgáfuferillBMKGene hefur lokið yfir 90 samanburðarverkefnum í erfðafræði og hefur uppsafnaður áhrifastuðull náð 900.

●Ítarleg lífupplýsingagreiningGreiningarpakkinn inniheldur átta algengustu greiningarnar, býður upp á vel hannaðar tölur sem eru tilbúnar til birtingar og auðveldar túlkun niðurstaðnanna.

●Mjög hæft lífupplýsingateymi og stutt greiningarferliTeymi BMKGene býr yfir mikilli reynslu í samanburðarerfðafræðilegri greiningu og uppfyllir fjölbreyttar kröfur um sérsniðnar greiningar á skömmum tíma.

●Stuðningur eftir sölu:Skuldbinding okkar nær lengra en verkefnið er lokið og býður upp á þriggja mánaða þjónustu eftir sölu. Á þessum tíma bjóðum við upp á eftirfylgni með verkefninu, aðstoð við bilanaleit og spurninga- og svaratíma til að svara öllum fyrirspurnum sem tengjast niðurstöðunum.

Þjónustulýsingar

Áætlaður afgreiðslutími

Fjöldi tegunda

Greiningar

30 virkir dagar

6 - 12

Genaættaþyrping

Útþensla og samdráttur genaættarinnar

Uppbygging ættfræðilegs trés

Mat á frávikstíma (Kvörðun á steingervingum krafist)

LTR innsetningartími (fyrir plöntur)

Afritun alls erfðamengis (fyrir plöntur)

Valþrýstingur

Synteny greining

Lífupplýsingafræðilegar greiningar

● Genafjölskylda

● Ættfræðileg erfðafræði

● Frávikstími

● Valþrýstingur

● Synteníugreining

Kröfur um sýnishorn og afhending

Kröfur um sýnishorn:

Vefur eða DNA fyrir erfðamengisraðgreiningu og samsetningu

Fyrir vefi

Tegundir	Vefur	Könnun	PacBio CCS
Dýr	Innyflum	0,5 ~ 1 g	≥ 3,5 g
	Vöðvavefur		≥ 3,5 g
			≥ 5,0 g
			≥ 5,0 ml
	Blóð spendýra		≥ 5,0 ml
	Blóð spendýra		≥ 0,5 ml
	Blóð úr alifuglum/fiskum		≥ 0,5 ml
Planta	Ferskt lauf	1 ~ 2 grömm	≥ 5,0 g
	Krónublað/stilkur	1 ~ 2 grömm	≥ 10,0 g
	Rót/fræ	1 ~ 2 grömm	≥ 20,0 g
Frumur	Ræktuð fruma	-	≥ 1 x 10⁸

Gögn

Skrár um erfðamengisröð (.fasta) og skýringarskrár (.gff3) af náskyldum tegundum

Þjónustuvinnuflæði

Tilraunahönnun

Sýnishornsafhending

Bygging bókasafna

Raðgreining

Gagnagreining

Þjónusta eftir sölu

Fyrri: Þróunarerfðafræði

Næst: Greining á magnbundnum aðskilnaðarefnum

*Niðurstöður sýnikennslunnar sem hér eru sýndar eru allar úr erfðamengjum sem birtar eru af Biomarker Technologies

1. Mat á innsetningartíma LTR: Myndin sýnir einstaka tvíþætta dreifingu í innsetningartíma LTR-RT í erfðamengi Weining-rúgs, samanborið við aðrar tegundir. Nýjasti hámarkinn kom fram fyrir um 0,5 milljónum ára.

3LTR-mat á innsetningartíma í Weining rúgi

Li Guang o.fl.,Náttúruerfðafræði, 2021

2. Ættskipting og erfðafjölskyldugreining á chayote (Sechium edule): Með því að greina chayote og hinar 13 skyldu tegundirnar í erfðafjölskyldunni kom í ljós að chayote er skyldust snákagrasberjum (Trichosanthes anguina). Chayote er upprunnið úr snákagrasberjum fyrir um 27-45 milljón árum síðan og heildarerfðamengisafritun (WGD) sást í chayote fyrir 25 ± 4 milljónum ára síðan, sem er þriðja WGD atvikið í cucuibitaceae.

