Pallur | Stærð bókasafns | Fræðileg gögn ávöxtun (á klefi) | Nákvæmni eins basa | Forrit |
Nanopore | 8kb, 10kb, 20kb, ultralong, cDNA-PCR | 70-90GB/klefi | 85-92% | SV Calling, de Novo, raðgreining í fullri lengd, ISO-seq, genaskýring, uppgötvun DNA metýleringar |
● Yfir 5 ára reynsla af pacbio raðgreiningarpalli með þúsundum lokaðra verkefna með ýmsum tegundum.
● BMKGENE er opinber félagi í Oxford Nanopore, með tvöföldum RNA/DNA vottun.
● Það eru almennar gerðir af röð með fullkomnum búnaði og nægjanlegum raðgreiningar.
● Byggt á Nanopore pallinum hafa meira en 10 rannsóknir á dýra og plöntum verið birtar í alþjóðlega þekktum tímaritum.
Dæmi um gerð | Upphæð | Styrkur (Qubit ®) | Bindi | Hreinleiki | Aðrir |
Erfðafræðilegt DNA | Fer eftir gagnaþörf | ≥20ng/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2.2; OD260/230≥1,5 ; Tær hámark við 260 nm , engin mengun | Mæla þarf styrk með qubit og qubit/nanopore ≤ 2 |
Heildar RNA | ≥1,2 μg | ≥100 μg/μl | ≥15 μl | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ; Engin mengun | RIN gildi ≥7,5 |
Mat á gögnum gagna á DNA -sýni
Tafla 1. Tölfræði um hrein gögn.
BMKID | Rawseqnum | RawSumbase | CleanSeqnum | Cleansumbase | Cleann50len | CleanN90len | CleanMeanlen | CleanMaxlen | CleanMeanqual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143,181 | 9 |
Gagnagæðamat á RNA sýnishorni
Tafla 1. Tölfræði um hrein gögn.
Skráarheiti | Clientid | Readnum | Basenum | N50 | Meðallengd | MaxLengd | MeanQScore |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Mynd 1. Dreifing lestrarlengdar
Mynd 2. Gæðastig dreifing hreinra gagna
Mynd 3. Lengd og gæðastig dreifingar á hreinum gögnum