Löng ókóðun raðgreining-Illumina
Þjónustukostir
● Þjónustukostir
● Frumu- og vefjasértæk
● Sérstakt stig tjáir og sýnir kraftmikla tjáningarbreytingu
● Nákvæm mynstur tíma og rúms tjáningar
● Sameiginleg greining með mRNA gögnum.
● BMKCloud-undirstaða afhending niðurstaðna: Sérsniðin gagnavinnsla í boði á vettvangi.
● Þjónusta eftir sölu gildir í 3 mánuði eftir að verkefninu lýkur
Dæmi um kröfur og afhending
| Bókasafn | Pallur | Mælt er með gögnum | Gagna QC |
| rRNA eyðing | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Styrkur (ng/μl) | Magn (μg) | Hreinleiki | Heiðarleiki |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Takmörkuð eða engin prótein- eða DNA mengun sýnd á hlaupi. | Fyrir plöntur: RIN≥6,5; Fyrir dýr: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; takmörkuð eða engin grunnhækkun |
Núkleótíð:
Vefur: Þyngd (þurr): ≥1 g
*Fyrir vef sem er minni en 5 mg, mælum við með að senda leifturfrosið (í fljótandi köfnunarefni) vefjasýni.
Frumulausn: Frumufjöldi = 3×107
*Við mælum með að senda frosið frumulýsat.Ef sú fruma telur minna en 5×105, Mælt er með leifturfrystum í fljótandi köfnunarefni.
Blóðsýni:
PA×gene BloodRNATube;
6mLTRIzol og 2mL blóð (TRIzol:Blood=3:1)
Mælt er með sýnishornafhendingu
Ílát: 2 ml miðflóttahólkur (tini er ekki mælt með)
Merking sýnis: Hópur+afrit td A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sending:
1.Þurrís: Pakka þarf sýnum í poka og grafa í þurrís.
2.RNAstable glös: Hægt er að þurrka RNA sýni í RNA stöðugleikaglasi (td RNAstable®) og senda við stofuhita.
Þjónustuvinnuflæði
Hönnun tilrauna
Sýnishorn afhending
RNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
Lífupplýsingafræði
1.LncRNA flokkun
LncRNA sem spáð var fyrir af hugbúnaðinum fjórum hér að ofan var flokkað í 4 flokka: lincRNA, and-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA flokkun var sýnd í súluritinu hér að neðan.
LncRNA flokkun
2.Cis-miðuð gen DE-lncRNA auðgunargreiningar
ClusterProfiler var notað í GO auðgunargreiningu á cis-miðuðum genum af mismunandi tjáðu lncRNA (DE-lncRNA), hvað varðar líffræðilega ferla, sameindavirkni og frumuhluta.GO auðgunargreining er ferli til að bera kennsl á DEG-stýrða marktækt auðgað GO hugtök samanborið við heilt erfðamengi.Auðguðu hugtökin voru sett fram í súluriti, kúluriti osfrv. eins og sýnt er hér að neðan.
Cis-miðuð gen DE-lncRNA auðgunargreiningar -Bubble chart
3. Með því að bera saman lengd, exonfjölda, ORF og tjáningarmagn mRNA og lncRNA getum við skilið muninn á uppbyggingu, röð og svo framvegis á milli þeirra, og einnig sannreynt hvort nýja lncRNA sem spáð er af okkur samræmist almennum eiginleikum.
BMK mál
Afstýrt lncRNA tjáningarsnið í lungnakirtilkrabbameini í músum með KRAS-G12D stökkbreytingu og P53 útsláttur
Birt:Journal of Cellular and Molecular Medicine，2019
Röðunarstefna
Illumina
Sýnasöfnun
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) frumurnar og neikvæðar stjórnunar (sh-Scr) frumurnar fengust á 6. degi sértækrar veirusýkingar.
Helstu niðurstöður
Þessi rannsókn rannsakar afbrigðilega tjáð lncRNA í lungnakirtilkrabbameini í músum með P53 knockout og KrasG12D stökkbreytingu.
1,6424 lncRNA voru tjáð á mismunandi hátt (≥ 2-föld breyting, P < 0,05).
2.Meðal allra 210 lncRNA (FC≥8) var tjáning 11 lncRNA stjórnað af P53, 33 lncRNA með KRAS og 13 lncRNA með súrefnisskorti í frum KP frumum, í sömu röð.
3.NONMMUT015812, sem var ótrúlega uppstýrt í lungnakirtilkrabbameini í músum og stjórnað neikvætt af P53 endurtjáningu, fannst til að greina frumuvirkni þess.
4.Knockdown á NONMMUT015812 með shRNA minnkaði útbreiðslu og flutningsgetu KP frumna.NONMMUT015812 var hugsanlegt krabbameinsgen.
 KEGG ferilgreining á mismunandi genum í NONMMUT015812-knockdown KP frumunum |  Gene Ontology greining á mismunandi genum í NONMMUT015812-knockdown KP frumunum |
Tilvísun
Afstýrt lncRNA tjáningarsnið í lungnakirtilkrabbameini í músum með KRAS-G12D stökkbreytingu og P53 útsláttur [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