4. Ættfræðilegt tré chayote

Fu A o.fl.,Rannsóknir í garðyrkju, 2021

3. Samsetningargreining: Sum gen sem tengjast plöntuhormónum í þroska ávaxta fundust í chayote, snákagrasberjum og graskeri. Fylgni milli chayote og graskeri er örlítið hærri en milli chayote og snákagrasberja.

4. Ættfræðilegt tré chayote

Fu A o.fl.,Rannsóknir í garðyrkju, 2021

4. Greining á genaættum: KEGG-auðgun á stækkun og samdrátt genaætta í erfðamengjum G.thurberi og G.davidsonii sýndi að gen tengd steramyndun og brassinosteroid myndun stækkuðu.

4. Ættfræðilegt tré chayote

Yang Z o.fl.,BMC líffræði, 2021

5. Greining á afritun alls erfðamengis: 4DTV og Ks dreifingargreining sýndi afritun alls erfðamengis. Toppar innan tegundar sýndu afritunaratburði. Toppar milli tegunda sýndu tegundamyndun. Greiningin benti til þess að O. europaea hafi gengið í gegnum stórfellda genaafritun nýlega, samanborið við hinar þrjár náskyldu tegundir.

4. Ættfræðilegt tré chayote

Rao G o.fl.,Rannsóknir í garðyrkju, 2021

BMK-málið

Rós án stinga: erfðafræðileg innsýn tengd aðlögun raka

Birt: Þjóðvísindaritgerð, 2021

Raðgreiningaraðferð:

Basye'sÞyrnalaus' (R.Wichurainan) erfðamengi:
U.þ.b. 93 X PacBio + u.þ.b. 90 X Nanopore + 267 X Illumina

Lykilniðurstöður

1. Hágæða erfðamengi R.wichuraiana var smíðað með langtímaraðgreiningaraðferðum, sem gaf 530,07 Mb erfðamengisstærð (áætluð erfðamengisstærð var um það bil 525,9 Mb með flæðisfrumusjá og 525,5 Mb með erfðamengiskönnun; arfblendni var um 1,03%). Áætlað erfðamengi BUSCO var 93,9%. Í samanburði við „Old blush“ (haploOB) var gæði og heilleiki erfðamengisins staðfest með nákvæmni einstakra basa og LTR samsetningarvísitölu (LAI = 20,03). Erfðamengi R.wichuraiana inniheldur 32.674 próteinkóðandi gen.

2. Sameiginleg fjölþáttagreining, sem samanstóð af samanburðarerfðafræði, umritunargreiningu og QTL greiningu á erfðastofni, leiddi í ljós mikilvæga tegundaskiptingu milli R. wichuraiana og Rosa chinensis. Einnig var líklegt að breytileiki í tjáningu skyldra gena í QTL tengdist mynstri stilkgagna.

7KEGG-auðgun-á-útþenslu-og-samdráttar-genafjölskyldunnar

Samanburðarerfðafræðileg greining á erfðamengisrósum (Basye;s Thornless) og Rosa chinensis, þar á meðal samvirknigreining, genaþyrpingagreining, greining á stækkun og samdrætti, leiddi í ljós fjölda breytileika sem tengdust mikilvægum eiginleikum í rósum. Sérstök stækkun í NAC og FAR1/FRS genaættinni var mjög líkleg til að tengjast ónæmi gegn svörtum blettum.

81 Samanburðarerfðafræðilegar greiningar á milli BT og OB 82 Samanburðarerfðafræðilegar greiningar á milli BT og OB 83 Samanburðarerfðafræðilegar greiningar á milli BT og OB