-
Metagenómísk raðgreining -NGS
Metagenóm er safn af heildarerfðaefni blandaðs samfélags lífvera, svo sem umhverfis- og mannaerfðamengis. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktanlegra og óræktanlegra örvera. Röðun erfðamengis með haglabyssutækni (NGS) gerir kleift að rannsaka þetta flókna erfðalandslag sem er fellt inn í umhverfissýni með því að veita meira en flokkunarfræðilega greiningu, heldur einnig ítarlega innsýn í tegundafjölbreytni, gnægð og flókna stofnbyggingu. Auk flokkunarfræðilegra rannsókna býður haglabyssuerfðamengisgreining einnig upp á virknierfðafræðilegt sjónarhorn, sem gerir kleift að kanna kóðuð gena og hugsanlegt hlutverk þeirra í vistfræðilegum ferlum. Að lokum stuðlar stofnun fylgnineta milli erfðaþátta og umhverfisþátta að heildrænni skilningi á flóknu samspili örverusamfélaga og vistfræðilegs bakgrunns þeirra. Að lokum er erfðamengisraðgreining lykiltæki til að afhjúpa flækjustig erfðamengis fjölbreyttra örverusamfélaga og varpa ljósi á margþætt tengsl erfðafræði og vistfræði innan þessara flóknu vistkerfa.
Pallar: Illumina NovaSeq og DNBSEQ-T7
-
Metagenómísk raðgreining-TGS
Metagenóm er safn erfðaefnis blandaðs samfélags lífvera, svo sem umhverfis- og manna-metagenóma. Það inniheldur erfðamengi bæði ræktanlegra og óræktanlegra örvera. Metagenómísk raðgreining gerir kleift að rannsaka þetta flókna erfðalandslag sem er fellt inn í vistfræðileg sýni með því að veita meira en flokkunarfræðilega greiningu. Hún býður einnig upp á starfrænt erfðafræðilegt sjónarhorn með því að kanna kóðuð gen og hugsanlegt hlutverk þeirra í umhverfisferlum. Þó að hefðbundnar haglabyssuaðferðir með Illumina raðgreiningu hafi verið mikið notaðar í metagenómískum rannsóknum, hefur tilkoma Nanopore og PacBio langtímaraðgreiningar breytt sviðinu. Nanopore og PacBio tækni eykur lífupplýsingagreiningar niðurstreymis, einkum samsetningu metagenóma, og tryggir samfelldari samsetningar. Skýrslur benda til þess að Nanopore-byggð og PacBio-byggð metagenómísk greining hafi tekist að mynda heildstæð og lokuð bakteríugenamengi úr flóknum örveruflórum (Moss, EL, o.fl., Nature Biotech, 2020). Að samþætta Nanopore-lestur við Illumina-lestur veitir stefnumótandi nálgun fyrir villuleiðréttingu, sem dregur úr eðlislægri lágri nákvæmni Nanopore. Þessi samverkandi samsetning nýtir styrkleika hvers raðgreiningarpalls fyrir sig og býður upp á öfluga lausn til að sigrast á hugsanlegum takmörkunum og auka nákvæmni og áreiðanleika erfðamengisgreininga.
Pallur: Nanopore PromethION 48, Illumia og PacBio Revio
-
16S/18S/ITS amplikon raðgreining - PacBio
16S og 18S rRNA genin, ásamt Internal Transcribed Spacer (ITS) svæðinu, þjóna sem lykilmerki fyrir sameindafingrafara vegna samsetningar þeirra af mjög varðveittum og breytilegum svæðum, sem gerir þau að ómetanlegum verkfærum til að einkenna dreifkjörnunga og heilkjörnunga. Mögun og raðgreining þessara svæða býður upp á einangrunarlausa aðferð til að rannsaka örverusamsetningu og fjölbreytileika í ýmsum vistkerfum. Þó að Illumina raðgreining miði venjulega á stutt, breytileg svæði eins og V3-V4 í 16S og ITS1, hefur verið sýnt fram á að betri flokkunarfræðileg skýring er möguleg með því að raðgreina alla lengd 16S, 18S og ITS. Þessi alhliða aðferð leiðir til hærra hlutfalls af nákvæmlega flokkuðum röðum, sem nær til tegundagreiningar. Raðgreiningarpallur PacBio fyrir rauntíma (SMRT) fyrir staka sameinda (HiFi) sker sig úr með því að bjóða upp á mjög nákvæmar langar lestursmælingar (HiFi) sem ná yfir öll amplikón í fullri lengd og keppa við nákvæmni Illumina raðgreiningar. Þessi möguleiki gerir vísindamönnum kleift að ná óviðjafnanlegum forskoti — víðsýni yfir erfðafræðilegt landslag. Víðtæka þekjan eykur verulega upplausnina í tegundaskráningu, sérstaklega innan bakteríu- eða sveppasamfélaga, sem gerir kleift að skilja betur flækjustig örverustofna.
