Plöntu/dýr De Novo erfðamengi röðun
Þjónustukostir
Þróun á raðgreiningarkerfum og lífupplýsingafræði íde novoerfðamengi samsetningu
(Amarasinghe SL o.fl.,Erfðamengi líffræði, 2020)
● Að smíða ný erfðamengi og bæta núverandi viðmiðunarerfðamengi fyrir tegundir sem áhugaverðar eru.
● Meiri nákvæmni, samfella og heill í samsetningu
● Að byggja upp grundvallarforða fyrir rannsóknir á fjölbreytni raða, QTL, genabreytingum, ræktun o.fl.
● Búin með fullt litróf af þriðju kynslóðar raðgreiningarpöllum: einn stöðva erfðamengissamsetningarlausn
● Sveigjanlegar raðgreiningar- og samsetningaraðferðir sem uppfylla fjölbreytt erfðamengi með mismunandi eiginleika
● Mjög hæft lífupplýsingateymi með mikla reynslu í flóknum erfðamengissamsetningum, þar á meðal fjölfléttum, risastórum erfðamengi o.fl.
● Yfir 100 vel heppnuð tilvik með uppsafnaðan birtan áhrifaþátt upp á yfir 900
● Afgreiðslutími allt að 3 mánuðir fyrir samsetningu erfðamengis á litningastigi.
● Sterk tækniaðstoð með röð einkaleyfa og höfundarréttar hugbúnaðar í bæði tilraunahlið og lífupplýsingafræði.
Þjónustulýsingar
|
Efni
|
Pallur
|
Leslengd
|
Umfjöllun
|
| Erfðamengi könnun
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Erfðamengi röðun
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi lestur
| ≥ 30X
|
| Hæ-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Vinnuflæði
Dæmi um kröfur og afhending
Dæmi um kröfur:
| Tegundir | Vefur | Fyrir PacBio | Fyrir Nanopore |
| Dýr | Innri líffæri (lifur, milta osfrv.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Vöðvi | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Blóð spendýra | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Blóð fiska eða fugla | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Plöntur | Fersk laufblöð | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Krónublað eða stilkur | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Rætur eða fræ | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Frumur | Frumuræktun | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Mælt er með sýnishornafhendingu
Ílát: 2 ml miðflóttahólkur (tini er ekki mælt með)
Fyrir flest sýni mælum við með að varðveita ekki í etanóli.
Merking sýnis: Sýnishorn þurfa að vera greinilega merkt og eins og framlagt sýnishorn upplýsingaeyðublaðs.
Sending: Þurrís: Fyrst þarf að pakka sýnum í poka og grafa í þurrís.
Þjónustuvinnuflæði
Hönnun tilrauna
Sýnishorn afhending
DNA útdráttur
Bókasafnsbygging
Röðun
Gagnagreining
Þjónusta eftir sölu
*Kynningarniðurstöður sem sýndar eru hér eru allar úr erfðamengi sem gefið er út með Biomarker Technologies
1.Circos á erfðamengissamsetningu á litningastigi afG. rotundifoliumeftir Nanopore raðgreiningarvettvangi
Wang M o.fl.,Sameindalíffræði og þróun, 2021
2.Tölfræði um samsetningu og skýringu á erfðamengi Weining rúg
Li G o.fl.,Náttúruerfðafræði, 2021
3.Genespá umSechium eduleerfðamengi, unnið úr þremur spáaðferðum:Nýjastaspá, spá sem byggir á samfræði og RNA-Seq gagnaspá
Fu A o.fl.,Garðyrkjurannsóknir, 2021
4.Auðkenning ósnortinnar langar endanlegar endurtekningar í þremur bómullarerfðamengi
Wang M o.fl.,Sameindalíffræði og þróun, 2021
5.Hi-C hitakort afC. acuminataerfðamengi sem sýnir erfðamengi-vítt samskipti allt-fyrir-allt.Styrkur Hi-C víxlverkana er í réttu hlutfalli við línulega fjarlægð milli samstæðu.Hrein bein lína á þessu hitakorti gefur til kynna mjög nákvæma festingu samfellda á litningum.(Contig festingarhlutfall: 96,03%)
kang M o.fl.,Náttúrusamskipti,2021
BMK mál
Hágæða erfðamengissamsetning undirstrikar erfðafræðilega eiginleika rúgsins og landbúnaðarfræðilega mikilvæg gen
Birt: Náttúruerfðafræði, 2021
Röðunarstefna:
Erfðamengissamsetning: PacBio CLR ham með 20 kb bókasafni (497 Gb, u.þ.b. 63×)
Raðleiðrétting: NGS með 270 bp DNA safni (430 Gb, u.þ.b. 54×) á Illumina palli
Contigs festing: Hi-C bókasafn (560 Gb, u.þ.b. 71×) á Illumina palli
Sjónkort: (779,55 Gb, u.þ.b. 99×) á Bionano Irys
Helstu niðurstöður
1.Samsetning af Weining rúg erfðamengi var birt með heildar erfðamengi stærð 7,74 Gb (98,74% af áætlaðri erfðamengi stærð með flæði frumugreiningu).Vinnupall N50 þessa samsetningar náði 1,04 Gb.93,67% samfellda voru festir á 7 gervilitninga með góðum árangri.Þessi samkoma var metin með tengikorti, LAI og BUSCO, sem skilaði háum einkunnum í öllum matum.
2. Frekari rannsóknir á samanburðarerfðafræði, erfðatengslakorti, umritunarrannsóknir voru gerðar á grunni þessa erfðamengis.Röð af eiginleikum tengdum erfðafræðilegum eiginleikum komu í ljós, þar á meðal erfðamengi-breiður tvítekningar og áhrif þeirra á sterkju nýmyndun gen;líkamlegt skipulag flókinna prólamínstaðla, genatjáningareiginleikar sem liggja að baki upphafseinkennum og hugsanlegum litningatengdum litningasvæðum og staði í rúgi.
 Circos skýringarmynd um erfðafræðilega eiginleika Weining rúgs erfðamengis |  Þróunar- og litningagreiningar á erfðamengi rúgsins |
Li, G., Wang, L., Yang, J.o.fl.Hágæða erfðamengissamsetning undirstrikar erfðafræðilega eiginleika rúgsins og landbúnaðarfræðilega mikilvæg gen.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
