-
Einkjarna RNA röðun
Framfarir í handtöku stakrar frumu og byggingartækni einstakra bókasafna í sameiningu við raðgreiningu með mikilli afköst gerir genatjáningarrannsóknum á frumu-fyrir-frumu grundvelli.Það gerir dýpri og fullkomna kerfisgreiningu á flóknum frumuhópum kleift, þar sem það forðast að mestu leyti að hylja misleitni þeirra með því að taka meðaltal allra frumna.
Sumar frumur henta hins vegar ekki til að búa til einfrumu sviflausn, þannig að aðrar aðferðir til undirbúnings sýna – nauðsynlegt er að draga kjarna úr vefjum, það er að segja að kjarni er dreginn beint úr vefjum eða frumu og útbúinn í einskjarna sviflausn fyrir einn-kjarna frumuröðun.
BMK veitir 10× Genomics ChromiumTM byggða einfrumu RNA raðgreiningarþjónustu.Þessi þjónusta hefur verið mikið notuð í rannsóknum á sjúkdómatengdum rannsóknum, svo sem aðgreiningu ónæmisfrumna, misleitni æxla, þróun vefja o.fl.
Spatial transcriptome chip: 10× Genomics
Pallur: Illumina NovaSeq pallur
-
Röðun heils genamengis plantna/dýra
Endurröðun alls erfðamengisins, einnig þekkt sem WGS, gerir kleift að sýna bæði algengar og sjaldgæfar stökkbreytingar á öllu erfðamenginu, þar með talið Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV) og Copy Number Variation (CNV) ).SV eru stærri hluti af breytileikagrunninum en SNP og hafa meiri áhrif á erfðamengið, sem hefur veruleg áhrif á lífverur.Langlestur endurröðun gerir ráð fyrir nákvæmari auðkenningu stórra brota og flókinna afbrigða vegna þess að langur lestur gerir það mun auðveldara að fara yfir flókin svæði á litningum eins og tandem endurtekningar, GC/AT-rík svæði og ofbreytileg svæði.
Pallur: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Staðbundin umritun er í fararbroddi vísindalegra nýsköpunar, sem gerir vísindamönnum kleift að kafa ofan í flókið genatjáningarmynstur innan vefja á sama tíma og staðbundið samhengi þeirra er varðveitt.Innan um ýmsa vettvanga hefur BMKGene þróað BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, sem státar afaukin upplausnaf 5µM, nær undirfrumusviðinu og gerir kleiftmulti-level upplausnarstillingar.S1000 flísinn, sem inniheldur um það bil 2 milljónir bletta, notar örholur sem eru lagðar með perlum hlaðnar með staðbundnum strikamerkjaföngum.cDNA safn, auðgað með staðbundnum strikamerkjum, er útbúið úr S1000 flögunni og síðan raðgreint á Illumina NovaSeq pallinum.Sambland af staðbundnum strikamerkjasýnum og UMIs tryggir nákvæmni og sérhæfni gagna sem myndast.Einstakur eiginleiki BMKManu S1000 flögunnar liggur í fjölhæfni hans, sem býður upp á fjölþrepa upplausnarstillingar sem hægt er að fínstilla að mismunandi vefjum og smáatriðum.Þessi aðlögunarhæfni staðsetur flísinn sem framúrskarandi val fyrir fjölbreyttar staðbundnar umritunarrannsóknir, sem tryggir nákvæma staðbundna þyrping með lágmarks hávaða.
Með því að nota BMKManu S1000 flöguna og aðra staðbundna umritunartækni geta rannsakendur öðlast betri skilning á staðbundnu skipulagi frumna og flóknum sameindasamskiptum sem eiga sér stað innan vefja, sem gefur ómetanlega innsýn í gangverk líffræðilegra ferla á fjölmörgum sviðum, þ.m.t. krabbameinsfræði, taugavísindi, þroskalíffræði, ónæmisfræði og grasafræði.
Pall: BMKManu S1000 flís og Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics er háþróaða tækni sem gerir vísindamönnum kleift að rannsaka genatjáningarmynstur innan vefja á sama tíma og staðbundið samhengi þeirra er varðveitt.Einn öflugur vettvangur á þessu sviði er 10x Genomics Visium ásamt Illumina raðgreiningu.Meginreglan um 10X Visium liggur á sérhæfðri flís með tilgreindu fangsvæði þar sem vefjahlutum er komið fyrir.Þetta fangsvæði inniheldur strikamerkta bletti, sem hver um sig samsvarar einstökum staðbundnum stað innan vefsins.Fanguðu RNA sameindirnar úr vefnum eru síðan merktar með einstökum sameindaauðkennum (UMI) meðan á öfugum umritun stendur.Þessir strikamerktu blettir og UMI gera nákvæma staðbundna kortlagningu og magngreiningu á tjáningu gena með einfrumuupplausn.Sambland af staðbundnum strikamerkjasýnum og UMIs tryggir nákvæmni og sérhæfni gagna sem myndast.Með því að nota þessa Spatial Transcriptomics tækni geta rannsakendur öðlast dýpri skilning á staðbundnu skipulagi frumna og flóknum sameindasamskiptum sem eiga sér stað innan vefja, sem býður upp á ómetanlega innsýn í aðferðirnar sem liggja til grundvallar líffræðilegum ferlum á mörgum sviðum, þar á meðal krabbameinsfræði, taugavísindi, þroskalíffræði, ónæmisfræði. , og grasafræðirannsóknir.
Pall: 10X Genomics Visium og Illumina NovaSeq
-
Full-lengd mRNA Sequencing-Nanopore
Þó NGS-undirstaða mRNA raðgreining þjóni sem fjölhæft tæki til að mæla genatjáningu, þá takmarkar það að treysta á stutta lestur virkni þess í flóknum umritagreiningum.Nanopore raðgreining notar aftur á móti langlestra tækni, sem gerir raðgreiningu mRNA afrita í fullri lengd kleift.Þessi nálgun auðveldar yfirgripsmikla könnun á öðrum skeytingum, genasamruna, fjöl-adenýleringu og magngreiningu mRNA ísóforma.
Nanopore raðgreining byggir á nanopore einnar sameind í rauntíma rafboðum.Með hreyfipróteinum að leiðarljósi binst tvíþátta DNA við nanopore prótein sem eru felld inn í líffilmu, vinda ofan af því þegar það fer í gegnum nanopore rásina undir spennumun.Sérstök rafboð sem myndast af mismunandi basum á DNA strengnum eru greind og flokkuð í rauntíma, sem auðveldar nákvæma og samfellda núkleótíðaröð.Þessi nýstárlega nálgun yfirstígur takmarkanir á stuttum lestri og veitir kraftmikinn vettvang fyrir flókna erfðafræðilega greiningu, felur í sér flóknar umritunarrannsóknir.
Pall: Nanopore Promethion P48
-
MRNA raðgreining í fullri lengd -PacBio
Þó að NGS-undirstaða mRNA raðgreining sé fjölhæft tæki til að mæla genatjáningu, takmarkar það að treysta á stutta lestur notkun þess í flóknum umritunargreiningum.PacBio raðgreining (Iso-Seq) notar aftur á móti langlestra tækni, sem gerir raðgreiningu mRNA afrita í fullri lengd kleift.Þessi nálgun auðveldar yfirgripsmikla könnun á öðrum skeytingum, genasamrunum og fjöl-adenýleringu þó að hún sé ekki aðalvalkosturinn fyrir magngreiningu genatjáningar, vegna mikils magns gagna sem krafist er.
PacBio raðgreiningartækni byggir á einni sameind, rauntíma (SMRT) raðgreiningu, sem veitir sérstakan kost við að fanga mRNA afrit í fullri lengd.Þessi nýstárlega nálgun felur í sér notkun núllhams bylgjuleiðara (ZMW), örframleiddra brunna sem gera rauntíma athugun á virkni DNA pólýmerasa við raðgreiningu.Innan þessara ZMWs myndar PacBio's DNA pólýmerasi viðbótarstreng af DNA, myndar langa lestur sem spannar allt mRNA umrit.PacBio aðgerð í Circular Consensus Sequencing (CCS) ham eykur nákvæmni með því að raða sömu sameindinni ítrekað.Mynduð HiFi lestur hefur sambærilega nákvæmni og NGS, sem stuðlar enn frekar að alhliða og áreiðanlegri greiningu á flóknum umritunareiginleikum.Vettvangur: PacBio Sequel II
-
Heilkjörnunga mRNA raðgreiningu-Illumina
mRNA raðgreining styrkir alhliða prófílgreiningu allra mRNA umrita innan frumna við sérstakar aðstæður.Þessi háþróaða tækni þjónar sem öflugt tæki, afhjúpar flókna tjáningarsnið gena, genabyggingar og sameindakerfi sem tengjast fjölbreyttum líffræðilegum ferlum.MRNA raðgreining, sem er mikið notað í grundvallarrannsóknum, klínískri greiningu og lyfjaþróun, býður upp á innsýn í ranghala frumuvirkni og erfðastjórnun.
Pallur: Illumina NovaSeq X
-
MRNA Sequencing-Illumina sem ekki byggir á tilvísun
mRNA raðgreining styrkir alhliða prófílgreiningu allra mRNA umrita innan frumna við sérstakar aðstæður.Þessi háþróaða tækni þjónar sem öflugt tæki, afhjúpar flókna tjáningarsnið gena, genabyggingar og sameindakerfi sem tengjast fjölbreyttum líffræðilegum ferlum.MRNA raðgreining, sem er mikið notað í grundvallarrannsóknum, klínískri greiningu og lyfjaþróun, býður upp á innsýn í ranghala frumuvirkni og erfðastjórnun.
Pallur: Illumina NovaSeq X
-
Löng ókóðun raðgreining-Illumina
Löng RNA sem ekki er kóða (lncRNA) eru RNA sem eru lengri en 200 núkleótíð sem búa yfir lágmarks kóðunarmöguleika og eru lykilþættir í RNA sem ekki er kóðað.Þessi RNA, sem finnast í kjarna og umfrymi, gegna mikilvægu hlutverki í stjórnun á frumu, umritun og eftir umritun, sem undirstrikar mikilvægi þeirra við mótun frumu- og sameindaferla.LncRNA raðgreining er öflugt tæki í frumuaðgreiningu, ontogenesis og sjúkdómum í mönnum.
Pallur: Illumina NovaSeq
-
Lítil RNA raðgreining-Illumina
Lítil RNA (sRNA) sameindir, venjulega undir 200 núkleótíðum að lengd, innihalda míkróRNA (miRNA), lítil truflandi RNA (siRNA) og piwi víxlverkandi RNA (piRNA).Þar á meðal eru miRNA, um 20-24 núkleótíð löng, sérstaklega athyglisverð fyrir mikilvæga stjórnunarhlutverk þeirra í ýmsum frumuferlum.Með vefjasértæku og stigssértæku tjáningarmynstri, sýna miRNA mikla varðveislu yfir mismunandi tegundir.
Pallur: Illumina NovaSeq
-
circRNA raðgreiningu-Illumina
Hringlaga RNA raðgreining (circRNA-seq) er til að greina og greina hringlaga RNA, flokk RNA sameinda sem mynda lokaðar lykkjur vegna ekki-kanónískra skeytingatburða, sem veitir þessum RNA aukinn stöðugleika.Þó að sýnt hafi verið fram á að sum circRNAs virka sem microRNA svampar, binda microRNA og koma í veg fyrir að þau stjórni mark-mRNA, þá geta önnur circRNA haft samskipti við prótein, mótað genatjáningu eða haft hlutverk í frumuferlum.circRNA tjáningargreining veitir innsýn í eftirlitshlutverk þessara sameinda og mikilvægi þeirra í ýmsum frumuferlum, þroskastigum og sjúkdómsaðstæðum, sem stuðlar að dýpri skilningi á flóknu RNA-stjórnun í samhengi við genatjáningu.
-
Heildar umritaröðun – Illumina
Raðgreining á heilum umritum býður upp á alhliða nálgun til að greina fjölbreyttar RNA sameindir, sem nær yfir bæði kóða (mRNA) og ókóðun RNA (lncRNA, circRNA og miRNA).Þessi tækni fangar allt umrit tiltekinna frumna á tilteknu augnabliki, sem gerir kleift að skilja heildrænan skilning á frumuferlum.Einnig þekktur sem „heildar RNA raðgreining“, miðar það að því að afhjúpa flókin eftirlitsnet á umritastigi, sem gerir ítarlegri greiningu eins og samkeppnishæft innrænt RNA (ceRNA) og sameiginlegt RNA greiningu.Þetta markar fyrsta skrefið í átt að hagnýtri persónulýsingu, sérstaklega við að afhjúpa eftirlitsnet sem fela í sér circRNA-miRNA-mRNA-undirstaða ceRNA samskipti.