-
16S/18S/ITS amplikon raðgreining-NGS
Röðun á amplikonum með Illumina tækni, sem beinist sérstaklega að erfðamerkjunum 16S, 18S og ITS, er öflug aðferð til að greina ættfræði, flokkun og tegundafjölda innan örverusamfélaga. Þessi aðferð felur í sér raðgreiningu á breytilegum svæðum erfðamerkja sem viðhalda umfangi. Upphaflega kynnt sem sameindafingrafar afWoeses o.fl.Árið 1977 gjörbylta þessi tækni greiningu örveruflórunnar með því að gera greiningar án einangrunar mögulegar. Með raðgreiningu á 16S (bakteríum), 18S (sveppum) og innri umrituðum bilum (ITS, sveppum) geta vísindamenn ekki aðeins greint algengar tegundir heldur einnig sjaldgæfar og óþekktar. Röðun á amplikonum hefur verið víða notuð sem lykiltæki og hefur orðið mikilvæg til að greina mismunandi örverusamsetningar í fjölbreyttu umhverfi, þar á meðal í munni, þörmum, hægðum og víðar.
-
Endurraðgreining á erfðamengjum baktería og sveppa
Verkefni um endurraðgreiningu á erfðamengjum baktería og sveppa eru lykilatriði til að efla erfðamengi örvera með því að gera kleift að ljúka við að bera saman erfðamengi örvera. Þetta auðveldar gerjunartækni, hagræðingu iðnaðarferla og könnun á annars stigs efnaskiptaferlum. Ennfremur er endurraðgreining sveppa og baktería mikilvæg til að skilja aðlögun að umhverfinu, hagræða stofnum og sýna fram á erfðaþróunarferla, með víðtæk áhrif á læknisfræði, landbúnað og umhverfisvísindi.
-
Raðgreining á frumkjörnunga RNA
RNA-raðgreining gerir kleift að framkvæma ítarlega greiningu á öllum RNA-umritum innan frumna við ákveðnar aðstæður. Þessi háþróaða tækni er öflugt tæki sem afhjúpar flóknar genatjáningarsnið, genabyggingar og sameindaferla sem tengjast fjölbreyttum líffræðilegum ferlum. RNA-raðgreining er mikið notuð í grunnrannsóknum, klínískri greiningu og lyfjaþróun og veitir innsýn í flækjustig frumuvirkni og erfðastjórnunar. Vinnsla okkar á dreifkjörnunga-RNA sýni er sniðin að dreifkjörnungaumritunum, sem felur í sér eyðingu rRNA og stefnubundna undirbúning bókasafna.
-
Raðgreining á metatritiómum
Með því að nýta sér raðgreiningartækni Illumina afhjúpar raðgreiningarþjónusta BMKGENE kraftmikla genatjáningu fjölbreytts hóps örvera, allt frá heilkjörnungum til dreifkjörnunga og veira, innan náttúrulegs umhverfis eins og jarðvegs, vatns, sjávar, hægða og meltingarvegar. Víðtæk þjónusta okkar gerir vísindamönnum kleift að kafa djúpt í heildar genatjáningarsnið flókinna örverusamfélaga. Auk flokkunarfræðilegrar greiningar auðveldar raðgreiningarþjónusta okkar rannsóknir á virkniauðgun og varpar ljósi á mismunandi tjáð gen og hlutverk þeirra. Afhjúpaðu fjölbreytta líffræðilega innsýn þegar þú ferð um flókið landslag genatjáningar, flokkunarfræðilegs fjölbreytileika og virknidýnamíkar innan þessara fjölbreyttu umhverfissvæða.
-
Ný sveppaerfðasamkoma
BMKGENE býður upp á fjölhæfar lausnir fyrir erfðamengi sveppa, sem mæta fjölbreyttum rannsóknarþörfum og æskilegri heildstæðni erfðamengisins. Með því að nota stutta Illumina raðgreiningu eina sér er hægt að búa til drög að erfðamengi. Stuttar og langar raðgreiningar með Nanopore eða Pacbio eru sameinaðar til að fá fágaðra erfðamengi sveppa með lengri samfelldum erfðamengjum. Ennfremur eykur samþætting Hi-C raðgreiningar enn frekar möguleikana og gerir kleift að ná fram heildstæðri erfðamengi á litningastigi.
-
De novo baktería erfðamengi samkoma
Við bjóðum upp á heildarþjónustu við samsetningu erfðamengis baktería og tryggjum að engin göt séu í þeim. Þetta er mögulegt með því að samþætta langtímaraðgreiningartækni, eins og Nanopore og PacBio fyrir samsetningu og stutttímaraðgreiningu við Illumina fyrir samsetningarstaðfestingu og villuleiðréttingu á erfðamengisgreiningum. Þjónusta okkar býður upp á allt lífupplýsingavinnuflæði frá samsetningu, virkniskýringum og háþróaðri lífupplýsingagreiningu, sem uppfyllir tiltekin rannsóknarmarkmið. Þessi þjónusta gerir kleift að þróa nákvæm viðmiðunarerfðamengi fyrir ýmsar erfðafræðilegar og erfðafræðilegar rannsóknir. Að auki myndar hún grunninn að notkun eins og álagsbestun, erfðatækni og þróun örverufræðilegrar tækni, sem tryggir áreiðanleg og götlaus erfðafræðileg gögn sem eru mikilvæg fyrir framþróun vísindalegrar innsýnar og líftæknilegrar nýsköpunar.
