MRNA raðgreining í fullri lengd -PacBio
Þjónustukostir
● Bein útlestur á cDNA sameind í fullri lengd frá 3'-enda til 5'-enda
● Iso-form level upplausn í röð uppbyggingu
● Afrit með mikilli nákvæmni og heilindum
● Mjög samhæft við vaiour tegundir
● Stór raðunargeta með 4 PacBio Sequel II raðunarpöllum útbúnum
● Mikil reynsla með yfir 700 Pacbio-undirstaða RNA raðgreiningarverkefni
● BMKCloud-undirstaða afhending niðurstaðna: Sérsniðin gagnavinnsla í boði á vettvangi.
● Þjónusta eftir sölu gildir í 3 mánuði eftir að verkefninu lýkur
Þjónustulýsingar
Vettvangur: PacBio Sequel II
Raðunarsafn: Poly A- auðgað mRNA safn
Ráðlagður afrakstur gagna: 20 Gb/sýni (fer eftir tegundum)
FLNC（%）： ≥75%
*FLNC: Í fullri lengd ókímerísk útskrift
Lífupplýsingagreiningar
● Hrágagnavinnsla
● Auðkenning afrits
● Röð uppbygging
● Tjáningarmæling
● Aðgerðarskýring
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
Núkleótíð:
| Styrkur (ng/μl) | Magn (μg) | Hreinleiki | Heiðarleiki |
| ≥ 120 | ≥ 0,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Takmörkuð eða engin prótein- eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Fyrir plöntur: RIN≥7,5; Fyrir dýr: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; takmörkuð eða engin grunnhækkun |
Vefur: Þyngd (þurr):≥1 g
*Fyrir vef sem er minni en 5 mg, mælum við með að senda leifturfrosið (í fljótandi köfnunarefni) vefjasýni.
Frumulausn:Frumufjöldi = 3×106- 1×107
*Við mælum með að senda frosið frumulýsat.Ef sú fruma telur minna en 5×105, Mælt er með leifturfrystum í fljótandi köfnunarefni, sem er æskilegt fyrir örútdrátt.
Blóðsýni:Rúmmál ≥1 ml
Örvera:Massi ≥ 1 g
Mælt er með sýnishornafhendingu
Ílát:
2 ml miðflóttahólkur (ekki mælt með álpappír)
Merking sýnis: Hópur+afrit td A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sending:
1. Þurrís: Pakka þarf sýnum í poka og grafa í þurrís.
2. RNA-stöðug rör: Hægt er að þurrka RNA-sýni í RNA-stöðugleikaglasi (td RNAstable®) og senda við stofuhita.
Þjónustuvinnuflæði
Hönnun tilrauna
Sýnishorn afhending
RNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
1.FLNC lengdardreifing
Lengd non-chimeric read (FLNC) í fullri lengd gefur til kynna lengd cDNA í byggingu bókasafns.FLNC lengdardreifing er mikilvægur vísir til að meta gæði bókasafnsbyggingar.
FLNC leslengdardreifing
2. Complete ORF svæði lengd dreifingu
Við notum TransDecoder til að spá fyrir um próteinkóðun svæði og samsvarandi amínósýruraðir til að búa til einingasett, sem inniheldur fullkomnar óþarfar umritsupplýsingar í öllum sýnum.
Ljúka ORF svæði lengdardreifingu
3.KEGG leið auðgunargreiningar
Hægt er að bera kennsl á mismunatjáða afrit (DETs) með því að samræma NGS-undirstaða RNA raðgreiningargögn á fullri lengd umritssett sem myndast með PacBio raðgreiningargögnum.Þessar DETs er hægt að vinna frekar fyrir ýmsar hagnýtar greiningar, td KEGG ferli auðgunargreiningu.
DET KEGG leið auðgun -Dot plot
BMK mál
Þroskahreyfing Populus stofnafrits
Birt: Plöntulíftækniblað, 2019
Röðunarstefna:
Dæmi um safn:stofnsvæði: toppur, fyrsti millihnútur(IN1), annar millihnútur(IN2), þriðji millihnútur(IN3), millihnútur(IN4) og millihnútur(IN5) frá Nanlin895
NGS-röð:RNA úr 15 einstaklingum var safnað saman sem eitt lífsýni.Þrjár líffræðilegar endurtekningar af hverjum punkti voru unnar fyrir NGS röð
TGS-röð:Stöngulsvæðum var skipt í þrjú svæði, þ.e. apex, IN1-IN3 og IN4-IN5.Hvert svæði var unnið fyrir PacBio raðgreiningu með fjórum gerðum af bókasöfnum: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb og 3-10 kb.
Helstu niðurstöður
1.Alls 87.150 afrit í fullri lengd voru auðkennd, þar sem 2081 nýjar ísóformar og 62058 nýjar aðrar splæsðar ísóformar voru auðkenndar.
2.1187 lncRNA og 356 samruna gen voru auðkennd.
3.Frá frumvexti til annars vaxtar, greindust 15838 mismunandi tjáningar umrit frá 995 mismunandi tjáðum genum.Í öllum DEGs voru 1216 umritunarþættir, sem flestir hafa ekki enn verið tilkynntir um.
4.GO auðgunargreining leiddi í ljós mikilvægi frumuskiptingar og oxunar-afoxunarferlis í frum- og aukavexti.
Aðrar skeytaviðburðir og mismunandi ísóform
WGCNA greining á umritunarþáttum
Tilvísun
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, o.fl.Þroskahreyfing Populus stofnafrits.Plant Biotechnol J. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
