-
Metagenomic Sequencing (NGS)
Metagenome vísar til safns alls erfðaefnis blandaðs samfélags lífvera, svo sem umhverfismetagenome, mannametagenome, osfrv. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktanlegra og óræktanlegra örvera.Metagenomic raðgreining er sameindaverkfæri sem notað er til að greina blönduð erfðafræðileg efni sem dregin eru út úr umhverfissýnum, sem veitir nákvæmar upplýsingar um tegundafjölbreytileika og gnægð, stofnuppbyggingu, fylgjendatengsl, starfræn gen og fylgninet við umhverfisþætti.
Pall:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomics er sameindaverkfæri sem notað er til að greina blönduð erfðafræðileg efni sem dregin eru út úr umhverfissýnum, sem veitir nákvæmar upplýsingar um tegundafjölbreytileika og gnægð, stofngerð, fylgjufræðileg tengsl, starfræn gen og fylgninet við umhverfisþætti o.s.frv. Nanopore raðgreiningarvettvangar hafa nýlega kynnt til metagenomic rannsókna.Framúrskarandi frammistaða þess í lestrarlengd jók að mestu leyti niðurstreymis metagenomic greiningu, sérstaklega metagenome samsetningu.Með því að nýta sér lestrarlengdina, er Nanopore-undirstaða metagenomic rannsókn fær um að ná samfelldri samsetningu samanborið við haglabyssumetagenomics.Það hefur verið gefið út að metagenomics byggðar á Nanopore mynduðu með góðum árangri fullkomið og lokað bakteríuerfðamengi úr örverum (Moss, EL, et. al,Náttúrulíftækni, 2020)
Pall:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Undireiningin á 16S og 18S rRNA sem inniheldur bæði mjög varðveitt og ofbreytileg svæði er fullkomið sameindafingrafar til að bera kennsl á dreifkjörnunga og heilkjörnunga lífvera.Með því að nýta sér raðgreiningu, er hægt að miða á þessi amplicons byggt á varðveittu hlutunum og hægt er að greina ofur-breytilegu svæðin að fullu fyrir örveruauðkenningu sem stuðlar að rannsóknum sem ná yfir örverufjölbreytileikagreiningu, flokkunarfræði, flokkun o.s.frv. Einsameind í rauntíma (SMRT) ) raðgreining PacBio vettvangs gerir kleift að fá mjög nákvæmar langar lestur, sem gætu náð yfir magnara í fullri lengd (u.þ.b. 1,5 Kb).Víðtæka sýn á erfðasvið jók verulega upplausnina í tegundaskýringum í bakteríum eða sveppum.
Pall:PacBio framhald II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon raðgreining miðar að því að sýna fram á flokkun, flokkun og tegundafjölda í örverusamfélagi með því að rannsaka PCR afurðir erfðavísa fyrir heimilishald sem innihalda bæði mjög umtalaða og ofbreytilega hluta.Kynning á þessum fullkomnu sameindafingraförum af Woeses o.fl., (1977) styrkir einangrunarlausa örverusnið.Raðgreining á 16S (bakteríum), 18S (sveppum) og innri umrituðu spacer (ITS, sveppir) gerir kleift að bera kennsl á bæði algengar tegundir sem og sjaldgæfar og óþekktar tegundir.Þessi tækni hefur orðið mikið notað og stórt tæki til að bera kennsl á mismunandi örverusamsetningu í ýmsum umhverfi, svo sem munni manna, þörmum, saur osfrv.
Pall:Illumina NovaSeq6000
-
Endurröðun á heilu genamengi baktería og sveppa
Endurröðun á heilum erfðamengi baktería og sveppa er mikilvægt tæki til að fullkomna erfðamengi þekktra baktería og sveppa, sem og til að bera saman mörg erfðamengi eða kortleggja erfðamengi nýrra lífvera.Það er mjög mikilvægt að raða heilu erfðamengi baktería og sveppa til að búa til nákvæm viðmiðunarerfðamengi, gera örveruauðkenningu og aðrar samanburðarrannsóknir á erfðamengi.
Pallur: Illumina NovaSeq 6000
-
Erfðamengi sveppa
Biomarker Technologies veitir erfðamengi könnun, fínt erfðamengi og pene-heill erfðamengi sveppa eftir sérstökum rannsóknarmarkmiðum.Hægt er að ná fram erfðamengisröðun, samsetningu og hagnýtri skýringu með því að sameina næstu kynslóðar raðgreiningu + þriðju kynslóðar raðgreiningu til að ná háu stigi erfðamengissamsetningar.Einnig er hægt að nota Hi-C tækni til að auðvelda samsetningu erfðamengis á litningastigi.
Pall:PacBio framhald II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakteríur fullkomið erfðamengi
Biomarker Technologies veitir raðgreiningarþjónustu við að smíða fullkomið erfðamengi baktería með núll bili.Helstu verkflæði baktería fullkominnar erfðamengisbyggingar felur í sér þriðju kynslóðar raðgreiningu, samsetningu, virkniskýringar og háþróaða lífupplýsingagreiningu sem uppfyllir ákveðin rannsóknarmarkmið.Víðtækari útlistun á erfðamengi baktería gerir kleift að afhjúpa grundvallaraðferðir sem liggja að baki líffræðilegum ferlum þeirra, sem gæti einnig veitt verðmæta viðmiðun fyrir erfðafræðilegar rannsóknir á hærri heilkjörnungategundum
Pall:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio framhald II
