BMKCloud Log in
条形 banner-03

Vörur

Full-lengd mRNA Sequencing-Nanopore

RNA raðgreining hefur verið ómetanlegt tæki til yfirgripsmikilla umritagreininga.Eflaust hefur hefðbundin stuttlestraröð náð margvíslegri þróun hér.Engu að síður lendir það oft í takmörkunum við auðkenningu ísóforma í fullri lengd, magngreiningu, PCR hlutdrægni.

Nanopore raðgreining aðgreinir sig frá öðrum raðgreiningarpöllum að því leyti að kirni eru lesin beint án DNA nýmyndunar og mynda langan lestur við tugi kílóbasa.Þetta gerir kleift að lesa út yfir afrit í fullri lengd og takast á við áskoranirnar í rannsóknum á isoform-stigi.

PallurNanopore PromethION

Bókasafn:cDNA-PCR


Upplýsingar um þjónustu

Niðurstöður kynningar

Dæmirannsókn

Þjónustukostir

● Lítil röð hlutdrægni

● Sýnir cDNA sameindir í fullri lengd

● Minni gögn þarf til að ná yfir sama fjölda afrita

● Auðkenning margra ísóforma á hvert geni

● Tjáningarmagngreining á ísóformi

Þjónustulýsingar

Bókasafn

Pallur

Ráðlagður gagnaafköst (Gb)

Gæðaeftirlit

cDNA-PCR(Poly-A auðgað)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/sýni (fer eftir tegundum)

Hlutfall í fullri lengd>70%

Meðalgæðaeinkunn: Q10

 

Lífupplýsingagreiningar

Úrvinnsla hrágagna

● Auðkenning afrits

● Önnur splicing

● Tjáningarmagngreining í genastigi og ísóformastigi

● Mismunatjáningargreining

● Aðgerðarskýringar og auðgun (DEG og DET)

 

full lengd

Dæmi um kröfur og afhending

Dæmi um kröfur:

Núkleótíð:

Styrkur (ng/μl)

Magn (μg)

Hreinleiki

Heiðarleiki

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Takmörkuð eða engin prótein- eða DNA mengun sýnd á hlaupi.

Fyrir plöntur: RIN≥7,0;

Fyrir dýr: RIN≥7,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

takmörkuð eða engin grunnhækkun

Vefur: Þyngd (þurr): ≥1 g

*Fyrir vef sem er minni en 5 mg, mælum við með að senda leifturfrosið (í fljótandi köfnunarefni) vefjasýni.

Frumulausn: Frumufjöldi = 3×106- 1×107

*Við mælum með að senda frosið frumulýsat.Ef sú fruma telur minna en 5×105, Mælt er með leifturfrystum í fljótandi köfnunarefni, sem er æskilegt fyrir örútdrátt.

Blóðsýni: Rúmmál ≥1 ml

Mælt er með sýnishornafhendingu

Ílát: 2 ml miðflóttahólkur (tini er ekki mælt með)

Merking sýnis: Hópur+afrit td A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Sending: 2、Þurrís: Pakka þarf sýnum í poka og grafa í þurrís.

  1. RNA-stöðug rör: Hægt er að þurrka RNA-sýni í RNA-stöðugleikaglasi (td RNAstable®) og senda við stofuhita.

 

Þjónustuvinnuflæði

Núkleótíð:

sýnishorn afhending

Sýnishorn afhending

Undirbúningur bókasafns

Bókasafnsbygging

Röðun

Röðun

Gagnagreining

Gagnagreining

Þjónusta eftir sölu

Þjónusta eftir sölu

Þjónustuvinnuflæði

Vefur:

Dæmi um QC

Hönnun tilrauna

sýnishorn afhending

Sýnishorn afhending

Tilraun

RNA útdráttur

Undirbúningur bókasafns

Bókasafnsbygging

Röðun

Röðun

Gagnagreining

Gagnagreining

Þjónusta eftir sölu

Þjónusta eftir sölu


  • Fyrri:
  • Næst:

  • 1.Mismunatjáningargreining -Volcano plot

    Hægt er að vinna mismunatjáningargreiningu bæði á genastigi til að bera kennsl á mismunandi tjáð gen (DEGs) og í ísóformum til að greina mismunað

     3(1)

    tjáð afrit (DETs) 

    2.Stigveldi þyrping hitakort

    4(1)

    3.Alternative splicing auðkenning og flokkun

    Astalavista getur spáð fyrir um fimm tegundir af öðrum skeytingatburðum.

    5(1)

    4.APA (Alternative poly-adenylation) atburðagreining og mótíf við 50 bp andstreymis poly-A

    6(1)

    BMK mál

    Aðrar samtengingargreiningu og magngreiningu á ísóformi með nanopore í fullri lengd umritaröðun

    Birt:Náttúrusamskipti, 2020

    Röðunarstefna:

    Flokkun: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E stökkbreyting);3. Venjulegar B-frumur

    Raðunarstefna: MinION 2D bókasafnsröðun, PromethION 1D bókasafnsröð;stutt lesgögn úr sömu sýnum

    Röðunarvettvangur: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Helstu niðurstöður

    1.Isoform-level Alternative Splicing Identification

    Langlestar raðir gera auðkenningu á stökkbreyttu SF3B1K700E-breyttir splice staður á ísóform-stigi.35 val 3′SS og 10 val 5′SS reyndust vera marktækt misskipt milli SF3B1K700Eog SF3B1WT.33 af 35 breytingum voru nýuppgötvuð með langlestri röð.

    2.Isoform-level Alternative Splicing magngreining

    Tjáning intron retention (IR) ísóforma í SF3B1K700Eog SF3B1WTvoru magngreind út frá nanopore röð, sem leiddi í ljós alþjóðlega niðurstýringu IR ísóforma í SF3B1K700E.

    Tilvísun

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, o.fl.Útskrift í fullri lengd á SF3B1 stökkbreytingu í langvarandi eitilfrumuhvítblæði sýnir niðurstýringu á geymdum introns [J].Náttúrusamskipti.

    fáðu tilboð

    Skrifaðu skilaboðin þín hér og sendu okkur

    Sendu skilaboðin þín til okkar: