10x trascrittoma spaziale Genomics Visium
Caratteristiche
● Risoluzione: 100 µM
● Diametro dello spot: 55 µM
● Numero di spot: 4992
● Area di acquisizione: 6,5 x 6,5 mm
● Ogni spot con codice a barre è caricato con primer composti da 4 sezioni:
- coda poli(dT) per il priming dell'mRNA e la sintesi del cDNA
- Identificatore molecolare univoco (UMI) per correggere il bias di amplificazione
- Codice a barre spaziale
- Sequenza legante del primer di sequenziamento di lettura parziale 1
● Colorazione H&E delle sezioni
Vantaggi
●Servizio unico: integra tutte le fasi basate sull'esperienza e sulle competenze, tra cui criosezionamento, colorazione, ottimizzazione dei tessuti, codifica a barre spaziale, preparazione delle librerie, sequenziamento e bioinformatica.
● Team tecnico altamente qualificato: con esperienza in oltre 250 tipi di tessuti e oltre 100 specie tra cui esseri umani, topi, mammiferi, pesci e piante.
●Aggiornamento in tempo reale sull'intero progetto: con il pieno controllo del progresso sperimentale.
●Bioinformatica standard completa:il pacchetto include 29 analisi e oltre 100 figure di alta qualità.
●Analisi e visualizzazione personalizzata dei dati: disponibile per diverse richieste di ricerca.
●Analisi congiunta opzionale con sequenziamento dell'mRNA di una singola cellula
Specifiche
| Requisiti del campione | Biblioteca | Strategia di sequenziamento | Dati consigliati | Controllo di qualità |
| Campioni criogenici incorporati nell'OCT, campioni FFPE (Diametro ottimale: ca. 6x6x6 mm3) 3 blocchi per campione | Libreria cDNA 10X Visium | Illumina PE150 | 50.000 letture PE per spot (60 GB) | RIN>7 |
Per ulteriori dettagli sulla guida alla preparazione dei campioni e sul flusso di lavoro del servizio, non esitate a parlare con aEsperto di BMKGENE
Flusso di lavoro del servizio
Nella fase di preparazione del campione, viene eseguita una prova iniziale di estrazione dell'RNA in massa per garantire che sia possibile ottenere un RNA di alta qualità.Nella fase di ottimizzazione del tessuto le sezioni vengono colorate e visualizzate e le condizioni di permeabilizzazione per il rilascio di mRNA dal tessuto vengono ottimizzate.Il protocollo ottimizzato viene quindi applicato durante la costruzione della libreria, seguito dal sequenziamento e dall'analisi dei dati.
Il flusso di lavoro completo del servizio prevede aggiornamenti in tempo reale e conferme del cliente per mantenere un ciclo di feedback reattivo, garantendo un'esecuzione regolare del progetto.
Include la seguente analisi:
Controllo della qualità dei dati:
o Output dei dati e distribuzione del punteggio di qualità
o Rilevazione genica per spot
o Copertura dei tessuti
Analisi del campione interno:
o Ricchezza genetica
o Clustering di spot, inclusa l'analisi delle dimensioni ridotte
o Analisi dell'espressione differenziale tra cluster: identificazione di geni marcatori
o Annotazione funzionale e arricchimento di geni marcatori
Analisi intergruppo
o Ricombinazione degli spot di entrambi i campioni (ad es. malato e controllo) e ri-cluster
o Identificazione dei geni marcatori per ciascun cluster
o Annotazione funzionale e arricchimento di geni marcatori
o Espressione differenziale dello stesso cluster tra gruppi
Analisi del campione interno
Raggruppamento di punti
Identificazione dei geni marcatori e distribuzione spaziale
Analisi intergruppo
Combinazione dei dati di entrambi i gruppi e ri-cluster
Geni marcatori di nuovi cluster
Esplora i progressi facilitati dal servizio di trascrittomica spaziale di BMKGene da 10X Visium In queste pubblicazioni in primo piano:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, un potenziale omologo della Drosophila dei GPCR di adesione dei mammiferi, è coinvolto nelle reazioni antitumorali alle cellule oncogene iniettate nelle mosche', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) "STEEL consente la delineazione ad alta risoluzione di dati trascrittomici spaziotemporali", Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) "Un atlante spaziotemporale dell'organogenesi nello sviluppo dei fiori di orchidea", Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) "L'integrazione della trascrittomica spaziale e del sequenziamento dell'RNA a nucleo singolo rivela le potenziali strategie terapeutiche per il leiomioma uterino", International Journal of Biological Sciences, 19(8), pp. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
